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J-GLOBAL ID：201802255981176645   整理番号：18A0965426

Aedes aegyptiにおける活性転移因子とゲノムアノテーションを特徴づけるためのトランスクリプトームにより情報伝達されたプロテオミクス【JST・京大機械翻訳】

Proteomics informed by transcriptomics for characterising active transposable elements and genome annotation in Aedes aegypti

著者 (12件)： Maringer Kevin (School of Cellular and Molecular Medicine, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Maringer Kevin (Department of Microbiology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, USA) ,  Maringer Kevin (Present address: Department of Microbial Sciences, University of Surrey, Guildford, UK) ,  Yousuf Amjad (School of Cellular and Molecular Medicine, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Yousuf Amjad (College of Applied Medical Sciences, Taibah University, Medina, Kingdom of Saudi Arabia) ,  Heesom Kate J. (School of Biochemistry, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Fan Jun (School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary University of London, London, UK) ,  Lee David (School of Cellular and Molecular Medicine, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Fernandez-Sesma Ana (Department of Microbiology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, USA) ,  Bessant Conrad (School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary University of London, London, UK) ,  Matthews David A. (School of Cellular and Molecular Medicine, University of Bristol, Bristol, UK) ,  Davidson Andrew D. (School of Cellular and Molecular Medicine, University of Bristol, Bristol, UK)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 101  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Aedes aegyptiは,(re)出現ヒト病原体デング,chikungunya,黄色熱およびZijaウイルスのためのベクターである。Ae.aegyptiゲノムのほとんど半分は,転移性要素(TE)から構成されている。トランスポゾンは昆虫におけるウイルス持続性の確立,ベクター媒介ウイルスの伝達における必須段階,を含む多様な細胞過程に関連している。しかし,現在までに,生物の移動性遺伝要素から誘導された全体的プロテオームを研究することは可能ではなく,部分的にはTEの高度に発散的な性質によるものである。さらに,多くの非モデル生物に関して,不完全なゲノムアノテーションは,Ae.aegyptiに関するプロテオミクス研究を妨げている。【結果】著者らの新しいプロテオミクスを用いて,Ae.aegyptiプロテオームを分析した。それは,マッチしたトランスクリプトーム(ゲノム)データを通して蛋白質を同定することによって,ゲノムアノテーションの必要性をバイパスする。著者らのデータは,実験的に確認されたAe.aegypti蛋白質の数を大きく増加させた。PIT分析も不完全なゲノムアノテーションのホットスポットを同定し,貧弱な配列と集合品質がすべてのアノテーションギャップを説明しないことを示した。最後に,原理実証研究において,プロテオーム活性TEの特性化のための基準を開発した。蛋白質発現は異なるレベルの分類でTEのゲノム豊度と相関しなかった。最も注目すべきことに,長い末端反復(LTR)レトロトランスポゾンは他の要素と比較して著しく濃縮されていた。ピットは,著者らのトランスポゾンとゲノムアノテーション分析の両方において,従来のプロテオミクスアプローチより優れていた。【結論】著者らは,健康および疾患におけるトランスポゾン蛋白質の機能に関する研究の新しい道を開く,移動性遺伝要素の生物のレパートリーの最初のプロテオーム特性化を提示する。さらに,著者らの研究は,PITが,非モデル生物におけるアノテーションプロジェクトの効率を改善する可能性を持つアノテーション努力を導くためのゲノムのアノテーションを評価するために使用できるという概念実証を提供する。従って,ピットは,世界的な公衆衛生の懸念の出現するウイルスの伝達における役割を含む重要なベクター種Ae.aegyptiの生物学を研究するための価値ある新しいツールを表している。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： プロテオーム ,  ヒト ,  病原体 ,  トランスポゾン ,  ウイルス ,  *プロテオミクス ,  品質 ,  *ネッタイシマカ ,  ベクター ,  *ゲノム ,  タンパク質 ,  キャラクタリゼーション ,  *トランスクリプトーム ,  *アノテーション
準シソーラス用語： 蛋白質発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Aedes aegypti ,  ゲノムアノテーション ,  非モデル生物 ,  ピット ,  トランスクリプトームによるプロテオミクス ,  トランスポゾン

分類 (5件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (67件)：

• J Proteomics; Non-model organisms, a species endangered by proteogenomics; J Armengaud, J Trapp, O Pible, O Geffard, A Chaumot, EM Hartmann; 105; 2014; 5-18; 10.1016/j.jprot.2014.01.007; CR1;
• Nat Methods; De novo derivation of proteomes from transcriptomes for transcript and protein identification; VC Evans, G Barker, KJ Heesom, J Fan, C Bessant, DA Matthews; 9; 2012; 1207-1211; 10.1038/nmeth.2227; CR2;
• Genome Biol; Proteomics informed by transcriptomics reveals Hendra virus sensitizes bat cells to TRAIL-mediated apoptosis; JW Wynne, BJ Shiell, GA Marsh, V Boyd, JA Harper, K Heesom; 15; 2014; 532; CR3;
• PLoS One; A systems biology approach to the characterization of stress response in Dermacentor reticulatus tick unfed larvae; M Villar, M Popara, N Ayllón, F Mera IG, L Mateos-Hernández, RC Galindo; 9; 2014; e89564; 10.1371/journal.pone.0089564; CR4;
• Int J Parasitol; Proteomics informed by transcriptomics identifies novel secreted proteins in Dermacentor andersoni saliva; L Mudenda, SA Pierlé, JE Turse, GA Scoles, SO Purvine, CD Nicora; 44; 2014; 1029-37; 10.1016/j.ijpara.2014.07.003; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： Aedes ,  活性 ,  転移因子 ,  ゲノム ,  アノテーション ,  トランスクリプトーム ,  情報伝達 ,  プロテオミクス