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J-GLOBAL ID：201902223150243873   整理番号：19A1495950

臨床環境におけるミニイオンシーケンサーによるインフルエンザAおよびBウイルスの全ゲノム配列決定:パイロット研究【JST・京大機械翻訳】

Whole Genome Sequencing of Influenza A and B Viruses With the MinION Sequencer in the Clinical Setting: A Pilot Study

著者 (20件)： Imai Kazuo (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Imai Kazuo (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Imai Kazuo (Department of Infectious Diseases, Self-Defense Forces Central Hospital, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Tamura Kaku (Department of Infectious Diseases, Self-Defense Forces Central Hospital, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Tanigaki Tomomi (NBC Counter Medical Unit, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Takizawa Mari (Camp Asaka Medical Office, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Nakayama Eiko (Camp Asaka Medical Office, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Taniguchi Takahiko (Camp Asaka Medical Office, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Okamoto Misako (Camp Asaka Medical Office, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Nishiyama Yasumasa (NBC Counter Medical Unit, Japan Ground Self-Defense Forces, Tokyo, Japan) ,  Tarumoto Norihito (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Tarumoto Norihito (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Mitsutake Kotaro (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Mitsutake Kotaro (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University International Medical Center, Saitama, Japan) ,  Murakami Takashi (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Murakami Takashi (Department of Microbiology, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Maesaki Shigefumi (Department of Infectious Disease and Infection Control, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Maesaki Shigefumi (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Maeda Takuya (Center for Clinical Infectious Diseases and Research, Saitama Medical University, Saitama, Japan) ,  Maeda Takuya (Department of Microbiology, Saitama Medical University, Saitama, Japan)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 2748  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： インフルエンザウイルスの全ゲノム配列決定(WGS)は,ワクチンを調製し,新たに出現するウイルスに対処するために重要である。しかし,WGSは発展途上国において従来の次世代sequサーを用いて実行するのが困難であり,そこでは施設はしばしば不適切である。本研究では,ミニ携帯型sequサーを用いた臨床検体におけるインフルエンザウイルスに対するハイスループットWGS法を開発した。方法:インフルエンザAとBウイルスの全ゲノムを,東京で収集された13の臨床検体から多重RT-PCRにより増幅した。多重ミニイオン配列決定のためのバーコードタグを,カスタムバーコード化プライマーによる入れ子PCRにより各多重RT-PCRアンプリコンを添加した。すべてのバーコード化アンプリコンを,1D2配列決定キットを有するミニイオンsequサーを用いて混合し,多重配列決定した。さらに,各臨床検体から発生した多重RT-PCRアンプリコンを,ミニイオンsequサーの性能を検証するために,Illumina MiSeqプラットフォームを用いて配列決定した。ミニイオン配列決定の精度,再現性,および精度を,Illina MiSeqプラットフォームとミニイオンsequサーにおける変異体のcalの結果を比較することによって計算した。【結果】インフルエンザAおよびBウイルスの全ゲノムを,13の臨床サンプルから多重RT-PCRによって首尾よく増幅した。Illina MiSeqプラットフォームを用いて,インフルエンザA型ウイルスH3N2サブタイプとして6試料を,インフルエンザBウイルスYamagata系統として7を同定した。ミニイオンsequサの全体の精度,再現率,および精度は,1D readsからそれぞれ99.95%,89.41%,および97.88%,1D~2 readsから99.97%,93.28%,および99.86%であった。結論:インフルエンザAとBウイルスに対する新しいWGS法を開発した。遺伝的再編成のリアルタイムモニタリングと新たに出現するウイルスの評価のために,ミニイオンsequサーをより良く利用するために,読出し精度と分析ツールを改善する必要がある。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ワクチン ,  携帯型 ,  RT-PCR法 ,  遺伝 ,  再現性 ,  インフルエンザウイルス ,  多重化 ,  バーコード ,  一次元 ,  *ゲノム ,  *インフルエンザ ,  東京都
準シソーラス用語： アンプリコン ,  ハイスループット ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： インフルエンザウイルス ,  ミニイオン ,  MISEQ ,  全ゲノム配列決定 ,  日本

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (32件)：

• Brandariz-Fontes C., Camacho-Sanchez M., Vila C., Vega-Pla J. L., Rico C., Leonard J. A. (2015). Effect of the enzyme and PCR conditions on the quality of high-throughput DNA sequencing results. Sci. Rep. 5:8056. doi: 10.1038/srep08056
• Briand F. X., Schmitz A., Ogor K., Le Prioux A., Guillou-Cloarec C., Guillemoto C., et al (2017). Emerging highly pathogenic H5 avian influenza viruses in France during winter 2015/16: phylogenetic analyses and markers for zoonotic potential. Euro. Surveill. 22:30473. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.9.30473
• Cornelis S., Gansemans Y., Deleye L., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2017). Forensic SNP genotyping using nanopore MinION sequencing. Sci. Rep. 7:41759. doi: 10.1038/srep41759
• Cornish A., Guda C. (2015). A comparison of variant calling pipelines using genome in a bottle as a reference. Biomed. Res. Int. 2015:456479. doi: 10.1155/2015/456479
• Fedson D. S. (2009). Meeting the challenge of influenza pandemic preparedness in developing countries. Emerg. Infect. Dis. 15 365-371. doi: 10.3201/eid1503.080857

タイトルに関連する用語 (7件)： 臨床 ,  環境 ,  インフルエンザ ,  ウイルス ,  ゲノム配列 ,  パイロット ,  研究