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J-GLOBAL ID：201802274426282827   整理番号：18A1038887

メタゲノムに基づく多様性分析はOfunato湾におけるカキ養殖場に関連する細菌群集に対する強い局所性シグナルを示唆する【JST・京大機械翻訳】

Metagenome-based diversity analyses suggest a strong locality signal for bacterial communities associated with oyster aquaculture farms in Ofunato Bay

著者 (20件)： Kobiyama Atsushi (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Ikeo Kazuho (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Reza Md. Shaheed (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Rashid Jonaira (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Yamada Yuichiro (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Ikeda Yuri (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Ikeda Daisuke (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Mizusawa Nanami (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Sato Shigeru (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Ogata Takehiko (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Jimbo Mitsuru (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Kudo Toshiaki (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan) ,  Kaga Shinnosuke (Iwate Fisheries Technology Center, Kamaishi, Iwate 026-0001, Japan) ,  Watanabe Shiho (Iwate Fisheries Technology Center, Kamaishi, Iwate 026-0001, Japan) ,  Naiki Kimiaki (Iwate Fisheries Technology Center, Kamaishi, Iwate 026-0001, Japan) ,  Kaga Yoshimasa (Iwate Fisheries Technology Center, Kamaishi, Iwate 026-0001, Japan) ,  Mineta Katsuhiko (King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Computational Bioscience Research Center (CBRC), Thuwal 23955-6900, Saudi Arabia) ,  Bajic Vladimir (King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Computational Bioscience Research Center (CBRC), Thuwal 23955-6900, Saudi Arabia) ,  Gojobori Takashi (King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Computational Bioscience Research Center (CBRC), Thuwal 23955-6900, Saudi Arabia) ,  Watabe Shugo (Kitasato University School of Marine Biosciences, Minami-ku, Sagamihara, Kanagawa 252-0373, Japan)
資料名： Gene  (Gene)
巻： 665  ページ： 149-154  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 日本における小fun湾は,ブイとロープ型のカキ養殖活動の家庭である。カキは懸濁物質を懸濁し,海水中に有機物を排出するので,その近傍に存在する細菌群集は,カキ養殖活動に依存して動的変化を示す可能性がある。著者らは,湾の中心(KSt)におけるカキ養殖施設の近くの細菌群集を研究するためにショットガンメタゲノム技術を使用した。2)観測所から離れた2つの他の地域のそれらとの結果を比較した。1)南西部(湾入口,KSt3)。海水試料は,3つの場所の表面(1m)とより深い(8または10m)層から2015年1月から12月まで毎月採取し,0.2μm膜上の逐次濾過画分をIllina MiSeqシステム上で配列した。取得された読み取りはKEGG機能的豊度分析のためにMG-RASTにアップロードされたが,門と属レベルでの分類学的分析はBLAST出力を分析した後にMEGANを用いて行われた。次に,識別分析を交差検証のROC-AUC値を用いて行い,深さ(浅いまたは深い),局所性[(KSt1+KSt)を標的とした。2)KSt3;(Kst1+KSt)。3)KSt2またはKSt2+KSt.3)KSt1と季節性(12か月)。異なる深さ,位置および月から生じたデータセットに基づくROC-AUCによる隣接2連続季節におけるマトリックス識別分析は,7月から6月までのデータセットの分類マトリックスで最も強い識別信号を示し,KEGGマトリックスは7月から2月までのデータセットに対して最も強いシグナルを示した。次に,局所性組合せを同じROC-AUC識別分析にかけ,KEGGマトリックス上でKSt2とKSt1+KSt3の間に有意差をもたらした。これらの結果は,水産養殖活動が細菌機能に著しく影響することを示唆する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 懸濁物質 ,  *局所性 ,  有機物 ,  日本 ,  *細菌 ,  *養殖 ,  判別分析 ,  懸濁液 ,  海水 ,  水試料 ,  海洋 ,  *養殖場
準シソーラス用語： KEGG ,  *細菌群集 ,  *メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (2件)： メタゲノム ,  大船渡湾

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  動物の生化学  (EJ01050P)

タイトルに関連する用語 (8件)： メタゲノム ,  多様性 ,  分析 ,  カキ ,  養殖場 ,  細菌群集 ,  局所性 ,  シグナル