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J-GLOBAL ID：201802260627411964   整理番号：18A0965409

乾燥及び湿潤ベンチプロセスの組合せによる公共データベースからのカイコBombyx moriの機能的エノラーゼ遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes

著者 (11件)： Kikuchi Akira (Department of Science of Biological Production, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Nakazato Takeru (Database Center for Life Science (DBCLS), Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems (ROIS), Mishima, Japan) ,  Ito Katsuhiko (Department of Science of Biological Production, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Nojima Yosui (Department of Science of Biological Production, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Yokoyama Takeshi (Department of Science of Biological Production, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Iwabuchi Kikuo (Department of Bioregulation and Biointeraction, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan) ,  Bono Hidemasa (Database Center for Life Science (DBCLS), Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems (ROIS), Mishima, Japan) ,  Toyoda Atsushi (Center for Information Biology, National Institute of Genetics, Mishima, Japan) ,  Fujiyama Asao (Center for Information Biology, National Institute of Genetics, Mishima, Japan) ,  Sato Ryoichi (Graduate School of Bio-Applications and Systems Engineering (BASE), Tokyo, Japan) ,  Tabunoki Hiroko (Department of Science of Biological Production, Graduate School of Agriculture, Tokyo University of Agriculture and Technology, Tokyo, Japan)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 83  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多様な昆虫種は,長年にわたりゲノムデータベースに加えられてきた。従って,研究者は無脊椎動物と昆虫に関するオンラインゲノム情報を容易に得ることができる。しかしながら,これらのデータベースには多くの不正確に注釈された遺伝子が含まれており,その後の機能解析の正しい解釈を妨げることができる。この問題を解決するために,著者らは,公共データベースから機能的遺伝子を選択するために,乾燥および湿潤ベンチプロセスの組合せを用いた。【結果】エノラーゼはすべての生物において重要な解糖酵素である。カイコBombyx mori(BmEno)における機能性エノラーゼを同定するために,乾燥および湿潤ベンチプロセスの組合せを用いた。最初に,隠れMarkovモデル(HMM)検索を用いて,公開データベースから5つの注釈付きエノラーゼを検出し,次に,cDNAクローニング,ノーザンブロット法およびRNA-seq分析を通して,B.moriにおける3つの機能的エノラーゼを明らかにした。BmEno1は,他の種における金属結合と基質結合のために保存された重要なアミノ酸残基を含んでいた。しかし,BmEno2とBmEnoCはこの重要なアミノ酸の変化を示した。系統発生分析により,BmEno2とBmEnoCはBmEno1と他のエノラーゼとは異なり,鱗翅類クラスターにのみ分布していることを示した。BmEno1は著者らの研究で用いた全ての組織で発現した。対照的に,BmEno2は主に精巣において発現し,卵巣および食道下神経節においていくつかの発現を示した。BmEnCは精巣で弱く発現した。定量的RT-PCRにより,BmEno2およびBmEnoCのmRNA発現は精巣発生と相関していることが示された。従って,BmEno2とBmEnoCは鱗翅類特異的精子形成に関連している可能性がある。【結論】著者らは,カイコB.moriにおける乾燥および湿ったベンチプロセスの組合せにより,公共データベースから3つの機能的エノラーゼを同定し,特性化した。さらに,BmEno2とBmEnoCは種特異的機能を持つことを決定した。著者らの戦略は,公共データベースからの非モデル生物におけるマイナーな遺伝子と機能的遺伝子の検出に役立つ可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： キャラクタリゼーション ,  *遺伝子 ,  機能分析 ,  卵巣 ,  RT-PCR法 ,  *エノラーゼ ,  ノーザンブロット法 ,  クラスタ ,  *データベース ,  基質 ,  精巣 ,  アノテーション ,  アミノ酸残基 ,  *カイコガ ,  アミノ酸

著者キーワード (5件)： エノラーゼ ,  生殖 ,  成長調節因子 ,  Bombyx mori ,  パイプラインの解析

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (35件)：

• J Hered; The i5K Initiative: advancing arthropod genomics for knowledge, human health, agriculture, and the environment; 104; 5; 2013; 595-600; 10.1093/jhered/est050; CR1;
• Nucleic Acids Res; The i5k Workspace@NAL--enabling genomic data access, visualization and curation of arthropod genomes; M Poelchau, C Childers, G Moore, V Tsavatapalli, J Evans, CY Lee, H Lin, JW Lin, K Hackett; 43; Database issue; 2015; D714-9; 10.1093/nar/gku983; CR2;
• Proc. Nat. Acad. Sci.; Molecular cloning and nucleotide sequence of a full-length cDNA for human alpha enolase; A Giallongo, S Feo, R Moore, CM Croce, LC Showe; 83; 1986; 6741-5; 10.1073/pnas.83.18.6741; CR3;
• J Reprod Fertil; A sperm specific enolase; YH Edwards, JA Grootegoed; 68; 1983; 305-10; 10.1530/jrf.0.0680305; CR4;
• J Insect Physiol; Early presence of an enolase in the oviposition injecta of the aphid parasitoid Aphidius ervi analyzed with chitosan beads as artificial hosts; TTA Nguyen, I Magnoli, C Cloutier, D Michaud, F Muratori, T Hance; 59; 1; 2013; 11-8; 10.1016/j.jinsphys.2012.11.002; CR5;

タイトルに関連する用語 (9件)： 湿潤 ,  ベンチ ,  プロセス ,  組合せ ,  データベース ,  カイコ ,  エノラーゼ ,  遺伝子 ,  同定