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J-GLOBAL ID：201802260988881739   整理番号：18A1041707

冷水性Gadids boreogadus saidaとMicmicro tomCODにおける反復不凍糖蛋白質ゲノム遺伝子座の再構築【JST・京大機械翻訳】

Reconstruction of the repetitive antifreeze glycoprotein genomic loci in the cold-water gadids Boreogadus saida and Microgadus tomcod

著者 (6件)： Zhuang Xuan (Department of Animal Biology, University of Illinois at Urbana - Champaign, 515 Morrill Hall, Urbana, IL 61801, USA) ,  Zhuang Xuan (Department of Ecology and Evolution, University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA) ,  Murphy Katherine R. (Department of Animal Biology, University of Illinois at Urbana - Champaign, 515 Morrill Hall, Urbana, IL 61801, USA) ,  Ghigliotti Laura (Institute of Marine Sciences (ISMAR), National Research Council (CNR), Genoa 16149, Italy) ,  Pisano Eva (Institute of Marine Sciences (ISMAR), National Research Council (CNR), Genoa 16149, Italy) ,  Cheng C.-H. Christina (Department of Animal Biology, University of Illinois at Urbana - Champaign, 515 Morrill Hall, Urbana, IL 61801, USA)
資料名： Marine Genomics  (Marine Genomics)
巻： 39  ページ： 73-84  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3299A  ISSN： 1874-7787  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 凍結防止糖蛋白質(AFGPs)は,それらの弱い北極および亜北極生息場所における環境氷による接種凍結からの死を防ぐのに重要な,北部タラ魚類ファミリー(Gadidae)のメンバーにおける新しい進化的革新である。しかしながら,この新しい生命保存適応遺伝的形質の進化のゲノム起源と分子機構は,決定的に決定されたままである。この目的のために,著者らは,2つのAFGPを持つgadid,高い北極の極性タラBoreogadus saidaおよび寒冷温帯大西洋トミガマムシMicrogadus tomタラのための大規模挿入ゲノムDNA BAC(細菌人工染色体)ライブラリーを構築し,微細分解能進化分析のためのAFGPゲノム領域を単離し配列した。BACライブラリー構築は,最初に低いクローン化効率に遭遇し,それは,硬骨魚種および/または赤血球が入力DNAの供給源であるためのBACクローン化に一般的に使用できる方法である陽イオン界面活性剤によるアガロース埋め込み赤血球DNAの前処理により解決した。極性タラBACライブラリーは,平均挿入サイズ94.7kbpの92,160クローンを含み,そして,大西洋tomタラライブラリーは,平均挿入サイズ89.6kbpの73,728クローンを含んだ。B.saidaとM.tomタラのゲノムサイズを,それぞれ836Mbpと645Mbpという細胞フローサイトメトリーによって推定し,それらのBACライブラリーは,それぞれ約10倍と9.7倍のゲノム被覆率を持っていた。3つのハウスキーピング遺伝子を持つライブラリーをスクリーニングすることにより,包括性と被覆の深さを経験的に確認した。次に,2つのgadidのAFGPゲノム遺伝子座にマップされたBACクローンを,gag AFGP遺伝子プローブを用いてBACライブラリーをスクリーニングすることによって分離した。8つの最小タイリング経路(MTP)クローンをB.saidaについて同定し,配列決定し,組み立てた。B.saida AFGP遺伝子座再構成は両ハプロタイプを産生し,遺伝子座は3つの異なるAFGP遺伝子クラスターから成り,合計16のAFGP遺伝子を含み,512kbpの結合距離にわたった。M.tomcod AFGP遺伝子座は約80kbpで非常に小さく,3つのAFGP遺伝子のみを含んでいた。AFGP遺伝子プローブによる蛍光in situハイブリダイゼーションは,両種のAFGP遺伝子座が単一染色体位置を占めることを示した。B.saidaにおける高い遺伝子用量を持つ大きなAFGP遺伝子座は,その慢性的に凍結する高い北極生息場所と一致しているが,M.tomタラにおける小遺伝子ファミリーは,低緯度におけるより穏やかな生息場所と相関している。本研究からの結果は,北半球氷河作用によって駆動されたgag AFGP遺伝子進化の分子機構と歴史への洞察をもたらす微細分解能配列分析のためのデータを提供した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： プローブ ,  *ゲノム ,  反復配列 ,  生息場所 ,  *再構成 ,  被覆 ,  DNA【核酸】 ,  ハプロタイプ ,  *糖タンパク質 ,  分子進化 ,  クローン ,  *遺伝子 ,  *遺伝 ,  凍結 ,  赤血球

著者キーワード (5件)： AFGP軸受CODS ,  BACライブラリ構築 ,  反復配列のための配列決定戦略 ,  AFGP配列組立 ,  染色体魚類

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 冷水 ,  反復 ,  糖蛋白質 ,  ゲノム ,  遺伝子座 ,  再構築