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J-GLOBAL ID：201902219144803178   整理番号：19A2126563

比較トランスクリプトーム解析は選択的に繁殖した太平洋カキ,Crassostrea gigasの迅速成長の基礎となる分子基盤を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Transcriptome Analysis Reveals Molecular Basis Underlying Fast Growth of the Selectively Bred Pacific Oyster, Crassostrea gigas

著者 (8件)： Zhang Fuqiang (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Hu Boyang (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Fu Huiru (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Jiao Zexin (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Li Qi (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Li Qi (2Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Liu Shikai (1Key Laboratory of Mariculture, Ministry of Education, and College of Fisheries, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Liu Shikai (2Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 610  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 速い成長は,動物生産の収益性に影響を及ぼすすべての食品動物にとって最も望ましい形質の1つである。太平洋のカキ(Crassostrea gigas)は,世界中の重要な水産養殖貝類であり,最大の年間生産がある。太平洋カキの成長は人工選抜育種により大きく改善されているが,成長の基礎となる分子機構はあまり理解されておらず,他の優れた形質との速い成長の分子的統合育種を制限している。本研究では,高速成長選択的に飼育された太平洋カキと非選択野生太平洋カキ間の比較トランスクリプトーム解析をRNA-Seqにより行った。速く成長するカキと野生の対照の間で差次的に発現された全部で1,303の蛋白質コード遺伝子を同定し,そのうちの888の遺伝子が速く成長するカキにおいてより高いレベルで発現された。差次的に発現した遺伝子(DEG)の機能解析は,微小管運動活性とヌクレオチドと蛋白質の生合成に関与する遺伝子がカキの成長に潜在的に重要であることを示した。トランスクリプトームレベルにおける遺伝子の陽性選択分析は,有意な数のリボソーム蛋白質遺伝子が,人工淘汰育種プロセスの間,陽性選択を受けたことを示した。これらの結果はまた,カキの成長のための蛋白質生合成と代謝の重要性を示した。遺伝子の選択的スプライシング(AS)も2群間で比較した。1,818の遺伝子に関与する合計3,230の異なる選択的スプライシング事象(DAS)を同定した。これらのDAS遺伝子は,「長期増強」,「唾液分泌」および「ホスファチジルイノシトールシグナル伝達系」のような成長に関連する特異的な機能的経路と関連していた。本研究の知見は,カキおよび他の海洋無脊椎動物における成長調節の基礎となる分子機構を解明するための将来の研究のための価値ある資源であり,太平洋カキにおける他の優れた形質との急速な成長を統合するための育種応用のための固体支援を提供する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 動物 ,  食品 ,  淘汰 ,  *トランスクリプトーム ,  ヌクレオチド ,  遺伝子 ,  機能分析 ,  *マガキ ,  育種 ,  *太平洋 ,  高速度 ,  RNA【核酸】 ,  分離育種
準シソーラス用語： 分子機構 ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 太平洋カキ ,  RNA-seq ,  成長 ,  DEGS ,  KA/KS ,  選択的スプライシング

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (82件)：

• Alarcon-Matus P., Goncalves A. T., Valenzuela-Munoz V., Gallardo-Escarate C. (2015). Modulation of insulin-like receptor gene (MdIR) in response to feeding in the surf clam Mesodesma donacium (Lamarck, 1818). J. Molluscan Stud. 81, 37-43. doi: doi: 10.1093/mollus/eyu050
• Ananthakrishnan R., Ehrlicher A. (2007). The forces behind cell movement. Int. J. Bio. Sci. 3 (5), 303-317. doi: doi: 10.7150/ijbs.3.303
• Anders S., Huber W. (2010). Differential expression analysis for sequence count data. Genome Biol. 11 (10), R106. doi: doi: 10.1186/gb-2010-11-10-r106
• Anders S., Pyl P. T., Huber W. (2014). HTSeq-a Python framework to work with high-throughput sequencing data. Bioinformatics 31 (2), 166-169. doi: doi: 10.1093/bioinformatics/btu638
• Andrieu G., Quaranta M., Leprince C., Hatzoglou A. (2012). The GTPase Gem and its partner Kif9 are required for chromosome alignment, spindle length control, and mitotic progression. FASEB J. 26 (12), 5025-5034. doi: doi: 10.1096/fj.12-209460

タイトルに関連する用語 (8件)： トランスクリプトーム解析 ,  繁殖 ,  太平洋 ,  カキ ,  成長 ,  基礎 ,  分子 ,  基盤