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J-GLOBAL ID：201902212229787934   整理番号：19A0176680

新しいUlvan分解多糖リアーゼファミリー:構造と触媒機構は活性部位構造の収束進化を示唆する【JST・京大機械翻訳】

New Ulvan-Degrading Polysaccharide Lyase Family: Structure and Catalytic Mechanism Suggests Convergent Evolution of Active Site Architecture

著者 (9件)： Ulaganathan ThirumalaiSelvi (Department of Biochemistry, University of Saskatchewan, Saskatchewan, Canada) ,  Boniecki Michal T. (Department of Biochemistry, University of Saskatchewan, Saskatchewan, Canada) ,  Foran Elizabeth (Institute for Nanotechnology and Advanced Materials and Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences, Bar-Ilan University, Israel) ,  Buravenkov Vitaliy (Institute for Nanotechnology and Advanced Materials and Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences, Bar-Ilan University, Israel) ,  Mizrachi Naama (Institute for Nanotechnology and Advanced Materials and Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences, Bar-Ilan University, Israel) ,  Banin Ehud (Institute for Nanotechnology and Advanced Materials and Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences, Bar-Ilan University, Israel) ,  Helbert William (Recherches sur les Macromolecules Vegetales, Universite Joseph Fourier, France) ,  Cygler Miroslaw (Department of Biochemistry, University of Saskatchewan, Saskatchewan, Canada) ,  Cygler Miroslaw (Department of Biochemistry, McGill University, Quebec, Canada)
資料名： ACS Chemical Biology  (ACS Chemical Biology)
巻： 12  号： 5  ページ： 1269-1280  発行年： 2017年 
JST資料番号： W5037A  ISSN： 1554-8937  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ulvanは緑藻によって生合成された複雑な硫酸化多糖類であり,主にラムノース,キシロース,およびウロン酸糖を含んでいる。Ulvan分解酵素は最近同定され,ファミリーPL24としてCAZy(www.cathy.org)データベースに添加されているが,それらの構造も触媒機構もまだ知られていない。いくつかの相同性,新しいulvanリアーゼは,Pseudoalteromonas sp.株PLSV,Alteromonas LOR,およびNonlabens ulvanivoransにおいて発見され,遺伝子PLSV_3936によってコードされたリアーゼを有する新しいファミリーPL25を定義している。この酵素はβ脱離機構を介して3-硫酸化ラムノース(R3S)とグルクロン酸(GlcA)またはイズロン酸(IdoA)の間のグリコシド結合を切断する。PLSV_3936の結晶構造と四糖類基質との複合体を報告した。PLSV_3936は,4つの逆平行β鎖から成る各ブレードを有する7ブレードβプロペラに折畳まれた。配列保存分析は,蛋白質表面上の深い隙間の一端で高度に保存された領域ライニングを同定した。推定活性部位を変異誘発と活性測定により同定した。結合四糖類基質を持つ酵素の結晶構造は塩基及び酸残基の同一性を確認し,触媒機構の決定及びウロン酸カルボキシル基を中和する残基の同定を可能にした。PLSV_3936構造は,異なる折畳みに埋め込まれた共通の活性部位構造に対する多糖リアーゼの間の収束進化の例を提供する。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 硫酸化 ,  基質 ,  *活性部位 ,  *リアーゼ ,  複合体 ,  データベース ,  生合成 ,  遺伝子 ,  緑藻類 ,  結晶構造 ,  タンパク質 ,  ペントース ,  アルドース ,  ヘキソース ,  デオキシ糖
準シソーラス用語： 残基 ,  ウロン酸類 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  酵素生理  (EG03052C)

物質索引 (2件)： キシロース ,  ラムノース

タイトルに関連する用語 (7件)： 分解 ,  多糖 ,  リアーゼ ,  ファミリー ,  触媒機構 ,  活性部位 ,  収束進化