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J-GLOBAL ID：201802275660235176   整理番号：18A0966028

トランスクリプトーム解析はArabidopsis thalianaにおいてSR45を中性スプライシング調節因子であり,自然免疫のサプレッサーであることを明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Transcriptome analyses reveal SR45 to be a neutral splicing regulator and a suppressor of innate immunity in Arabidopsis thaliana

著者 (12件)： Zhang Xiao-Ning (Biochemistry Program, Department of Biology, St. Bonaventure University, St. Bonaventure, USA) ,  Zhang Xiao-Ning (CMNS-Institute for Advanced Computer Studies, University of Maryland, College Park, USA) ,  Shi Yifei (Department of Cell Biology and Molecular Genetics and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, USA) ,  Powers Jordan J. (Biochemistry Program, St. Bonaventure University, St. Bonaventure, USA) ,  Gowda Nikhil B. (Department of Biology, St. Bonaventure University, St. Bonaventure, USA) ,  Zhang Chong (Department of Biological Sciences, University of Maryland Baltimore County, Baltimore, USA) ,  Ibrahim Heba M. M. (Department of Cell Biology and Molecular Genetics and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, USA) ,  Ibrahim Heba M. M. (Genetics Department, Faculty of Agriculture, Cairo University, Cairo, Egypt) ,  Ball Hannah B. (Biochemistry Program, St. Bonaventure University, St. Bonaventure, USA) ,  Chen Samuel L. (Bioinformatics Program, St. Bonaventure University, St. Bonaventure, USA) ,  Lu Hua (Department of Biological Sciences, University of Maryland Baltimore County, Baltimore, USA) ,  Mount Stephen M. (Department of Cell Biology and Molecular Genetics and Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 772  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:プレmRNAスプライシングの調節は蛋白質産物を多様化し,多くの生物学的過程に影響する。Arabidopsis thalianaのセリン/アルギニンに富む45(SR45)は,他の調節蛋白質およびスプライセオソームサブユニットと相互作用することによりプレmRNAスプライシングを調節する。SR45はヒトRNPS1を含む多様な真核生物においてオーソログを有するが,sr45-1ヌル変異体は実行可能である。狭い花花弁と減少した種子形成は,SR45が生殖を含む多様な過程に関与する遺伝子を調節することを示唆する。SR45が生殖過程の調節にどのように関与するかを理解するために,RNA-seqを用いて野生型およびsr45-1花序からmRNAを研究し,免疫沈降によりSR45結合RNAを同定した。【結果】種々のバイオインフォマティクスツールを用いて,合計358のSR45特異的に制御された(SDR)遺伝子,542のSR45依存性選択的スプライシング(SAS)イベント,および1812のSR45関連RNA(SARs)を同定した。SDR遺伝子とSAS遺伝子の間にはほとんど重複がなく,遺伝子のセットは花または種子発生に富んでいない。しかしながら,生殖過程遺伝子からの転写物は,SARsで著しく過剰発現している。SARsの運命を調べることにおいて,合計81のSARsが代替スプライシングを受けているが,それらのうちの14は既知の非センス媒介Decay(NMD)ターゲットであることを見出した。GGNGGに関連するモチーフは,SARsと異なるタイプのSASイベントの両方に富み,SR45がこのモチーフを直接認識することを示唆した。植物防御に関与する遺伝子は,SR45により発現が抑制される遺伝子の間で有意に過剰発現し,sr45-1植物は,実際に増強された免疫を示す。結論:SR45は自然免疫の抑制因子であることを見出した。単一モチーフ(GGNGG)は,SR45により結合されたRNAと,花序組織におけるSR45依存性選択的スプライシング事象の近くの配列において高度に濃縮されていることを見出した。SR45により調節される選択的スプライシング事象は,SR45の効果が特異的事象の活性化または抑制であるかどうかに関わらず,このモチーフに対し富化されることを見出した。したがって,著者らのデータはSR45がスプライシングの活性化因子またはレプレッサーとして単純なカテゴリー化を決定する方法においてスプライスサイト選択を制御することを示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 真核生物 ,  相互作用 ,  *自然免疫 ,  レプレッサー ,  野生型 ,  タンパク質 ,  遺伝子 ,  生殖 ,  ヒト ,  *Arabidopsis thaliana ,  選択的スプライシング ,  mRNA ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： 過剰発現 ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： SR45 ,  異なる遺伝子発現 ,  選択的スプライシングの調節 ,  SR45関連RNA ,  植物防御 ,  花序

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (54件)：

• Nat Rev Genet; Context-dependent control of alternative splicing by RNA-binding proteins; XD Fu, M Ares; 15; 10; 2014; 689-701; 10.1038/nrg3778; CR1;
• PLoS One; Regulation of plant developmental processes by a novel splicing factor; GS Ali, SG Palusa, M Golovkin, J Prasad, JL Manley, AS Reddy; 2; 5; 2007; e471; 10.1371/journal.pone.0000471; CR2;
• Plant Physiol; Two alternatively spliced isoforms of the Arabidopsis SR45 protein have distinct roles during normal plant development; XN Zhang, SM Mount; 150; 3; 2009; 1450-1458; 10.1104/pp.109.138180; CR3;
• EMBO J; Purification and characterization of human RNPS1: a general activator of pre-mRNA splicing; A Mayeda, J Badolato, R Kobayashi, MQ Zhang, EM Gardiner, AR Krainer; 18; 16; 1999; 4560-4570; 10.1093/emboj/18.16.4560; CR4;
• Mol Cell Biol; Human RNPS1 and its associated factors: a versatile alternative pre-mRNA splicing regulator in vivo; E Sakashita, S Tatsumi, D Werner, H Endo, A Mayeda; 24; 3; 2004; 1174-1187; 10.1128/MCB.24.3.1174-1187.2004; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： トランスクリプトーム解析 ,  Arabidopsis ,  中性 ,  スプライシング ,  調節因子 ,  自然免疫 ,  サプレッサー