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J-GLOBAL ID：201802236858364758   整理番号：18A0965862

RNA-seqアイソフォーム定量化のための計算ツールの評価と比較【JST・京大機械翻訳】

Evaluation and comparison of computational tools for RNA-seq isoform quantification

著者 (4件)： Zhang Chi (Early Clinical Development, Pfizer Worldwide R&D, Cambridge, USA) ,  Zhang Baohong (Early Clinical Development, Pfizer Worldwide R&D, Cambridge, USA) ,  Lin Lih-Ling (Inflammation and Immunology RU, Pfizer Worldwide R&D, Cambridge, USA) ,  Zhao Shanrong (Early Clinical Development, Pfizer Worldwide R&D, Cambridge, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 583  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】交互スプライシング転写産物アイソフォームは,より高い真核生物において一般的に観察される。これらのアイソフォームの発現レベルは,健常組織における正常な機能と病態の進行を理解するために重要である。しかしながら,転写レベルでの発現の正確な定量化は,例えば,限られた読み取り長さと深い配列決定のコストのため,現在のRNA-seq技術により制限されている。【結果】多数のツールがこの問題に取り組むために開発され,著者らは実験的およびシミュレーションRNA-seqデータセットを用いてこれらのツールの包括的評価を行った。最近開発されたアラインメントフリーツールは高速で正確であることを見出した。すべての方法の精度は,主に遺伝子構造の複雑さによって影響され,短い転写産物の定量化結果を解釈するとき,注意を払わなければならない。TP53遺伝子シミュレーションを用いて,異なるイソ型の配列深さと相対存在量の両方が定量化精度に影響することを発見した。この包括的評価は,イソ型定量化のための計算ツールを選択するときにデータ解析を助ける。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 真核生物 ,  データ解析 ,  シミュレーション ,  高速度 ,  選択的スプライシング ,  *RNA【核酸】
準シソーラス用語： TP53遺伝子 ,  遺伝子構造 ,  病態 ,  転写産物 ,  *アイソフォーム ,  *RNA-seq , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： RNA-seq ,  定量化 ,  アイソフォーム ,  データ解析 ,  RSEM ,  サケ ,  海産魚 ,  カリスト

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (38件)：

• Nature; Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes; ET Wang, R Sandberg, S Luo, I Khrebtukova, L Zhang, C Mayr, SF Kingsmore, GP Schroth, CB Burge; 456; 7221; 2008; 470-476; 10.1038/nature07509; CR1;
• Genome Res; GENCODE: the reference human genome annotation for the ENCODE project; J Harrow, A Frankish, JM Gonzalez, E Tapanari, M Diekhans, F Kokocinski, BL Aken, D Barrell, A Zadissa, S Searle; 22; 9; 2012; 1760-1774; 10.1101/gr.135350.111; CR2;
• Nat Biotechnol; Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation; C Trapnell, BA Williams, G Pertea, A Mortazavi, G Kwan, MJ Baren, SL Salzberg, BJ Wold, L Pachter; 28; 5; 2010; 511-515; 10.1038/nbt.1621; CR3;
• Mol Cell; Loss of MBNL leads to disruption of developmentally regulated alternative polyadenylation in RNA-mediated disease; R Batra, K Charizanis, M Manchanda, A Mohan, M Li, DJ Finn, M Goodwin, C Zhang, K Sobczak, CA Thornton; 56; 2; 2014; 311-322; 10.1016/j.molcel.2014.08.027; CR4;
• Nucleic Acids Res; Poly (a) binding protein nuclear 1 levels affect alternative polyadenylation; E Klerk, A Venema, SY Anvar, JJ Goeman, O Hu, C Trollet, G Dickson, JT Dunnen, SM Maarel, V Raz; 40; 18; 2012; 9089-9101; 10.1093/nar/gks655; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA-seq ,  アイソフォーム ,  定量化 ,  計算 ,  ツール ,  評価