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J-GLOBAL ID：201802264589834890   整理番号：18A0965400

サトウキビにおける収量関連形質の遺伝子マイニングを可能にする連鎖およびQTLマッピングのためのGBSに基づく単一用量マーカー【JST・京大機械翻訳】

GBS-based single dosage markers for linkage and QTL mapping allow gene mining for yield-related traits in sugarcane

著者 (19件)： Balsalobre Thiago Willian Almeida (Departamento de Biotecnologia e Producao Vegetal e Animal, Centro de Ciencias Agrarias, Universidade Federal de Sao Carlos, Araras, Brazil) ,  Balsalobre Thiago Willian Almeida (Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Balsalobre Thiago Willian Almeida (Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Pereira Guilherme da Silva (Departamento de Genetica, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de Sao Paulo, Piracicaba, Brazil) ,  Margarido Gabriel Rodrigues Alves (Departamento de Genetica, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de Sao Paulo, Piracicaba, Brazil) ,  Gazaffi Rodrigo (Departamento de Biotecnologia e Producao Vegetal e Animal, Centro de Ciencias Agrarias, Universidade Federal de Sao Carlos, Araras, Brazil) ,  Barreto Fernanda Zatti (Departamento de Biotecnologia e Producao Vegetal e Animal, Centro de Ciencias Agrarias, Universidade Federal de Sao Carlos, Araras, Brazil) ,  Anoni Carina Oliveira (Departamento de Genetica, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de Sao Paulo, Piracicaba, Brazil) ,  Cardoso-Silva Claudio Benicio (Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Cardoso-Silva Claudio Benicio (Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Costa Estela Araujo (Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Costa Estela Araujo (Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Mancini Melina Cristina (Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Mancini Melina Cristina (Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Hoffmann Hermann Paulo (Departamento de Biotecnologia e Producao Vegetal e Animal, Centro de Ciencias Agrarias, Universidade Federal de Sao Carlos, Araras, Brazil) ,  Souza Anete Pereira de (Departamento de Biologia Vegetal, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Souza Anete Pereira de (Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, Brazil) ,  Garcia Antonio Augusto Franco (Departamento de Genetica, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de Sao Paulo, Piracicaba, Brazil) ,  Carneiro Monalisa Sampaio (Departamento de Biotecnologia e Producao Vegetal e Animal, Centro de Ciencias Agrarias, Universidade Federal de Sao Carlos, Araras, Brazil)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 72  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:Sugarcane(Sacum spp.)は,主に可変倍数性レベル,頻繁な異数性およびその組織の調査を妨げる大きなゲノムを持つ自己倍数体植物である。遺伝的アーキテクチャ研究は,興味のある形質に関連するゲノム領域を同定するために重要である。しかしながら,サトウキビの遺伝的複雑性のために,ゲノムツールの実用化は,すでにマーカー支援選抜(MAS)とゲノム選択に進歩した他の作物とは対照的に,この作物において顕著に遅れている。高スループット次世代配列決定(NGS)技術は,分子マーカー,特に一塩基多型(SNP)および挿入欠失(indels)をゲノム全体レベルで発見するための新しい機会を開いた。本研究の目的は,(i)サトウキビにおける遺伝子型別(GBS)データから変異体を同定するためのパイプラインを確立することである。(ii)GBSベースマーカープラス標的領域増幅多型とマイクロサテライトを構築する。(iii)推定候補遺伝子を探索するためにマッピングQTLを持つ関連マーカーを起源とする配列の注釈を実行する。【結果】著者らは,4つの偽参照を用いて,GBS読み取りを調整した。参照に依存して,3,433から1506の高品質マーカーが発見され,それらの半分が平均で単一線量マーカー(SDM)として分離された。GBSからの7049の非冗長SDMsに加えて,629のゲルベースのマーカーをその後の連鎖解析に用いた。7678のSDMsのうち993をマップした。これらのマーカーは223の連鎖群を通して分布し,18のホモ(eo)のグループ(HG)にクラスタ化され,累積地図長は3,682.04cMで,平均マーカー密度は3.70cMであった。4形質のQTLマッピングを行い,7QTLを見出した。著者らの結果は,位置にわたって安定なQTLの存在を示唆する。さらに,可溶性固形分(Brix)および繊維含有量(FIB)特性に対するQTLは,推定候補遺伝子にリンクしたマーカーを有していた。結論:本研究は,サトウキビにおけるマッピング集団の大規模変異体発見および遺伝子タイピングに対するGBSの使用を初めて報告し,倍数体,非モデル種におけるNGSデータの利用に関するいくつかの洞察を提供する。GBSの使用は多数のマーカーを生成し,まだ倍数性と対立遺伝子の用量推定を可能にした。さらに,著者らは7つのQTLを同定することができ,その2つはサトウキビにおける分子育種のための検証と将来の利用のための大きな可能性を持っていた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 一塩基多型 ,  ゲノム ,  倍数体 ,  対立遺伝子 ,  *遺伝子 ,  *サトウキビ ,  *遺伝 ,  マイクロサテライト ,  遺伝子型 ,  農作物 ,  クラスタ化
準シソーラス用語： 多倍数性 ,  候補遺伝子 ,  分子マーカー ,  *QTL解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Saccharum spp. ,  倍数性 ,  SNPs ,  分子マーカー ,  対立遺伝子量 ,  量的形質

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (149件)：

• Proc Int Soc Sugar Cane Technol; Sugarcane genome analysis with molecular markers, a first decade of research; A D’Hont, JC Glaszmann; 24; 2001; 556-9; CR1;
• Genome; Determination of basic chromosome numbers in the genus Saccharum by physical mapping of ribosomal RNA genes; A D’Hont, D Ison, K Alix, C Roux, JC Glaszmann; 41; 1998; 221-5; 10.1139/gen-41-2-221; CR2;
• Cytogenet Genome Res; Unraveling the genome structure of polyploids using FISH and GISH; examples of sugarcane and banana; A D’Hont; 109; 2005; 27-33; 10.1159/000082378; CR3;
• BMC Genet; A novel linkage map of sugarcane with evidence for clustering of retrotransposon-based markers; AC Palhares, TB Rodrigues-Morais, MA Sluys, DS Domingues, W Maccheroni, H Jordão; 13; 2012; 51; 10.1186/1471-2156-13-51; CR4;
• Mol Genet Genomics; Molecular cytogenetic investigation of chromosome composition and transmission in sugarcane; G Piperidis, N Piperidis, A D’Hont; 284; 2010; 65-73; 10.1007/s00438-010-0546-3; CR5;

タイトルに関連する用語 (9件)： サトウキビ ,  収量 ,  形質 ,  遺伝子 ,  連鎖 ,  QTLマッピング ,  GBS ,  用量 ,  マーカー