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J-GLOBAL ID：201802258377974727   整理番号：18A0470989

蛋白質空洞における二酸素結合部位の核磁気共鳴に基づく決定【Powered by NICT】

Nuclear magnetic resonance-based determination of dioxygen binding sites in protein cavities

著者 (6件)： Kitahara Ryo (Department of Pharmaceutical Sciences, College of Pharmaceutical Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, 525-8577, Japan) ,  Sakuraba Shun (Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo, Kashiwa, Chiba, 277-8561, Japan) ,  Kameda Tomoshi (Computational Omics Research Team, Artificial Intelligence Research Center, Advanced Industrial Science and Technology, Koto, Tokyo, 135-0064, Japan) ,  Okuda Sanshiro (Graduate School of Life Sciences, Ritsumeikan University, Kusatsu, 525-8577, Japan) ,  Xue Mengjun (Department of Chemistry and Interdisciplinary Nanoscience Center (iNANO), University of Aarhus, Aarhus C, DK-8000, Denmark) ,  Mulder Frans A.A. (Department of Chemistry and Interdisciplinary Nanoscience Center (iNANO), University of Aarhus, Aarhus C, DK-8000, Denmark)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 27  号： 3  ページ： 769-779  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： システイン野生型T4リゾチームの内部空洞の位置と配位子アクセシビリティはO_2ガスNMR分光法と分子動力学(MD)シミュレーションを用いて調べた。8.9mMに溶媒中に溶解したO_2の濃度を増加すると,骨格アミドと側鎖メチルプロトンにO_2~-誘起された常磁性緩和増強(PRE)が観察され,C末端領域における二空洞周辺の特異的にした。PREの1/r~6距離依存性からO_2結合部位とそれらの原子座標の数を決定するために,赤池の情報量基準を用いた分析法を確立し,グリッドサーチと組み合わせた。二O_2~-接近可能サイトは内部空洞で同定された:1つの部位は,結晶中の蛋白質のキセノン結合部位と一致し,他の部位は新規リガンド結合部位であることを確立した。10および100mM O_2で行ったMDシミュレーションは二酸素入口と出口と同様に共振器におけるO_2の回転および並進運動を明らかにした。基底状態アンサンブル内の立体配座変動は内部蛋白質空洞を持つO_2会合のチャネルを開発し一時的に示唆された。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 側鎖 ,  *NMR【磁気共鳴】 ,  並進 ,  リゾチーム ,  キセノン ,  基底状態 ,  アクセシビリティ ,  立体配座 ,  分子動力学 ,  *タンパク質 ,  計算機シミュレーション ,  *結合部位 ,  脂肪族アミン ,  チオール ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： 距離依存性 ,  C末端 ,  常磁性緩和 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： T4リゾチーム ,  ガス圧NMR ,  分子動力学シミュレーション ,  常磁性緩和増強 ,  酸素

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： システイン

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質 ,  空洞 ,  酸素結合 ,  核磁気共鳴