文献

J-GLOBAL ID：201802250277337228   整理番号：18A0974029

ドイツ人患者における乾癬性関節炎によるコピー数変異体のゲノムワイド関連および標的分析【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide association and targeted analysis of copy number variants with psoriatic arthritis in German patients

著者 (16件)： Uebe Steffen (Institute of Human Genetics, Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg (FAU), Erlangen, Germany) ,  Ehrlicher Maria (Institute of Human Genetics, Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg (FAU), Erlangen, Germany) ,  Ekici Arif Buelent (Institute of Human Genetics, Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg (FAU), Erlangen, Germany) ,  Behrens Frank (Division of Rheumatology and IME Fraunhofer Project Group Translational Medicine & Pharmacology, Goethe University, Frankfurt/Main, Germany) ,  Bohm Beate (Division of Rheumatology and IME Fraunhofer Project Group Translational Medicine & Pharmacology, Goethe University, Frankfurt/Main, Germany) ,  Homuth Georg (Interfaculty Institute for Genetics and Functional Genomics, University Medicine and Ernst-Moritz-Arndt University Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Schurmann Claudia (Interfaculty Institute for Genetics and Functional Genomics, University Medicine and Ernst-Moritz-Arndt University Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Volker Uwe (Interfaculty Institute for Genetics and Functional Genomics, University Medicine and Ernst-Moritz-Arndt University Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Juenger Michael (Clinic of Dermatology, University of Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Nauck Matthias (Institute of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, University of Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Volzke Henry (Institute for Community Medicine, University of Greifswald, Greifswald, Germany) ,  Traupe Heiko (Department of Dermatology, University of Muenster, Muenster, Germany) ,  Krawczak Michael (Institute for Medical Informatics and Statistics, Christian-Albrechts University Kiel, Kiel, Germany) ,  Burkhardt Harald (Division of Rheumatology and IME Fraunhofer Project Group Translational Medicine & Pharmacology, Goethe University, Frankfurt/Main, Germany) ,  Reis Andre (Institute of Human Genetics, Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg (FAU), Erlangen, Germany) ,  Hueffmeier Ulrike (Institute of Human Genetics, Friedrich-Alexander-Universitaet Erlangen-Nuernberg (FAU), Erlangen, Germany)
資料名： BMC Medical Genetics (Web)  (BMC Medical Genetics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 92  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7307A  ISSN： 1471-2350  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】乾癬性関節炎(PsA)は,関節の慢性炎症性疾患である。PSAは病因的に複雑で,11の感受性遺伝子座がこれまで同定されている。これらの大部分は尋常性乾癬(PsV)に関連する遺伝子座と重なり,PsA患者においても頻繁に見られる最も一般的な乾癬皮膚症状である。さらに,2つのコピー数変異体(CNVs)はPsVと関連しており,そのうちの1つはLCE3遺伝子クラスター内に位置し,PsAとも関連している。最後に,遺伝子間欠失はPSA特異的CNVとして報告されている。【方法】PsAにおけるCNVsのゲノムワイド関連研究(GWAS)を行い,既知の乾癬感受性遺伝子座におけるCNVsによる疾患リスクへの寄与を評価した。【結果】代替定量的方法によるGWASのCNVsの厳しい品質評価と検証の後,2つの有意に関連したCNVsが残り,1つは,TRB遺伝子座において他の1つであった。しかしながら,MLPA分析は,個体の1/3におけるCN状態を確認しなかった。そして,独立した症例対照研究の分析は,初期の関連を確認することができなかった。さらに,TRBにおける配列の詳細なPCRに基づく分析は,hg19配列を確認することに失敗した凍結hg18により最も正確に表現されるより複雑なゲノム配列の存在を明らかにした。まれなCNVsのみが乾癬感受性遺伝子座で検出された。CNVs(CSMD1,IL12B,RYR2)による12の感受性遺伝子座のうちの3つで,CN変動性はMLPAによって独立して確認された。全体として,MLPAによるCNV確認の速度はCNV型,CNVサイズおよびCNVに含まれるアレイマーカーの数に強く依存していた。【結論】著者らはいくつかの遺伝子座でPsA関連を同定したが,これらの部位での一般的なCNVsは現実的であり,一般的なCNV状態の1/3は再現できなかった。さらに,複製分析は元の会合を確認できなかった。さらに,CNVsのSNPアレイに基づく分析は,それぞれのCNV対立遺伝子頻度に依存しない重複よりも欠失に対してより信頼性があることが分かった。従って,CNVsは良好な候補疾患変異体であるが,それらを検出する方法は慎重に適用され,独立した方法により再現されるべきである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *変異 ,  病因 ,  遺伝子頻度 ,  遺伝子 ,  *乾癬 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *患者 ,  *ドイツ連邦共和国 ,  症例対照研究 ,  *コピー数 ,  信頼性
準シソーラス用語： MLPA法 ,  尋常性乾癬 ,  感受性遺伝子 ,  *乾癬性関節炎 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： コピー数変異 ,  乾癬性関節炎 ,  SNPアレイ ,  ゲノムワイド関連研究 ,  TRB ,  乾癬感受性遺伝子座

分類 (3件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  運動器系の診断  (GG02000M)

引用文献 (41件)：

• Ann Rheum Dis; Familial aggregation of psoriatic arthritis; V Chandran, CT Schentag, JE Brockbank, FJ Pellett, S Shanmugarajah, SM Toloza, P Rahman, DD Gladman; 68; 5; 2009; 664-667; 10.1136/ard.2008.089367; CR1;
• Rheumatology (Oxford); A strong heritability of psoriatic arthritis over four generations--the Reykjavik psoriatic arthritis study; A Karason, TJ Love, B Gudbjornsson; 48; 11; 2009; 1424-1428; 10.1093/rheumatology/kep243; CR2;
• Di Lernia V, Ficarelli E, Lallas A, Ricci C. Familial aggregation of moderate to severe plaque psoriasis. Clin Exp Dermatol. 2014;
• Hum Mol Genet; Identification of ZNF313/RNF114 as a novel psoriasis susceptibility gene; F Capon, MJ Bijlmakers, N Wolf, M Quaranta, U Huffmeier, M Allen, K Timms, V Abkevich, A Gutin, R Smith; 17; 13; 2008; 1938-1945; 10.1093/hmg/ddn091; CR4;
• Nat Genet; Deletion of the late cornified envelope LCE3B and LCE3C genes as a susceptibility factor for psoriasis; R Cid, E Riveira-Munoz, PL Zeeuwen, J Robarge, W Liao, EN Dannhauser, E Giardina, PE Stuart, R Nair, C Helms; 41; 2; 2009; 211-215; 10.1038/ng.313; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： ドイツ ,  患者 ,  乾癬性関節炎 ,  コピー数 ,  変異体 ,  ゲノム ,  標的 ,  分析