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J-GLOBAL ID：201902216986334371   整理番号：19A0734750

TRAMPマウスにおけるエピジェネティックな変化:MEDIP-seqを用いたエピゲノムDNAメチル化プロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Epigenetic alterations in TRAMP mice: epigenome DNA methylation profiling using MeDIP-seq

著者 (28件)： Li Wenji (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Li Wenji (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Huang Ying (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Huang Ying (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Huang Ying (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Sargsyan Davit (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Sargsyan Davit (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Sargsyan Davit (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Khor Tin Oo (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Khor Tin Oo (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Guo Yue (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Guo Yue (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Guo Yue (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Shu Limin (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Shu Limin (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Yang Anne Yuqing (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Yang Anne Yuqing (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Yang Anne Yuqing (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Zhang Chengyue (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Zhang Chengyue (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Zhang Chengyue (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Paredes-Gonzalez Ximena (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Paredes-Gonzalez Ximena (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Paredes-Gonzalez Ximena (Graduate Program in Pharmaceutical Sciences, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Verzi Michael (Department of Genetics, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Hart Ronald P. (Department of Cell Biology and Neuroscience, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Kong Ah-Ng (Center for Phytochemical Epigenome Studies, Ernest Mario School of Pharmacy, The State University of New Jersey, Piscataway, USA) ,  Kong Ah-Ng (Department of Pharmaceutics, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers, The State University of New Jersey, Piscataway, USA)
資料名： Cell & Bioscience (Web)  (Cell & Bioscience (Web))
巻： 8  号： 1  ページ： 3  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7373A  ISSN： 2045-3701  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは,マウス前立腺(TRAMP)癌モデルのトランスジェニック腺癌における前立腺癌のゲノムDNAメチル化プロファイルを調査し,標的遺伝子と関連する機能的経路の間のクロストークを分析する。24週齢TRAMPとC57BL/6雄マウスからの前立腺DNA試料を分離した。DNAメチル化プロファイルをメチル化DNA免疫沈降(MeDIP)に続く次世代配列決定(MeDIP-seq)により分析した。次に,異なるサンプルの標準経路,疾患および機能およびネットワーク分析を,純粋経路分析(IPA)ソフトウェアを用いて実行した。メチル化における有意差を有するいくつかの標的遺伝子をメチル化特異的プライマー(MSP)とqPCRを用いて検証するために選択した。トランプマウスは,広範囲の異常なCpG過剰および低メチル化を受ける。IPAソフトウェアによってマップされたように,2つのグループ間のCpGメチル化における有意な(log2-変化≧2)変化を有する2147の遺伝子があった。これらの遺伝子の中で,TRAMP前立腺腫瘍における1105および1042遺伝子のメチル化は,それぞれ有意に減少し,増加した。IPAにより同定された上部関連疾患は腺癌であった。しかしながら,cAMP応答エレメント結合蛋白質(CREB)-,ヒストンデアセチラーゼ2(HDAC2)-,グルタチオンS-トランスフェラーゼpi(GSTP1)およびポリユビキチン-C(UBC)関連経路は,標準経路およびネットワーク分析に基づいて有意に変化したメチル化プロファイルを示した。MSPとqPCRは,MeDIP-seq所見で確認された興味のある遺伝子の結果である。これは,前立腺癌のゲノムワイドメチル化プロファイルへの新しい洞察を提供するTRAMPモデルのIPA分析による最初のMeDIP-seqである。DNAメチル化のようなepiティクスに関する研究は,前立腺癌に対する治療と予防アプローチを標的としたバイオマーカーのさらなる開発のための新しい道と戦略を提供する可能性がある。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヒストンデアセチラーゼ ,  前立腺 ,  *メチル化 ,  バイオマーカー ,  免疫沈降反応 ,  遺伝子 ,  腺癌 ,  定量的PCR法 ,  *DNA【核酸】 ,  *エピジェネティクス ,  前立腺腫瘍
準シソーラス用語： CpG ,  標的遺伝子 ,  *プロファイリング ,  *DNAメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： MEDIP-seq ,  エピジェネティクス ,  DNAメチル化 ,  TRAMP ,  前立腺癌

分類 (3件)： 遺伝的変異  (EC01030Y) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  先天性疾患・奇形一般  (GD03010V)

引用文献 (67件)：

• Int J Cancer; Estimates of worldwide burden of cancer in 2008: GLOBOCAN 2008; J Ferlay, HR Shin, F Bray, D Forman, C Mathers, DM Parkin; 127; 2010; 2893-2917; 10.1002/ijc.25516; citation_id=CR1
• U.S. Cancer Statistics Working Group. United States Cancer Statistics: 1999-2014 Incidence and Mortality Web-based Report. Atlanta: U.S. Department of Health and Human Services, Centers for Disease Control and Prevention and National Cancer Institute; 2017.http://www.cdc.gov/uscs. Accessed 9 Jan 2018.
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• Int J Mol Sci; Prognostic DNA methylation markers for prostate cancer; SH Strand, TF Orntoft, KD Sorensen; 15; 2014; 16544-16576; 10.3390/ijms150916544; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： マウス ,  エピジェネティック ,  エピゲノム ,  DNAメチル化 ,  プロファイリング