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J-GLOBAL ID：201802245791544715   整理番号：18A0969741

レプリカ交換アンブレラサンプリング分子動力学シミュレーションによるヒストンデアセチラーゼ阻害剤の選択性の計算解析【JST・京大機械翻訳】

Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations

著者 (5件)： Tsukamoto Shuichiro (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Sakae Yoshitake (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan) ,  Itoh Yukihiro (Core Research for Evolutional Science and Technology (CREST), Japan Science and Technology Agency (JST), Kawaguchi, Saitama 332-0012, Japan) ,  Suzuki Takayoshi (Core Research for Evolutional Science and Technology (CREST), Japan Science and Technology Agency (JST), Kawaguchi, Saitama 332-0012, Japan) ,  Okamoto Yuko (Department of Physics, Graduate School of Science, Nagoya University, Nagoya, Aichi 464-8602, Japan)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 148  号： 12  ページ： 125102-125102-6  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HDAC3-T247およびHDAC2-T247系のリガンドドッキング経路に沿った自由エネルギープロファイルを推定するために,レプリカ交換アンブレラサンプリング法により,ヒストンデアセチラーゼHDAC3の選択的阻害剤として報告されているリガンドT247を用いた蛋白質リガンドドッキングシミュレーションを行った。シミュレーション結果は,HDAC3-T247システムのドッキング状態がHDAC2-T247システムのそれより安定していることを示した。しかし,HDAC3とHDAC2のアミノ酸配列と構造は非常に類似している。両系のシミュレーションから得られた構造を比較することにより,触媒部位の入口における疎水性残基の構造間の差異を見出した。さらに,T247のないHDAC3とHDAC2系の従来の分子動力学シミュレーションを行い,結果は疎水性構造の同じ差異も示した。したがって,この疎水性構造がHDAC3-T247系のドッキング状態の安定化に寄与すると考えた。さらに,HDAC2における疎水性残基の1つであるTyr209は,突然変異したHDAC2系のシミュレーション結果から不安定性において重要な役割を果たすことを示した。(翻訳著者抄録)【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 活性部位 ,  自由エネルギー ,  突然変異 ,  ドッキング ,  疎水性 ,  *計算機シミュレーション ,  タンパク質 ,  アミノ酸配列 ,  *ヒストンデアセチラーゼ ,  リガンド結合 ,  ヒストンデアセチラーゼ2 ,  ヒストンデアセチラーゼ3 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *アンブレラサンプリング ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： *阻害剤 ,  *レプリカ交換 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  物理化学一般その他  (CB01030T) ,  分子化合物  (CE02000C)

タイトルに関連する用語 (6件)： レプリカ交換 ,  アンブレラサンプリング ,  分子動力学シミュレーション ,  ヒストンデアセチラーゼ阻害剤 ,  計算 ,  解析