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J-GLOBAL ID：201902215809090666   整理番号：19A0442990

L-乳酸デヒドロゲナーゼの大規模構造転移における閉鎖及び開ループ立体配座の役割【JST・京大機械翻訳】

Roles of Closed- and Open-Loop Conformations in Large-Scale Structural Transitions of l-Lactate Dehydrogenase

著者 (6件)： Suzuki Kimichi (Department of Chemistry, Faculty of Science, Hokkaido University, Japan) ,  Suzuki Kimichi (Fukui Institute for Fundamental Chemistry, Kyoto University, Japan) ,  Maeda Satoshi (Department of Chemistry, Faculty of Science, Hokkaido University, Japan) ,  Maeda Satoshi (Research and Services Division of Materials Data and Integrated System (MaDIS), National Institute for Materials Science (NIMS), Japan) ,  Maeda Satoshi (Institute for Chemical Reaction Design and Discovery (WPI-ICReDD), Hokkaido University, Japan) ,  Morokuma Keiji (Fukui Institute for Fundamental Chemistry, Kyoto University, Japan)
資料名： ACS Omega  (ACS Omega)
巻： 4  号： 1  ページ： 1178-1184  発行年： 2019年 
JST資料番号： W5044A  ISSN： 2470-1343  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ウサギ筋肉からのL-乳酸脱水素酵素(LDH)によるピルビン酸からのL-乳酸生成の機構を,量子力学/分子力学(QM/MM)-ONIOM法と組み合わせた多重構造マイクロ反復(MSM)法により理論的に研究した。ここで,MSM法は,幾何学的最適化またはQM部分の反応経路計算の間に完全に緩和される多重構造の加重平均としてMM環境を記述する。結果は,基質結合と生成物状態がLDHの開ループ立体配座でのみ安定化され,反応が閉ループ立体配座で起こることを示した。言い換えると,化学反応の前後に,開ループ立体配座から閉ループ立体配座への大規模な構造転移とその逆が生じた。閉ループ立体配座は反応の遷移状態を安定化した。対照的に,開ループ立体配座は基質結合及び最終状態を安定化した。言い換えると,基質結合状態での閉鎖から開ループへの遷移は基質分子の捕捉を促し,その後の開ループから閉ループへの遷移は生成物の生成を促進し,最終状態での最終的な閉鎖から開ループへの遷移は基質結合状態に戻る逆反応を妨げる。従って,異なる状態での閉環と開ループ立体配座の間の安定性の交換が触媒サイクルを促進することが示唆された。Copyright 2019 American Chemical Society All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *開ループ系 ,  量子論 ,  反応経路 ,  遷移状態 ,  分子内力学 ,  *立体配座 ,  *構造相転移 ,  基質 ,  環化反応 ,  逆反応 ,  L-乳酸デヒドロゲナーゼ ,  脂肪族ケトン ,  脂肪族カルボン酸 ,  ケト酸
準シソーラス用語： 触媒サイクル ,  ONIOM , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (2件)： L-乳酸 ,  ピルビン酸

タイトルに関連する用語 (5件)： L-乳酸デヒドロゲナーゼ ,  閉鎖 ,  開ループ ,  立体配座 ,  役割