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J-GLOBAL ID：201802235872289180   整理番号：18A0850300

GAMESSにおけるレプリカ交換アンブレラサンプリングの実行【JST・京大機械翻訳】

Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS

著者 (9件)： Ito Shingo (Department of Chemistry, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Fedorov Dmitri G. (Research Center for Computational Design of Advanced Functional Materials (CD-FMat), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST), Tsukuba, Ibaraki 305-8568, Japan) ,  Okamoto Yuko (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (Structural Biology Research Center, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Okamoto Yuko (Center for Computational Science, Graduate School of Engineering, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8603, Japan) ,  Okamoto Yuko (Information Technology Center, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8601, Japan) ,  Okamoto Yuko (JST-CREST, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Irle Stephan (Department of Chemistry, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Irle Stephan (WPI-Institute of Transformative Bio-Molecules, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8601, Japan)
資料名： Computer Physics Communications  (Computer Physics Communications)
巻： 228  ページ： 152-162  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0081C  ISSN： 0010-4655  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GAMES-US量子化学パッケージにおいて,レプリカ交換分子動力学(REMD)と傘サンプリング(US)法の両方が利用可能である。しかし,本研究の前に,REMDとUSを組み合わせたレプリカ交換傘サンプリング(Reus)法は実装されなかった。Reusは従来のUS法よりも効率的な立体配座サンプリングを提供し,MDシミュレーションにしばしば用いられる。GAMES-USにReusを実装し,既存のREMDコードのいくつかのルーチンを改善した。マロンアルデヒドにおけるプロトン移動のDFTB-MD Reusシミュレーションとアラニンデカ-ペプチドの密度汎結合REMD(DFTB-REMD)シミュレーションを行った。3つの異なるシミュレーションパッケージで行ったDFTB-MD Reusシミュレーションの結果を比較し,GAMES-US実装を検証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 分子動力学 ,  ペプチド ,  プロトン移動 ,  立体配座 ,  *シミュレーション ,  量子化学 ,  レプリカ交換法 ,  ルーチン ,  *アンブレラサンプリング
準シソーラス用語： *レプリカ交換 ,  *GAMESS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： レプリカ交換分子動力学 ,  多次元レプリカ交換法 ,  アンブレラサンプリング ,  レプリカ交換アンブレラサンプリング ,  密度汎関数強束縛 ,  GAMESS-US

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (3件)： GAMESS ,  レプリカ交換 ,  アンブレラサンプリング