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J-GLOBAL ID：201802270951294002   整理番号：18A0965782

Wolf参照ゲノム配列(Canis lupus lupus)とCanis spp.集団ゲノミクスに対するその意義【JST・京大機械翻訳】

The wolf reference genome sequence ( Canis lupus lupus ) and its implications for Canis spp. population genomics

著者 (19件)： Gopalakrishnan Shyam (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Castruita Jose A. Samaniego (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Sinding Mikkel-Holger S. (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Sinding Mikkel-Holger S. (Natural History Museum, University of Oslo, Oslo, Norway) ,  Kuderna Lukas F. K. (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC), PRBB, Barcelona, Spain) ,  Kuderna Lukas F. K. (CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Barcelona, Spain) ,  Raeikkonen Jannikke (Department of Environmental Research and Monitoring, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Petersen Bent (Department of Bio and Health Informatics, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby, Denmark) ,  Sicheritz-Ponten Thomas (Department of Bio and Health Informatics, Technical University of Denmark, Kongens Lyngby, Denmark) ,  Larson Greger (Palaeogenomics & Bio-Archaeology Research Network, Research Laboratory for Archaeology and the History of Art, University of Oxford, Oxford, UK) ,  Orlando Ludovic (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Marques-Bonet Tomas (Institute of Evolutionary Biology (UPF-CSIC), PRBB, Barcelona, Spain) ,  Marques-Bonet Tomas (CNAG-CRG, Centre for Genomic Regulation (CRG), Barcelona Institute of Science and Technology (BIST), Barcelona, Spain) ,  Marques-Bonet Tomas (Catalan Institution of Research and Advanced Studies (ICREA), Passeig de Lluis Companys, 23, Barcelona, Spain) ,  Hansen Anders J. (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Dalen Love (Department of Bioinformatics and Genetics, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden) ,  Gilbert M. Thomas P. (Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark) ,  Gilbert M. Thomas P. (Trace and Environmental DNA Laboratory, Department of Environment and Agriculture, Curtin University, Perth, Western Australia, Australia) ,  Gilbert M. Thomas P. (NTNU University Museum, Norwegian University of Science and Technology, Trondheim, Norway)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 495  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】研究の数の増加は,イヌ,wol,および関連したカナダゲノムの再配列を通して,主にイヌの栽培化の進化的ゲノミクスに取り組んでいる。しかし,これらのデータをマッピングするために現在利用可能な1つのde novo集合カナダゲノムのみがある。著者らは,参照の付加的な選択として最初のde novo wolfゲノム(Canis lupus lupus)を生成し,以前に公表されたイヌとwolf再配列データがこの参照に再マッピングされたときにどのような意味が生じるかを調べた。【結果】参照ゲノム選択にかかわらず,ほとんどの進化的ゲノム解析は,混合物と主成分分析を用いて,wolとイヌの間の構造を調査することを含む定性的に類似した結果をもたらすことを見出した。しかし,再マッピング試料のゲノム被覆率,発見された変異体の数,および試料のヘテロ接合性推定の違いを観察した。結論:結論として,参照の選択は,研究の目的によって決定される。本研究がイヌ間の異なるイヌ品種または微細構造間の差異に焦点を合わせると,それから箱参照ゲノムを用いることは適切であるが,本研究の目的がwol内の変動とイヌに対するそれらの関係を調べることにあるならば,de novo集合wol参照ゲノムを用いることは明らかな利点がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  微細構造 ,  品種 ,  主成分分析 ,  被覆率
準シソーラス用語： ヘテロ接合性 ,  ゲノム選択 ,  栽培化 ,  再配列 ,  *ゲノミクス ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Canisループス ,  進化ゲノミクス ,  ゲノム ,  Wolf

分類 (3件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  生物学的機能  (EB03040U)

引用文献 (53件)：

• Heredity; Applications of next generation sequencing in molecular ecology of non-model organisms; R Ekblom, J Galindo; 107; 2011; 1-15; 10.1038/hdy.2010.152; CR1;
• Cell; The next-generation sequencing revolution and its impact on genomics; DC Koboldt, KM Steinberg, DE Larson, RK Wilson, ER Mardis; 155; 2013; 27-38; 10.1016/j.cell.2013.09.006; CR2;
• Nature; Population genomics of bronze age Eurasia; ME Allentoft, M Sikora, K-G Sjögren, S Rasmussen, M Rasmussen, J Stenderup; 522; 2015; 167-172; 10.1038/nature14507; CR3;
• Nat Publ Group; Reconstructing ancient genomes and epigenomes; L Orlando, MTP Gilbert, E Willerslev; 16; 2015; 395-408; CR4;
• Sci Am Assoc Adv Sci; The genetic prehistory of the new world Arctic; M Raghavan, M DeGiorgio, A Albrechtsen, I Moltke, P Skoglund, TS Korneliussen; 345; 2014; 1255832; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： 参照ゲノム ,  Canis ,  SPP ,  集団 ,  ゲノミクス