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J-GLOBAL ID：201802241474150404   整理番号：18A1481194

細菌の脱窒一酸化窒素レダクターゼと好気性呼吸末端オキシダーゼはそれらの分子基質に対する類似の送達経路を用いる【JST・京大機械翻訳】

Bacterial denitrifying nitric oxide reductases and aerobic respiratory terminal oxidases use similar delivery pathways for their molecular substrates

著者 (9件)： Mahinthichaichan Paween (Department of Biochemistry, University of Illinois at Urbana-Champaign, 600 South Mathews Street, Urbana, IL 61801, USA) ,  Mahinthichaichan Paween (NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, 405 North Mathews Avenue, Urbana, IL 61801, USA) ,  Mahinthichaichan Paween (Beckman Institute for Advanced Science and Technology, 405 N. Mathews Avenue, Urbana, IL 61801, USA) ,  Gennis Robert B. (Department of Biochemistry, University of Illinois at Urbana-Champaign, 600 South Mathews Street, Urbana, IL 61801, USA) ,  Gennis Robert B. (Center for Biophysics and Quantitative Biology, 179 Looomis, MC-704, 1110 Green Street, Urbana, IL 61801, USA) ,  Tajkhorshid Emad (Department of Biochemistry, University of Illinois at Urbana-Champaign, 600 South Mathews Street, Urbana, IL 61801, USA) ,  Tajkhorshid Emad (NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics, 405 North Mathews Avenue, Urbana, IL 61801, USA) ,  Tajkhorshid Emad (Beckman Institute for Advanced Science and Technology, 405 N. Mathews Avenue, Urbana, IL 61801, USA) ,  Tajkhorshid Emad (Center for Biophysics and Quantitative Biology, 179 Looomis, MC-704, 1110 Green Street, Urbana, IL 61801, USA)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1859  号： 9  ページ： 712-724  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヘム-銅オキシドレダクターゼ(HCO)のスーパーファミリーはNOとO_2レダクターゼの両方を含む。一酸化窒素レダクターゼ(NORs)は,一酸化窒素(NO)を亜酸化窒素(N_2O)に還元することにより,脱窒の中間段階を触媒する細菌膜酵素である。それらは構造的にヘム-銅酸素レダクターゼ(HCO)と類似しており,O_2を水に還元する。NORsの深く埋め込まれた触媒サイトへのNOデリバリーの実験的に観察された見かけの二分子速度定数は,拡散律速限界(10~8~10~9M~-1s-1)に近づくことが以前に報告された。Pseudomonas aeruginosaからのチトクロームc依存NOR(cNOR)の結晶構造を用いて,NO分子のフラッディングシミュレーション,陰的配位子サンプリング及びアンブレラサンプリングシミュレーションを含む分子動力学(MD)シミュレーションのいくつかのプロトコルを用いて,溶液中のNOがこのcNORの触媒部位に接近することを明らかにした。結果は,NOが膜に分配し,脂質二分子層から酵素に入り,結晶構造で分解される疎水性トンネルを介して触媒部位に拡散することを示した。これは,密接に関連したO_2レダクターゼを通してO_2拡散のために見つけられたものと類似している。シミュレーションデータを用いて近似した見かけの二次速度定数は~5×10~8M~-1s-1であり,トンネル内のアミノ酸側鎖ライニングの動力学により最適化された。NOとO_2レダクターゼの両方が,埋め込まれた触媒部位への基質拡散が生理的条件下で律速されないことを保証するために,明確な疎水性トンネルを利用すると結論した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 活性部位 ,  酸化二窒素 ,  *基質 ,  *一酸化窒素 ,  結晶構造 ,  チトクロームc ,  触媒 ,  *オキシダーゼ ,  シミュレーション ,  最適化 ,  緑膿菌 ,  *脱窒 ,  *レダクターゼ ,  疎水性
準シソーラス用語： 速度定数 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 脱窒素 ,  CNOR ,  チャネル ,  一酸化窒素 ,  分子動力学

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (11件)： 細菌 ,  脱窒 ,  一酸化窒素レダクターゼ ,  好気性 ,  呼吸 ,  オキシダーゼ ,  分子 ,  基質 ,  類似 ,  送達 ,  経路