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J-GLOBAL ID：201802255017681575   整理番号：18A0965995

Cacao CriolloゲノムV2.0:遺伝的および機能的ゲノム研究のためのゲノムの改良版【JST・京大機械翻訳】

The cacao Criollo genome v2.0: an improved version of the genome for genetic and functional genomic studies

著者 (9件)： Argout X. (CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Martin G. (CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Droc G. (CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Fouet O. (CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Labadie K. (Commissariat a l’Energie Atomique (CEA), Institut de Genomique (IG) Genoscope, Evry, France) ,  Rivals E. (Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microelectronique de Montpellier (LIRMM), CNRS et Universite de Montpellier, Montpellier, France) ,  Rivals E. (Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Universite de Montpellier, Montpellier, France) ,  Aury J.M. (Commissariat a l’Energie Atomique (CEA), Institut de Genomique (IG) Genoscope, Evry, France) ,  Lanaud C. (CIRAD, UMR AGAP, Montpellier, France)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 730  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】南アメリカのアマゾン盆地に固有のTheobroma cacao L.は,チョコレート源として熱帯諸国にとって経済的に重要な果樹作物である。種の最初のドラフトゲノムは,2011年に発行された。有用な資源であるが,いくつかの改良が可能であり,ミス集合の同定,足場およびギャップの数の減少,および10の染色体への固定されていない配列を固定することを含むいくつかの改良が可能である。【方法】著者らは,Belizian Criolo B97-61/B2ゲノムの集合を有意に改善するために,NGSに基づくアプローチを使用した。著者らは,4つのIllumina大挿入サイズのペアライブラリを,誤って組み立てられた領域を修正し,足場の数を減少させるために,52xの太平洋生物科学の長い読み取りと組み合わせた。次に,染色体に固定された集合の割合を増加させるために,配列決定(GBS)法による遺伝子タイピングを用いた。【結果】足場数はV1からV2における4,792から554に減少し,一方,足場N50サイズはV1における0.47MbからV2における6.5Mbまで増加した。合計96.7%の集合体は,以前のバージョンにおける66.8%と比較して10の染色体に固定された。未知部位(Ns)は10.8%から5.7%に減少した。さらに,機能アノテーションを更新し,RNAseq証拠に基づく新しいRefSeq構造アノテーションを実行した。【結論】Theomma cacaoのクリロゲノムバージョン2は,ゲノムレベルにおける複雑な形質の調査,およびカカオ樹における将来の比較ゲノミクスおよび遺伝学研究のための貴重な資源である。新しい機能的ツールとアノテーションは,Cocoa Genome Hub(http://coca-ゲノムhub.southor.fr)上で利用可能である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： カカオ ,  染色体 ,  農作物 ,  チョコレート ,  南アメリカ ,  カカオ属 ,  *遺伝 ,  *ゲノム ,  熱帯 ,  果樹 ,  アノテーション
準シソーラス用語： 比較ゲノミクス ,  遺伝子タイピング ,  アマゾン盆地 ,  *ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Theobroma cacao ,  ゲノム構築 ,  配偶者対配列 ,  GBS ,  Criollo B97-61/B2ゲノム

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (30件)：

• Nat Genet; The genome of Theobroma cacao; X Argout, J Salse, JM Aury, MJ Guiltinan, G Droc, J Gouzy; 43; 2011; 101-108; 10.1038/ng.736; CR1;
• PLoS One; Geographic and Genetic Population Differentiation of the Amazonian Chocolate Tree (Theobroma cacao L); JC Motamayor, P Lachenaud, JW Silva E Mota, R Loor, DN Kuhn, JS Brown; 3; 2008; 10.1371/journal.pone.0003311; CR2;
• Argout X, Fouet O, Wincker P, Gramacho K, Legavre T, Sabau X, et al. Towards the understanding of the cocoa transcriptome: Production and analysis of an exhaustive dataset of ESTs of Theobroma cacao L. generated from various tissues and under various conditions. BMC Genomics. 2008;9:512.
• Genome Biol; The genome sequence of the most widely cultivated cacao type and its use to identify candidate genes regulating pod color; JC Motamayor, K Mockaitis, J Schmutz, N Haiminen, DL III, O Cornejo; 14; 2013; r53; 10.1186/gb-2013-14-6-r53; CR4;
• Science; Genome Project Standards in a New Era of Sequencing; PSG Chain, DV Grafham, RS Fulton, MG FitzGerald, J Hostetler, D Muzny; 326; 2009; 236-237; 10.1126/science.1180614; CR5;

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム ,  遺伝 ,  研究