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J-GLOBAL ID：201802248181942286   整理番号：18A0965683

オルソフィラー:ゲノム注釈の完全性を改善するための複数種からのデータの利用【JST・京大機械翻訳】

OrthoFiller: utilising data from multiple species to improve the completeness of genome annotations

著者 (2件)： Dunne Michael P. (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford, UK) ,  Kelly Steven (Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford, UK)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 390  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】配列決定されたゲノムの完全で正確なアノテーションは,それらの有用性と分析に最も重要である。遺伝子予測パイプラインにおける差異は,種に対するゲノムアノテーションがそれらの予測された遺伝子の質と量においてかなり異なる可能性があることを意味する。さらに,ゲノム配列に存在する遺伝子は,時には計算遺伝子予測法により検出されない。誤って注釈されていない遺伝子は,生物学的研究,特に小規模のゲノムプロジェクトに対し,計算予測に大きく依存している,過剰と不正確な主張に導くことができる。【結果】著者らは,ゲノムアノテーションへのそのような欠落した遺伝子の発見と追加の問題を扱うために設計されたツールである,直交Fillerを提示する。これらの存在が既知の遺伝子ファミリーとの比較を通して検証できるが,予測されていない遺伝子を同定するために,複数の関連種からの情報を得ることができる。植物と真菌類の両方からの実際の配列データセットにおける欠落した遺伝子アノテーションをシミュレートすることにより,欠損遺伝子の発見とゲノムアノテーションの改善のための直交Fillerの精度と有用性を実証した。さらに,著者らは,既存の「完全な」ゲノムアノテーションに対する直交配列を適用することにより,これらの2つの種における多くの誤って欠落した遺伝子を同定し,正しくすることができることを示した。結論:ゲノムアノテーションの完全性の有意な改善は,複数の種からの情報を活用することにより行うことができる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 真菌類 ,  遺伝子 ,  予測 ,  直交性 ,  アノテーション ,  直交配列 ,  *完全性 ,  予測技法 ,  小規模 ,  *ゲノム
準シソーラス用語： 遺伝子ファミリー ,  ゲノムプロジェクト ,  ゲノム配列 ,  *分子配列注釈 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノムアノテーション ,  遺伝子予測 ,  矯正学 ,  直交化

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (33件)：

• Nature; The $1,000 genome; EC Hayden; 507; 2014; 295; 10.1038/516295a; CR1;
• Wetterstrand, KA. DNA sequencing costs: data from the NHGRI Genome sequencing program (GSP). 2016. URL:http://www.genome.gov/sequencingcosts.
• Nature Reviews Genetics; A beginner's guide to eukaryotic genome annotation; M Yandell, D Ence; 13; 5; 2012; 329-342; 10.1038/nrg3174; CR3;
• PLoS Comput Biol; Extensive Error in the Number of Genes Inferred from Draft Genome Assemblies; JF Denton, J Lugo-Martinez, AE Tucker, DR Schrider, WC Warren, MW Hahn; 10; 2014; 12; 10.1371/journal.pcbi.1003998; CR4;
• Plant Cell.; Are we there yet? Reliably estimating the completeness of plant genome sequences; E Veeckman, T Ruttink, K Vandepoele; 28; 2016; 1759-68; 10.1105/tpc.16.00349; CR5;

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム注釈 ,  完全性 ,  複数種