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J-GLOBAL ID：201902212431304189   整理番号：19A2656269

多系統の証拠を用いたPopulus trichocarpaにおける新しい細胞壁調節遺伝子の発見【JST・京大機械翻訳】

Finding New Cell Wall Regulatory Genes in Populus trichocarpa Using Multiple Lines of Evidence

著者 (36件)： Furches Anna (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Furches Anna (2The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Kainer David (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Weighill Deborah (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Weighill Deborah (2The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Large Annabel (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Large Annabel (3Oak Ridge Associated Universities (ORAU), Oak Ridge, TN, United States) ,  Large Annabel (4Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Jones Piet (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Jones Piet (2The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Walker Angelica M. (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Walker Angelica M. (3Oak Ridge Associated Universities (ORAU), Oak Ridge, TN, United States) ,  Walker Angelica M. (5Department of Computer Science, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Walker Angelica M. (6Department of Biology, Johns Hopkins University, Baltimore, MD, United States) ,  Romero Jonathon (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Romero Jonathon (2The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Gazolla Joao Gabriel Felipe Machado (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Joubert Wayne (7Oak Ridge Leadership Computing Facility, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Shah Manesh (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Streich Jared (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Ranjan Priya (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Ranjan Priya (8Department of Plant Sciences, The University of Tennessee Institute of Agriculture, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Schmutz Jeremy (9Joint Genome Institute, Walnut Creek, CA, United States) ,  Schmutz Jeremy (10HudsonAlpha Institute for Biotechnology, Huntsville, AL, United States) ,  Sreedasyam Avinash (10HudsonAlpha Institute for Biotechnology, Huntsville, AL, United States) ,  Macaya-Sanz David (11Department of Biology, West Virginia University, Morgantown, WV, United States) ,  Zhao Nan (8Department of Plant Sciences, The University of Tennessee Institute of Agriculture, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States) ,  Martin Madhavi Z. (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Rao Xiaolan (12BioDiscovery Institute and Department of Biological Sciences, University of North Texas, Denton, TX, United States) ,  Dixon Richard A. (12BioDiscovery Institute and Department of Biological Sciences, University of North Texas, Denton, TX, United States) ,  DiFazio Stephen (11Department of Biology, West Virginia University, Morgantown, WV, United States) ,  Tschaplinski Timothy J. (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Chen Jin-Gui (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Tuskan Gerald A. (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Jacobson Daniel (1Biosciences Division, and The Center for Bioenergy Innovation, Oak Ridge National Laboratory, Oak Ridge, TN, United States) ,  Jacobson Daniel (2The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee, Knoxville, TN, United States)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 10  ページ： 1249  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞壁生合成を制御する調節ネットワークを理解することは,モデル木質多年生としてのその状態とリグノセルロース生成物に対するその重要性のために,Populus trichocarpaにおいて非常に興味深い。遺伝子共発現,遺伝子共メチル化,集団レベル対SNP相関,および2つの異なるSNP代謝産物ゲノム研究(GWAS)層を含む,P.trichocarpaにおける複数のオミックデータ集合を組み合わせるために,細胞壁生合成の制御において推定的に未知の役割を持つ遺伝子を探索した。検証,ランキングおよびフィルタリングアプローチを組み込むことにより,細胞壁生合成の調節に関与する9つの高優先遺伝子候補のリストを作成した。その後,候補遺伝子GROWTH-REGULATING FACTOR9(PtGRF9)の詳細な研究を行った。細胞壁生合成の調節におけるPtGRF9の役割を調べるために,機能的濃縮分析,予測転写因子結合部位分析,及びeQTNデータとの独立比較により,PtGRF9とデータ層を横切るパラログの全ゲノム結合を評価した。PtGRF9は,PtCCoAOMTおよびPtMYB41のような細胞壁生合成に関与する遺伝子を直接抑制することにより細胞壁に影響し,ホメオボックス遺伝子の調節により間接的に影響することを示した。さらに,証拠は,PtGRF9パラログが植物のグローバルエネルギー使用を指示する転写共調節因子として作用する可能性を示唆する。著者らの拡張したパイプラインを用いて,細胞壁調節機能におけるこれらの遺伝子の関与を暗示する複数の証拠を示し,実験的検証のための候補遺伝子の優先順位付けのためのこの方法の価値を実証した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 予測 ,  モデリング ,  ゲノムワイド関連解析 ,  *細胞壁 ,  メチル化 ,  *ハコヤナギ属 ,  *遺伝子 ,  代謝産物 ,  リグニン ,  等級づけ ,  生合成
準シソーラス用語： 調節因子 ,  パラロガス遺伝子 ,  候補遺伝子 ,  共発現 ,  *Populus trichocarpa , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 証拠の線 ,  細胞壁 ,  規制 ,  ゲノムワイド関連研究 ,  候補遺伝子同定 ,  ネットワーク解析 ,  マルチゲノム ,  Populus trichocarpa

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (92件)：

• Aguilar-Martínez J. A., Sinha N. (2013). Analysis of the role of Arabidopsis class I TCP genes AtTCP7, AtTCP8, AtTCP22, and AtTCP23 in leaf development. Front. Plant Sci. 4, 1-13. doi: doi: 10.3389/fpls.2013.00406
• Alejandro S., Lee Y., Tohge T., Sudre D., Osorio S., Park J., et al. (2012). AtABCG29 is a monolignol transporter involved in lignin biosynthesis. Curr. Biol. 22, 1207-1212. doi: doi: 10.1016/j.cub.2012.04.064
• Anders S., Pyl P. T., Huber W. (2015). HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics 31, 166-169. doi: doi: 10.1093/bioinformatics/btu638
• Badmi R., Payyavula R. S., Bali G., Guo H.-B., Jawdy S. S., Gunter L. E., et al. (2018). A new calmodulin-binding protein expresses in the context of secondary cell wall biosynthesis and impacts biomass properties in populus. Front. Plant Sci. 9, 1669. doi: doi: 10.3389/fpls.2018.01669
• Barros J., Serk H., Granlund I., Pesquet E. (2015). The cell biology of lignification in higher plants. Ann. Bot. 115, 1053-1074. doi: doi: 10.1093/aob/mcv046

タイトルに関連する用語 (5件)： 証拠 ,  Populus ,  細胞壁 ,  調節遺伝子 ,  発見