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J-GLOBAL ID：201902215618387298   整理番号：19A0326964

真菌に対するリボソームタンデム反復バーコーディングの導入【JST・京大機械翻訳】

Introducing ribosomal tandem repeat barcoding for fungi

著者 (16件)： Wurzbacher Christian (Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Wurzbacher Christian (Chair of Urban Water Systems Engineering, Technical University of Munich, Garching, Germany) ,  Wurzbacher Christian (Gothenburg Global Biodiversity Centre, Goteborg, Sweden) ,  Larsson Ellen (Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Larsson Ellen (Gothenburg Global Biodiversity Centre, Goteborg, Sweden) ,  Bengtsson-Palme Johan (Wisconsin Institute for Discovery, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin) ,  Bengtsson-Palme Johan (Department of Infectious Diseases, Institute of Biomedicine, The Sahlgrenska Academy, University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Van den Wyngaert Silke (Leibniz-Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries Berlin, Stechlin, Germany) ,  Svantesson Sten (Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Svantesson Sten (Gothenburg Global Biodiversity Centre, Goteborg, Sweden) ,  Kristiansson Erik (Department of Mathematical Sciences, Chalmers University of Technology and University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Kagami Maiko (Leibniz-Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries Berlin, Stechlin, Germany) ,  Kagami Maiko (Department of Environmental Science, Faculty of Science, Toho University, Funabashi, Japan) ,  Kagami Maiko (Graduate School of Environment and Information Sciences, Yokohama National University, Hodogayaku, Yokohama, Japan) ,  Nilsson R. Henrik (Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Goteborg, Sweden) ,  Nilsson R. Henrik (Gothenburg Global Biodiversity Centre, Goteborg, Sweden)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 19  号： 1  ページ： 118-127  発行年： 2019年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 種々のリボソーム遺伝子マーカーの配列比較と分析は,菌類の同定と記述のための主要な分子法である。しかしながら,DNAデータのみから知られている新しい環境真菌系統は,参照配列データベースにおける分類学とマーカー被覆の両方に関して,真菌界のサンプリングにおいて有意なギャップを明らかにする。リボソームマーカーの全てから参照データの統合を容易にするために,リボソームタンデム反復から完全リボソームオペロンの増幅を可能にする3セットの一般的プライマーを提示した。プライマーはすべてのリボソームマーカーをカバーする:ETS,SSU,ITS1,5.8S,ITS2,LSUおよびIGS。これらのプライマーを第三世代配列決定(PacBio及びナノ細孔配列決定)と組み合わせて,真正真菌ヘルバリウム試料(担子菌類),水生キトリッド(Chytridiomycota)及び初期分岐菌類(Nephridiophagidae)の良く理解されていない系統についてのアプローチを示した。特に,高スループット法でのナノ細孔配列決定により高品質の参照データを生成することができ,参照データの生成が,任意の大規模配列決定施設の関与なしに,規則的デスクトップコンピュータ上で達成できることを示した。ナノ細孔生成配列の品質は99.85%であり,Sanger配列決定のために記述された99.78%の精度に匹敵した。本研究では,著者らの参照データセットにおける巨大なギャップを閉じるために,究極の目的でリボソーム参照データの新しい包括的標準の生成を刺激することを希望する。Copyright 2019 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *真菌類 ,  DNA【核酸】 ,  *リボソーム ,  データベース ,  担子菌類 ,  ツボカビ類 ,  オペロン ,  被覆 ,  品質
準シソーラス用語： ナノ細孔 ,  参照データ ,  分類学 ,  バーコーディング ,  縦列反復配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： IGS ,  ナノ細孔 ,  PacBio ,  リボソームオペロン ,  sり ,  第3世代シークエンシング

分類 (3件)： 動物分類学  (EJ01030T) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 真菌 ,  リボソーム ,  タンデム反復 ,  バーコーディング