文献

J-GLOBAL ID：201802236286772748   整理番号：18A0975647

結腸直腸癌における異常メチル化特異的発現遺伝子と経路【JST・京大機械翻訳】

Aberrantly methylated-differentially expressed genes and pathways in colorectal cancer

著者 (8件)： Liu Jingwei (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Li Hao (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Sun Liping (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Wang Zhenning (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Xing Chengzhong (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Xing Chengzhong (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, Shenyang, China) ,  Yuan Yuan (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, and Key Laboratory of Cancer Etiology and Prevention (China Medical University), Liaoning Provincial Education Department, Shenyang, China) ,  Yuan Yuan (Tumor Etiology and Screening Department of Cancer Institute and General Surgery, The First Affiliated Hospital of China Medical University, Shenyang, China)
資料名： Cancer Cell International (Web)  (Cancer Cell International (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 75  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7315A  ISSN： 1475-2867  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】メチル化は,結腸直腸癌(CRC)の病因と病因において重要な役割を果たす。本研究は,包括的生物情報学分析によってCRCにおける異常にメチル化された差別的に発現された遺伝子(DEG)と経路を同定することを目的とした。【方法】遺伝子発現マイクロアレイ(GSE68468,GSE44076)および遺伝子メチル化マイクロアレイ(GSE29490,GSE17648)のデータをGEOデータベースからダウンロードした。異常にメチル化されたDEGは,GEO2Rによって得られた。選択した遺伝子の機能的および濃縮分析をDAVIDデータベースを用いて行った。蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)ネットワークをSTRINGにより構築し,Cytosscapeにおいて可視化した。MCODEをPPIネットワークのモジュール解析に用いた。【結果】合計411の低メチル化-高発現遺伝子が同定され,創傷または炎症,細胞増殖および接着に対する反応の生物学的過程に富んでいた。経路濃縮はサイトカイン-サイトカイン受容体相互作用,p53シグナル伝達および細胞周期を示した。PPIネットワークのトップ5ハブ遺伝子は,CAD,CCND1,ATM,RB1およびMETであった。さらに,239の高メチル化-低発現遺伝子を同定し,細胞-細胞シグナル伝達,神経インパルス伝達などの生物学的過程の濃縮を示し,経路解析は,カルシウムシグナル伝達の濃縮,若年の成熟開始糖尿病,細胞接着分子などを示した。PPIネットワークのトップ5ハブ遺伝子は,EGFR,ACTA1,SST,ESR1およびDNM2であった。TCGAデータベースにおける検証後,ほとんどのハブ遺伝子は依然として有意なままであった。結論:要約において,著者らの研究は,生物情報科学分析によってCRCにおける可能な異常にメチル化された差別的に発現された遺伝子と経路を示した。それはCRCの病因を解明するための新しい洞察を提供する可能性がある。CAD,CCND1,ATM,RB1,MET,EGFR,ACTA1,SST,ESR1およびDNM2を含むハブ遺伝子は,将来のCRCの正確な診断および治療のための異常にメチル化されたバイオマーカーとして役立つ可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： バイオマーカー ,  炎症 ,  遺伝子発現 ,  病因 ,  サイトカイン ,  *メチル化 ,  細胞周期 ,  *遺伝子 ,  細胞増殖 ,  細胞接着分子 ,  相互作用 ,  データベース ,  ネットワーク
準シソーラス用語： マイクロアレイ ,  *結腸直腸癌 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： メチル化 ,  発現 ,  バイオインフォマティクス ,  大腸癌

分類 (1件)： 消化器の腫よう  (GH04000D)

引用文献 (39件)：

• N Engl J Med; Colorectal-cancer incidence and mortality after screening; R Nishihara, S Ogino, AT Chan; 369; 24; 2013; 2355; CR1;
• Annu Rev Pathol; Molecular genetics of colorectal cancer; ER Fearon; 6; 2011; 479-507; 10.1146/annurev-pathol-011110-130235; CR2;
• Nat Med; Cancer genes and the pathways they control; B Vogelstein, KW Kinzler; 10; 8; 2004; 789-799; 10.1038/nm1087; CR3;
• Genes Dev; DNA methylation patterns and epigenetic memory; A Bird; 16; 1; 2002; 6-21; 10.1101/gad.947102; CR4;
• Nat Rev Cancer; A decade of exploring the cancer epigenome-biological and translational implications; SB Baylin, PA Jones; 11; 10; 2011; 726-734; 10.1038/nrc3130; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： 結腸直腸癌 ,  異常メチル化 ,  発現 ,  遺伝子 ,  経路