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J-GLOBAL ID：201802243291990440   整理番号：18A0161507

大規模蛋白質と柔軟性解析への応用のためのKinari2におけるギャップの修復【Powered by NICT】

Repairing gaps in Kinari-2 for large scale protein and flexibility analysis applications

著者 (3件)： Metlicka Magdalena (College of Inf. and Comp. Sciences, University of Massachusetts, Amherst, Massachusetts, USA) ,  Bygi Mojtaba Nouri (Department of Computer Science, Smith College, Northampton, Massachusetts, USA) ,  Streinu Ileana (Department of Computer Science, Smith College, Northampton, Massachusetts, USA and College of Inf. and Comp. Sciences, University of Massachusetts, Amherst, Massachusetts, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： BIBM  ページ： 577-580  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ペブルゲーム剛性解析は高価な分子動力学シミュレーションを行うことなしに蛋白質剛性と柔軟性情報を抽出するための,著者らの無料のウエブサーバKinariWebで実行し,コンビナトリアル方法である。蛋白質データバンク(PDB)におけるデータのidiosynchrasiesにより,Kinariは利用可能なファイルののみに成功した。大規模応用に触発されて,ほとんどすべてのPDBファイルの処理を目的とした,より速く,よりロバストなバージョン,フェイズドアペブルゲームアルゴリズムを開発した。特異的に生体高分子の逐次構造を利用するように設計されている。しかし,蛋白質データバンクX線結晶学を用いて解い蛋白質のための利用可能な構造データは非常にほとんど完全:失われた残基は原子配列におけるギャップを誘導し,不完全な剛性解析結果をもたらした。本論文では,新しいバージョンKinari2の前処理成分,[19]に記載されているフェイズドアペブルゲームアルゴリズムのための有効な入力を生成する目的のためのそのようなギャップを固定するについて述べた。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： X線結晶学 ,  剛性 ,  生体高分子 ,  ロバスト性 ,  前処理 ,  *柔軟性 ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 原子配列 ,  残基 ,  蛋白質データベース ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 大規模 ,  蛋白質 ,  解析 ,  応用 ,  ギャップ ,  修復