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J-GLOBAL ID：201802262649810570   整理番号：18A1006133

遺伝子SSRマーカー開発のためのササゲ(Vigna unguiculata L.Walp.)のde novoトランスクリプトーム解析【JST・京大機械翻訳】

De novo transcriptomic analysis of cowpea ( Vigna unguiculata L. Walp . ) for genic SSR marker development

著者 (6件)： Chen Honglin (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Wang Lixia (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Liu Xiaoyan (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Hu Liangliang (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Wang Suhua (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China) ,  Cheng Xuzhen (The National Key Facility for Crop Gene, Resources and Genetic Improvement, Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China)
資料名： BMC Genetics (Web)  (BMC Genetics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 65  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7366A  ISSN： 1471-2156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ササゲ[Vigna unguiculata(L.)Walp.]は熱帯および半乾燥地域における最も重要なマメ科植物の1つである。しかしながら,ササゲの遺伝的研究と育種に利用可能なゲノム情報は比較的少ない。本研究の目的は,ササゲトランスクリプトームを分析し,この属の将来の遺伝学的研究のための遺伝子分子マーカーを開発することであった。【結果】Aplina paired-end塩基配列決定技術に基づくササゲから約5000万の高品質cDNA配列読み取りを得て,1534bpのN50長さを有する47,899の単一遺伝子を生成するためにde novo組み立てを行った。配列類似性分析により,非冗長(Nr)蛋白質データベースにおける既知蛋白質と有意な類似性を有する36,289の単一遺伝子(75.8%)を明らかにした。その結果,GSTヒットを持つ23,471の単一遺伝子(49.0%),遺伝子とゲノム(KEGG)データベースにおける高い類似性を有する20654の単一遺伝子(43.1%)が得られた。さらなる分析は,潜在的な遺伝子分子マーカーとして5560の単純配列反復(SSR)を同定した。500SSRマーカーのランダムセットの検証により,32ササゲ系統間で54の多型マーカーを得た。結論:ササゲのこのトランスクリプトーム解析は,Vigna unguiculataにおける重要な農業形質を持つ遺伝子を特性化するためのゲノムデータの貴重なセットと,ササゲと関連したVigna種におけるさらなる遺伝的研究と育種のための新しいセットの遺伝子SSRマーカーを提供した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  *トランスクリプトーム ,  類似性 ,  データベース ,  熱帯 ,  ゲノム ,  *ササゲ ,  *ササゲ属 ,  育種 ,  キャラクタリゼーション ,  ヌクレオチド配列 ,  タンパク質
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Vigna unguiculata(L.)Walp ,  トランスクリプトーム ,  de novo組立 ,  機能注釈 ,  遺伝子SSR

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (54件)：

• BMC Genomics; Sequencing and analysis of the gene-rich space of cowpea; MP Timko, PJ Rushton, TW Laudeman, MT Bokowiec, E Chipumuro, F Cheung; 9; 2008; 103; 10.1186/1471-2164-9-103; CR1;
• Proc Natl Acad Sci U S A; A consensus genetic map of cowpea [Vigna unguiculata (L) Walp.] and synteny based on EST-derived SNPs; W Muchero, NN Diop, PR Bhat, RD Fenton, S Wanamaker, M Pottorff; 106; 43; 2009; 18159-18164; 10.1073/pnas.0905886106; CR2;
• Genet Mol Res; Genetic relationship of cowpea (Vigna unguiculata) varieties from Senegal based on SSR markers; FA Badiane, BS Gowda, N Cisse, D Diouf, O Sadio, MP Timko; 11; 1; 2012; 292-304; 10.4238/2012.February.8.4; CR3;
• PLoS One; Genetic diversity and population structure of cowpea (Vigna unguiculata L. Walp); H Xiong, A Shi, B Mou, J Qin, D Motes, W Lu; 11; 2016; 10.1371/journal.pone.0160941; CR4;
• Afr J Biotechnol; Recent advances in cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] "omics" research for genetic improvement; D Diouf; 10; 15; 2011; 2803-2810; 10.5897/AJBx10.015; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子 ,  SSRマーカー ,  開発 ,  ササゲ ,  Vigna ,  トランスクリプトーム解析