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J-GLOBAL ID：201802264595568498   整理番号：18A0258485

Homo sapiensリポ酸シンターゼのホモロジーモデリング:その結合様式に及ぼす基板ドッキングと洞察【Powered by NICT】

Homology modeling of Homo sapiens lipoic acid synthase: Substrate docking and insights on its binding mode

著者 (6件)： Krishnamoorthy Ezhilarasi (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Prof. M. Viswanathan Diabetes Research Centre and M.V. Hospital for Diabetes (WHO Collaborating Centre for Research, Education and Training in Diabetes), No. 4, West Madha Church Road, Royapuram, Chennai 600013, Tamil Nadu, India) ,  Hassan Sameer (Department of Biomedical Informatics, National Institute for Research in Tuberculosis (Indian Council of Medical Research), No. 1, Mayor Sathiyamoorthy Road, Chetpet, Chennai 600031, Tamil Nadu, India) ,  Hanna Luke Elizabeth (Department of Biomedical Informatics, National Institute for Research in Tuberculosis (Indian Council of Medical Research), No. 1, Mayor Sathiyamoorthy Road, Chetpet, Chennai 600031, Tamil Nadu, India) ,  Padmalayam Indira (Drug Discovery Division, Southern Research Institute, Birmingham, USA) ,  Rajaram Rama (Department of Biochemistry, Central Leather Research Institute, Adyar, Chennai, Tamil Nadu, India) ,  Viswanathan Vijay (Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Prof. M. Viswanathan Diabetes Research Centre and M.V. Hospital for Diabetes (WHO Collaborating Centre for Research, Education and Training in Diabetes), No. 4, West Madha Church Road, Royapuram, Chennai 600013, Tamil Nadu, India)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 420  ページ： 259-266  発行年： 2017年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リポ酸シンターゼ(リアス)は,リポ酸,強力な酸化防止剤の生合成のde novo経路の最終段階を触媒する鉄-硫黄クラスターミトコンドリア酵素である。最近は代謝性疾患におけるその役割の顕著な関心が寄せられているとライアス発現におけるその欠損は糖尿病,アテローム性動脈硬化症と新生児発症てんかんなどの条件に関連しており,リアス還元と疾患状態との間の強い逆相関を示唆している。本研究では,その構造,その役割を理解するための助けとなるであろうを予測するためにバイオインフォマティクスアプローチを使用した。LIAS蛋白質の相同性モデルはThermosynechococcus elongatus BP-1(PDB ID: 4U0P)のX線結晶構造を用いて作成した。予測構造は,Ramachandranプロットの最も支持領域の残基の93%を有していた。LIAS蛋白質の活性部位はGOLDソフトウェアを用いてS-アデノシルメチオニン(SAM)でマップ化され,結合した。LIAS SAM複合体は,サブサイト 1内の分子動力学シミュレーションと活性部位のサブサイト3を用いて精密化した。著者らの知識の及ぶ限りでは,これはLIAS蛋白質の信頼できる相同モデルを報告する最初の研究である。本研究は,リアス蛋白質を標的にすることができるとする薬物のデザインに将来の研究のための酵素-基質複合体の作用のより良い理解を促進するであろう。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 糖尿病 ,  アテローム性動脈硬化症 ,  酸化防止剤 ,  生合成 ,  予測 ,  *ドッキング ,  計算機シミュレーション ,  酵素基質複合体 ,  結晶構造 ,  モデル ,  相同性 ,  *合成酵素 ,  活性部位 ,  カルボン酸 ,  硫黄複素環化合物
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  *ホモロジーモデリング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (16件)： LIASlipoic酸シンターゼ ,  LAlipoic酸 ,  ORFopenリーディングフレーム ,  KGDHαケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ ,  PDHCpyruvateデヒドロゲナーゼ複合体 ,  Ins2Akita/+は加速された腎症 ,  apoE-/-アポE欠乏 ,  T2DMtype2糖尿病 ,  GAgeneticアルゴリズム ,  MDmolecular動力学 ,  RMSDrootは二乗偏差を意味する ,  RMSFthe根平均二乗ゆらぎ ,  Pspicoseconds ,  Fsfemtoseconds ,  NVTconstant体積と正常温度 ,  SAM Sadenosylメチオニン

分類 (2件)： 循環系の基礎医学  (GJ01020K) ,  循環系の疾患  (GJ03000C)

物質索引 (1件)： リポ酸

タイトルに関連する用語 (7件)： HOMO ,  リポ酸 ,  シンターゼ ,  ホモロジーモデリング ,  様式 ,  ドッキング ,  洞察