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J-GLOBAL ID：201802265371080954   整理番号：18A1154568

包括的関連マッピングのための強力なミクロビオームに基づく関連試験と微生物分類群発見フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

A powerful microbiome-based association test and a microbial taxa discovery framework for comprehensive association mapping

著者 (3件)： Koh Hyunwook (Department of Population Health and Environmental Medicine, New York University School of Medicine, New York, USA) ,  Blaser Martin J. (Department of Medicine and Microbiology, New York University Langone Medical Center, New York, USA) ,  Li Huilin (Department of Population Health and Environmental Medicine, New York University School of Medicine, New York, USA)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 5  号： 1  ページ： 45  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ヒトの健康と疾患における微生物相の役割は,ますます研究されており,高処理技術の利用を通して運動量を集めている。特異的微生物の役割の更なる同定は,微生物摂動に関連する疾患に関与する機構をより良く理解するために必要である。【方法】著者らは,新しいマイクロバイオームに基づくグループ関連試験方法,最適な微生物ベースの関連試験(OMiAT)を紹介する。OMiATはデータ駆動試験法であり,動力学的試験(SPU)と微生物回帰ベースのカーネル関連試験(MiRKAT)の合計から異なる試験を通して最適試験を行う。OMiATは微生物豊度と系統発生情報からの異なる相対的寄与から生じる有意な関連シグナルを効率的に発見することを示した。異なる分類学的ランク(例えば門,クラス,次数,ファミリー,属)における多様な上位レベル分類群の微細マッピングに適用する方法を提案し,新しく導入された微生物群発見枠組み,微生物学的包括的関連マッピング(MiCAM)内の全微生物群集に適用した。【結果】広範なシミュレーションにより,OMiATは,他の既存の方法と比較して,非常にロバストで強力であり,一方,I型誤り率を正確に制御することを実証した。また,著者らの実データ解析により,MiCAMは,グループ解析法としてOMiATを統合することにより,上位レベル分類群の評価に対して特に効率的であることを確認した。【結論】OMiATは,マイクロバイオームデータの高い複雑性と状態の未知の真の性質のために,実際に魅力的である。MiCAMは多数の微生物分類群に対する階層的な関連地図を提供し,ヒトの健康と疾患における発見された分類群の役割に関するさらなる研究のためのガイドラインとしても使用できる。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *微生物 ,  摂動 ,  誤り率 ,  データ解析 ,  ミクロフローラ ,  ロバスト性 ,  系統樹 ,  系統発生 ,  微生物学
準シソーラス用語： 分類学 ,  複雑性 ,  微生物コンソーシアム ,  *分類群 ,  *微生物分類 ,  *常在菌叢ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 微生物関連試験 ,  微生物群分析 ,  上レベル分類群 ,  分類学的構造 ,  系統樹 ,  包括的関連マッピング

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  水質調査測定一般  (SB02060X)

引用文献 (47件)：

• Nature; A framework for human microbiome research; 486; 7402; 2012; 215-221; 10.1038/nature11209; CR1;
• Cell; The impact of the gut microbiota on human health: an integrative view; JC Clemente, LK Ursell, LW Parfrey, R Knight; 148; 6; 2012; 1258-1270; 10.1016/j.cell.2012.01.035; CR2;
• Nature; Antibiotics in early life alter the murine colonic microbiome and adiposity; I Cho, S Yamanishi, L Cox, BA Methé, J Zavadil, K Li, Z Gao, D Mahana, K Raju, I Teitler, H Li, AV Alekseyenko, MJ Blaser; 488; 2012; 621-626; 10.1038/nature11400; CR3;
• Nature; A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes; J Qin, Y Li, Z Cai, S Li, J Zhu, F Zhang, S Liang, W Zhang, Y Guan, D Shen; 490; 2012; 55-60; 10.1038/nature11450; CR4;
• Nat Methods; Intestinal microbiota metabolism of L-carnitine, a nutrient in red meat, promotes atherosclerosis; RA Koeth, Z Wang, BS Levison, JA Buffa, E Org, BT Sheehy, EB Britt, X Fu, Y Wu, L Li; 19; 5; 2013; 576-585; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： マッピング ,  ミクロビオーム ,  試験 ,  微生物分類 ,  発見 ,  フレームワーク