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J-GLOBAL ID：201802235719808667   整理番号：18A0976281

EXACデータベースにおける病原性変異負荷:臨床的変異解釈のための集団データを評価するための経験的アプローチ【JST・京大機械翻訳】

Pathogenic variant burden in the ExAC database: an empirical approach to evaluating population data for clinical variant interpretation

著者 (6件)： Kobayashi Yuya (Invitae Corporation, San Francisco, USA) ,  Yang Shan (Invitae Corporation, San Francisco, USA) ,  Nykamp Keith (Invitae Corporation, San Francisco, USA) ,  Garcia John (Invitae Corporation, San Francisco, USA) ,  Lincoln Stephen E. (Invitae Corporation, San Francisco, USA) ,  Topper Scott E. (Invitae Corporation, San Francisco, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 9  号： 1  ページ： 13  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】一般集団における変異体の頻度は,配列変異体の臨床的解釈において使用される重要な基準である。いくつかの例外(例えば,創始突然変異)によって,変異体の希少性は病原性のための必要条件である。しかし,変異体が考慮されなければならない閾値を定義することは困難であり,したがって,診断研究所は典型的に保存的対立遺伝子頻度閾値を設定する。【方法】exome Agregation Consortium(Exac)データベースのような大集団配列データの最近の出版物は,非常に稀な疾患原因対立遺伝子の頻度分布を特性化する機会を提供し,非センス仲介減衰(NMD)経路を通して病原性変異体の対立遺伝子頻度を分析し,臨床的重要性の79遺伝子における病原性変異体の負担を研究した。【結果】病原性またはNMDに導くと期待される1364BRCA1およびBRCA2変異体のうち,1350変異体は0.0025%未満の対立遺伝子頻度を有した。残りの14の変異体は以前に公表された突然変異体であり,重要なことに,NMDに導くと予想される病原性変異体の分布に差は見られなかった。したがって,77の追加遺伝子におけるNMD予想変異体の分布を調べるために分析を拡張した。これらの77の遺伝子を選択し,広範囲の臨床領域,遺伝様式,浸透率を表し,これらの変異体の中で,0.01%以上の対立遺伝子頻度を持つ病原性変異体を得た。結論:この研究では,配列変異体をより正確に解釈するために,非常に低い対立遺伝子頻度閾値を採用できることを示唆した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 浸透率 ,  *病原性 ,  *データベース ,  キャラクタリゼーション ,  必要条件 ,  刊行物 ,  対立遺伝子 ,  突然変異 ,  遺伝子頻度 ,  遺伝子 ,  遺伝パターン ,  BRCA2タンパク質 ,  配列突然変異 ,  *遺伝的変異 ,  遺伝 ,  集団遺伝
準シソーラス用語： *変異 ,  頻度分布 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 対立遺伝子頻度閾値 ,  バリアント解釈 ,  EXAC ,  ACMG ISVガイドライン

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (49件)：

• ClinVar. 2016.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/. Accessed 28 June 2016.
• Genet Med; Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology; S Richards, N Aziz, S Bale, D Bick, S Das, J Gastier-Foster; 17; 5; 2015; 405-424; 10.1038/gim.2015.30; CR2;
• Circ Cardiovasc Genet; Evaluating pathogenicity of rare variants from dilated cardiomyopathy in the exome era; N Norton, PD Robertson, MJ Rieder, S Zuchner, E Rampersaud, E Martin; 5; 2; 2012; 167-174; 10.1161/CIRCGENETICS.111.961805; CR3;
• Am J Hum Genet; Utilizing ethnic-specific differences in minor allele frequency to recategorize reported pathogenic deafness variants; AE Shearer, RW Eppsteiner, KT Booth, SS Ephraim, J Gurrola, A Simpson; 95; 4; 2014; 445-453; 10.1016/j.ajhg.2014.09.001; CR4;
• Lek M, Karczewski KJ, Minikel EV, Samocha KE, Banks E, Fennell T, et al. Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature. 2016;536(7616):285-91. doi:10.1038/nature19057.

タイトルに関連する用語 (7件)： データベース ,  病原性 ,  変異 ,  臨床 ,  集団 ,  評価 ,  経験