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J-GLOBAL ID：201802271849079198   整理番号：18A0965484

RNA配列決定を用いたヒツジ乳トランスクリプトームにおける変異体発見【JST・京大機械翻訳】

Variant discovery in the sheep milk transcriptome using RNA sequencing

著者 (5件)： Suarez-Vega Aroa (Departamento de Produccion Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de Leon, Leon, Spain) ,  Gutierrez-Gil Beatriz (Departamento de Produccion Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de Leon, Leon, Spain) ,  Klopp Christophe (INRA, Plateforme bioinformatique Toulouse Midi-Pyrenees, UR875 Biometrie et Intelligence Artificielle, Castanet-Tolosan Cedex, France) ,  Tosser-Klopp Gwenola (GenPhySE, Universite de Toulouse, INRA, INPT, ENVT, Castanet, France) ,  Arranz Juan Jose (Departamento de Produccion Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de Leon, Leon, Spain)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 170  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】望ましい表現型の基礎となる遺伝的変異の同定は,現在の家畜遺伝学研究の主要な課題の1つである。ハイスループットトランスクリプトーム配列決定(RNA-Seq)は,異なる組織および種におけるトランスクリプトーム変異体(SNPおよび短いindel)の検出のための新しい機会を提供する。本研究では,スペインで養殖された2つの一般的な酪農ヒツジ品種,ChurraおよびAssafヒツジにおける乳トランスクリプトームのコード領域内の遺伝的変異を特性化する目的で,Milk Sheep Somatic Cell(MSCs)にRNA-Seqを用いた。【結果】合計216637の変異体が,分析された8つのヒツジのMSCsトランスクリプトームにおいて検出された。それらの間で,全部で57795の変異体が,泌乳量,蛋白質比率および脂肪比率のために定量的なトライ(QTL)を含む領域において検出された。その中で,21.44%は新しい変異体であった。検出された全変異体の中で,561(2.52%)および1,649(7.42%)が,それぞれ対応する転写単位において高いまたは中程度の影響変化を生成すると予測された。新しい関連機能的変異体(高及び中程度の影響)を持つ選択QTL領域内に位置する遺伝子の機能的濃縮分析において,最も高い濃縮を有するKEGG経路は「小胞体における蛋白質プロセシング」であり,さらに,脂質代謝に関与する主要乳蛋白質及び分子をコードする遺伝子において合計504及び1063変異体を同定した。これらの変異体のうち,20の突然変異がコードされた蛋白質に対して推定上の関連効果を有することが分かった。結論:ヒツジの泌乳乳腺で発現された遺伝子の遺伝的変異体を同定することを目的とした最初のトランスクリプトームアプローチを提示した。泌乳量,蛋白質割合および脂肪率に対するQTLを持つ領域内の変動性のトランスクリプトーム解析を通して,酪農生産形質に影響を及ぼす可能性のある突然変異を持ついくつかの経路および遺伝子を見出した。さらに,顕著な変異体は,乳脂肪代謝に関連する主要な乳蛋白質と蛋白質をコードする候補遺伝子においても見出された。本研究で見出されたSNPのいくつかは,遺伝子タイピングプラットフォームまたはカスタムSNPアレイにおける適切なマーカーとして含まれ,商業集団における関連分析を実行し,酪農生産産業におけるゲノム選択プロトコルを適用することができた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子 ,  泌乳量 ,  キャラクタリゼーション ,  スペイン ,  突然変異 ,  乳汁分泌 ,  *トランスクリプトーム ,  *RNA【核酸】 ,  酪農 ,  乳タンパク質 ,  脂質代謝 ,  乳脂肪 ,  表現型
準シソーラス用語： 遺伝的変異 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 酪農ヒツジ ,  乳体細胞 ,  RNA-seq ,  トランスクリプトーム変異体

分類 (1件)： 羊,山羊  (FD02050F)

引用文献 (78件)：

• J Sci Food Agric; Investigating the genetic polymorphism of sheep milk proteins: a useful tool for dairy production; M Selvaggi, V Laudadio, C Dario, V Tufarelli; 94; 2014; 3090-3099; 10.1002/jsfa.6750; CR1;
• Adv Anim Vet Sci; β-Lactoglobulin gene polymorphisms in sheep and effects on milk production traits: A Review; M Selvaggi; 3; 2015; 478-484; 10.14737/journal.aavs/2015/3.9.478.484; CR2;
• Small Rumin Res; Milk protein variants are highly associated with milk performance traits in East Friesian Dairy and Lacaune sheep; IJ Giambra, H Brandt, G Erhardt; 121; 2014; 382-394; 10.1016/j.smallrumres.2014.09.001; CR3;
• Int Dairy J; Genetic polymorphism of ovine milk proteins: its influence on technological properties of milk- a review; L Amigo, I Recio, M Ramos; 10; 2000; 135-149; 10.1016/S0958-6946(00)00034-0; CR4;
• Nucleic Acids Res Oxford University Press; Developmental progress and current status of the Animal QTLdb; Z-L Hu, CA Park, JM Reecy; 44; 2016; D827-D833; 10.1093/nar/gkv1233; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： RNA ,  ヒツジ ,  乳 ,  トランスクリプトーム ,  変異体 ,  発見