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J-GLOBAL ID：201902212349770322   整理番号：19A1818231

ヘテロ接合性事象のゲノム証拠と平坦なモモの比較【JST・京大機械翻訳】

Comparison Between Flat and Round Peaches, Genomic Evidences of Heterozygosity Events

著者 (25件)： Tan Qiuping (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Tan Qiuping (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Tan Qiuping (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Liu Xiao (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Liu Xiao (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Liu Xiao (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Xiao Wei (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Xiao Wei (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Xiao Wei (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Gao Hongru (College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing, China) ,  Chen Xiude (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Chen Xiude (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Chen Xiude (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Fu Xiling (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Fu Xiling (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Fu Xiling (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Ling (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Ling (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Ling (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Dongmei (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Dongmei (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Li Dongmei (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Gao Dongsheng (College of Horticulture Science and Engineering, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Gao Dongsheng (State Key Laboratory of Crop Biology, Shandong Agricultural University, Tai’an, China) ,  Gao Dongsheng (Fruit Innovation of Modern Agricultural Industry Technology System in Shandong Province, Shandong Agricultural University, Tai’an, China)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 10  ページ： 592  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 芽のスポーツは果樹を含む多くの植物種で発生する。それらは体細胞における遺伝的分散と相関しているが,芽のスポーツに関与する機構はほとんど知られていない。本研究では,果実形状が平坦から円形に変換されたモモ芽スポーツを次世代配列決定(NGS)により同定し,ヘテロ接合性(LOH)イベントの長い損失が果実形状のこの変化の原因である可能性を示した。さらに,参照ゲノムと比較して,野生型および芽のスポーツゲノムにおいて237,476の高品質単一ヌクレオチド多型(SNP)を同定した。このSNPセットを用いて,長いLOHイベントが芽スポーツゲノムの足場Pp06の遠位端で同定された。155の追加モモ系統からのハプロタイプを相補し,芽スポーツの足場Pp06のホモ接合末端が野生型フラットモモの1ハプロタイプのみから由来する可能性があることを示唆した。127モモ系統の全ゲノム関連研究(GWAS)を行い,足場Pp06の26,924482bpに見出されたSNPを果実形状の差異に関連付けた。円形の果実を持つすべての系統はA/A遺伝子型を持つことが分かったが,A/TまたはT/T遺伝子型を持つ系統は平坦な果実を持っていた。最終的に,著者らはまた,236モモ系統と丸型果実を持つ141のPrunus種がこのSNPでA/A遺伝子型を持つことを見出し,一方,22のフラットなモモ系統がA/T遺伝子型を持つことを見出した。まとめると,著者らの結果は,このA/T多型に隣接する遺伝子とT対立遺伝子を持つハプロタイプがこの集団における平坦な果実形状を決定するかもしれないことを示唆する。さらに,T対立遺伝子を持つハプロタイプの損失をもたらすLOHイベントは野生型フラットモモにおける果実形状変化の原因となる可能性がある。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  遺伝子型 ,  対立遺伝子 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  野生型 ,  サクラ属 ,  形態 ,  ハプロタイプ ,  遺伝子 ,  一塩基多型 ,  果樹 ,  スポーツ ,  遺伝
準シソーラス用語： ホモ接合 ,  *ヘテロ接合性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Prunus persica ,  果物の形 ,  芽のスポーツ ,  ゲノムワイド関連研究 ,  次世代シークエンシング

分類 (2件)： 果樹  (FC03042G) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (47件)：

• Atwell S., Huang Y. S., Vilhjálmsson B. J., Willems G., Horton M., Li Y., et al (2010). Genome-wide association study of 107 phenotypes in Arabidopsis thaliana inbred lines. Nature 465:627. doi: 10.1038/nature08800
• Browning S. R., Browning B. L. (2007). Rapid and accurate haplotype phasing and missing-data inference for whole-genome association studies by use of localized haplotype clustering. Am. J. Hum. Genet. 81 1084-1097. doi: 10.1086/521987
• Cao K., Zheng Z., Wang L., Liu X., Zhu G., Fang W., et al (2014). Comparative population genomics reveals the domestication history of the peach, Prunus persica, and human influences on perennial fruit crops. Genome Biol. 15:415. doi: 10.1186/s13059-014-0415-1
• Cao K., Zhou Z., Wang Q., Guo J., Zhao P., Zhu G., et al (2016). Genome-wide association study of 12 agronomic traits in peach. Nat. Commun. 7:13246. doi: 10.1038/ncomms13246
• Carbonell-Bejerano P., Royo C., Torres-Pérez R., Grimplet J., Fernandez L., Franco-Zorrilla J. M., et al (2017). Catastrophic unbalanced genome rearrangements cause somatic loss of berry color in grapevine. Plant Physiol. 175 786-801. doi: 10.1104/pp.17.00715

タイトルに関連する用語 (5件)： ヘテロ接合性 ,  事象 ,  ゲノム ,  証拠 ,  モモ