特許

J-GLOBAL ID：201803012140635433

被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法

発明者： 松田 文彦 ,  川口 修治 ,  日笠 幸一郎 ,  山田 亮
出願人/特許権者： 国立大学法人京都大学
代理人 (8件)： 高島 一 ,  土井 京子 ,  鎌田 光宜 ,  田村 弥栄子 ,  小池 順造 ,  當麻 博文 ,  赤井 厚子 ,  戸崎 富哉
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2016-257041
公開番号（公開出願番号）：特開2018-108042
出願日： 2016年12月28日
公開日（公表日）： 2018年07月12日
要約：

【課題】精度よく被験者のHLA遺伝子のアレルを判定することができる新たな方法の提供。【解決手段】以下の工程を含む、被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法:(1)被験者から得られた生体試料中の配列解析情報(リード)を取得する工程、(2)公知のHLAアレルのエクソンおよびイントロンの塩基配列情報を取得し、該エクソンおよび該イントロンの塩基配列情報と該HLAアレルのエクソンおよびイントロンとの対応関係を記録したHLA辞書を作成する工程、(3)工程(1)で取得されたリードが工程(2)で作成されたHLA辞書に含まれるいずれかのエクソンまたはイントロンの塩基配列にと一致する場合、該リードは該塩基配列が含まれるアレルに一致すると判定する工程、(4)工程(3)でリードに一致すると判定されたアレルが含まれるHLA遺伝子に対する該リードの重みを計算する工程、(5)工程(4)で計算されたリードの重みを基に、HLA遺伝子のアレルペアのスコアを計算する工程、(6)工程(5)で計算されたスコアを最大にするアレルペアを探査し、被験者のHLA遺伝子のアレルペアとして判定する工程。【選択図】なし

請求項（抜粋）：

以下の工程を含む、被験者のHLA遺伝子のアレルペアを判定する方法: (1)被験者から得られた生体試料中のHLA遺伝子の部分塩基配列情報(リード)を取得する工程、 (2)公知のHLAアレルのエクソンおよびイントロンの塩基配列情報を取得し、該エクソンおよび該イントロンの塩基配列情報と該HLAアレルのエクソンおよびイントロンとの対応関係を記録したHLA辞書を作成する工程、 (3)工程(1)で取得されたリードが工程(2)で作成されたHLA辞書に含まれるいずれかのエクソンまたはイントロンの塩基配列に一致する場合、該リードは該塩基配列が含まれるアレルに一致すると判定する工程、 (4)工程(3)でリードに一致すると判定されたアレルが含まれるHLA遺伝子に対する該リードの重みを計算する工程、 (5)工程(4)で計算されたリードの重みを基に、HLA遺伝子のアレルペアのスコアを計算する工程、 (6)工程(5)で計算されたスコアを最大にするアレルペアを探査し、被験者のHLA遺伝子のアレルペアとして判定する工程。

IPC (1件)：

C12Q 1/68

FI (1件)：

C12Q1/68 Z

Fターム (8件)：

4B063QA01 ,  4B063QQ02 ,  4B063QQ43 ,  4B063QR08 ,  4B063QR62 ,  4B063QS24 ,  4B063QX02 ,  4B063QX10

引用特許：

審査官引用 (1件)

• HLAタイピング法
  公報種別：公開公報   出願番号：特願2003-340827   出願人：株式会社島津製作所