特許
J-GLOBAL ID：200903065054563060

HLAタイピング法

発明者：
四方 正光

四方 正光 について

, 
稲垣 知子

稲垣 知子 について


出願人/特許権者：
株式会社島津製作所

株式会社島津製作所 について


代理人 (1件)： 小林 良平
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-340827
公開番号（公開出願番号）：特開2005-102599
出願日： 2003年09月30日
公開日（公表日）： 2005年04月21日
要約：
【課題】 人手を介すること無く正確且つ迅速なHLAの型決定を行うことができる、HLAタイピング法を提供する。 【解決手段】 既知のHLAの塩基配列データを基に、予測される全対立遺伝子の組み合わせを記載したデータベースを作成し、シーケンスによって決定した検体の塩基配列と、上記のデータベース上の配列の一致する領域を一塩基ずつ比較して、不一致の数が最も少ない組み合わせ配列をその遺伝子座のHLA型として決定する。上記データベース作成の際には、塩基未決定の領域があっても削除することなく配列データの掛け合わせを行う。また、シーケンスにより確定された各塩基に、シーケンス確度を示す値を付与しておくことで、タイピング結果の信頼度を客観的に評価することができる。更にタイピングの結果複数の候補があった場合、コンピュータプログラムにより、自動的にアリル頻度に基づく絞り込みを行う。 【選択図】 図5
請求項（抜粋）：
HLAクラスI及びクラスIIに属する各遺伝子座の少なくとも一つの遺伝子座について、その塩基配列情報に基づいてHLA型を判定する方法において、 a)既知のHLAの塩基配列データを基に予め予測される全対立遺伝子の組み合わせを記載したデータベースを作成するデータベース作成ステップと、 b)検体の該当遺伝子座の少なくとも一部の塩基配列をシーケンスによって決定する塩基配列決定ステップと、 c)その塩基配列をデータベース中の個々の配列に一致する部分について1塩基ずつ比較を行い、不一致の数が少ない対立遺伝子の組み合わせを検体の遺伝子型の候補として抽出する配列検索ステップと、 d)不一致の数が最も少ない対立遺伝子の組み合わせをその遺伝子座のHLA型として決定する型判定ステップと、 を有することを特徴とするHLAタイピング法。
IPC (4件)：
C12Q1/68 ,  C12N15/09 ,  G06F17/30 ,  G06F19/00
FI (4件)：
C12Q1/68 A ,  G06F17/30 170F ,  G06F19/00 600 ,  C12N15/00 A
Fターム (32件)：
4B024AA11 ,  4B024CA04 ,  4B024CA05 ,  4B024CA06 ,  4B024CA09 ,  4B024CA11 ,  4B024GA18 ,  4B024HA08 ,  4B024HA12 ,  4B024HA14 ,  4B024HA19 ,  4B063QA01 ,  4B063QA13 ,  4B063QA18 ,  4B063QQ03 ,  4B063QQ43 ,  4B063QR08 ,  4B063QR32 ,  4B063QR41 ,  4B063QR42 ,  4B063QR55 ,  4B063QR62 ,  4B063QR82 ,  4B063QS10 ,  4B063QS12 ,  4B063QS16 ,  4B063QS25 ,  4B063QS34 ,  4B063QS36 ,  4B063QX01 ,  5B075ND03 ,  5B075UU19
引用特許：
出願人引用 (1件) 審査官引用 (6件)
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引用文献：
審査官引用 (5件)
  • Proc Annu Int Conf IEEE Eng Med Biol Soc., 23rd, 4 (2001) p.3743-3745
  • 臨床病理レビュー, 122 (2002) p.157-166
  • Eur J Biochem., 150 (1985) p.1-5
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