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J-GLOBAL ID：201802240245459560   整理番号：18A0965350

HICベンチ:パラメータ探索とベンチマーキングのために設計された包括的で再現性のあるHI-Cデータ解析【JST・京大機械翻訳】

HiC-bench: comprehensive and reproducible Hi-C data analysis designed for parameter exploration and benchmarking

著者 (11件)： Lazaris Charalampos (Department of Pathology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Lazaris Charalampos (Laura and Isaac Perlmutter Cancer Center and Helen L. and Martin S. Kimmel Center for Stem Cell Biology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Kelly Stephen (Applied Bioinformatics Laboratories, Office of Science & Research, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Kelly Stephen (Genome Technology Center, Office of Science & Research, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Ntziachristos Panagiotis (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, USA) ,  Aifantis Iannis (Department of Pathology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Aifantis Iannis (Laura and Isaac Perlmutter Cancer Center and Helen L. and Martin S. Kimmel Center for Stem Cell Biology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Tsirigos Aristotelis (Department of Pathology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Tsirigos Aristotelis (Laura and Isaac Perlmutter Cancer Center and Helen L. and Martin S. Kimmel Center for Stem Cell Biology, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Tsirigos Aristotelis (Applied Bioinformatics Laboratories, Office of Science & Research, NYU School of Medicine, New York, USA) ,  Tsirigos Aristotelis (Genome Technology Center, Office of Science & Research, NYU School of Medicine, New York, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 22  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:染色体立体配座捕獲技術は,過去数年にわたり急速に進化し,前例のない解像度でゲノム組織化に新しい洞察を提供した。Hi-Cデータの解析は複雑で,複数のタスクを含む計算的に集中的で,ロバストな品質評価を必要とする。これは,Hi-Cデータを処理するためのいくつかのツールと方法の開発をもたらした。しかしながら,既存のツールのほとんどは,分析のすべての側面をカバーせず,わずかな品質評価オプションしか提供しない。さらに,多数のツールの利用可能性により,科学者は,これらのツールと関連するパラメータをどのように最適に使用できるか,また,潜在的な不一致がどのように解釈され,解決できるかについて述べた。最も重要なことに,研究者はパラメータおよび/または方法のわずかな変化がそれらの研究の結論に影響しないことを保証する必要がある。【結果】これらの問題(比較,調査,および再現)に取り組むために,著者らは,Hi-C配列データの包括的で再現可能な分析のための,構成可能な計算プラットフォームであるHiC-ベンチを紹介する。HiC-ベンチは,アラインメント,フィルタリング,接触行列生成と正規化,トポロジー領域の同定,出版されたツールと著者ら自身の両方を用いた特定の相互作用の評価とアノテーションのような,すべての一般的なHi-C分析タスクを実行する。また,品質評価と可視化を行う様々なタスクを埋め込んだ。HiC-ベンチは,分析再現性に重点を置いてデータフロープラットフォームとして実装される。さらに,ユーザは,各パイプラインタスクにおけるすべての望ましいパラメータ設定を考慮に入れる組合せ方式において,容易にパラメータ探索と異なるツールの比較を実行することができる。このユニークな特徴は,解析の各段階における複数のツール/パラメータ選択の組合せを含む複雑なベンチマーク研究の設計と実行を容易にする。著者らのプラットフォームの有用性を実証するために,異なるマトリックス補正法,パラメータ設定および配列決定深さを探索する既存および新しいTAD計算機の包括的ベンチマークを実行した。ユーザは,利用可能なようにより多くのツールを追加することにより,パイプラインを拡張できる。【結論】HiC-ベンチは,Hi-Cデータセットの包括的分析のための使用が容易で拡張可能なプラットフォームである。著者らは,それが現在の分析を促進し,科学者が三次元ゲノム組織化の分野における新しい仮説を定式化し試験するのを助けることを期待する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： フィルタリング ,  立体配座 ,  ロバスト性 ,  ゲノム ,  *データ解析 ,  アノテーション ,  アラインメント ,  ベンチマーク ,  定式化 ,  分解能 ,  正規化 ,  可視化 ,  *再現性
準シソーラス用語： 品質評価 ,  *ベンチ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： HI-C ,  染色体立体配座 ,  計算パイプライン ,  データ起源 ,  パラメータ探索 ,  ベンチマーキング

分類 (5件)： 構造力学一般  (HD01000X) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I) ,  表示機器  (NC06030Q) ,  信頼性  (KB04040H)

引用文献 (45件)：

• Nat Rev Genet; Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data; J Dekker, MA Marti-Renom, LA Mirny; 14; 2013; 390-403; 10.1038/nrg3454; CR1;
• Science; Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome; E Lieberman-Aiden, NL Berkum, L Williams, M Imakaev, T Ragoczy, A Telling; 326; 2009; 289-93; 10.1126/science.1181369; CR2;
• Methods; Hi-C: a comprehensive technique to capture the conformation of genomes; J-M Belton, RP McCord, JH Gibcus, N Naumova, Y Zhan, J Dekker; 58; 2012; 268-76; 10.1016/j.ymeth.2012.05.001; CR3;
• Mol Syst Biol; Hierarchical folding and reorganization of chromosomes are linked to transcriptional changes in cellular differentiation; J Fraser, C Ferrai, AM Chiariello, M Schueler, T Rito, G Laudanno; 11; 2015; 852-2; 10.15252/msb.20156492; CR4;
• Nature; Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions; JR Dixon, S Selvaraj, F Yue, A Kim, Y Li, Y Shen; 485; 2012; 376-80; 10.1038/nature11082; CR5;

タイトルに関連する用語 (9件)： HIC ,  ベンチ ,  パラメータ ,  探索 ,  ベンチマーキング ,  設計 ,  再現性 ,  Hi-C ,  データ解析