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J-GLOBAL ID：201902223920368941   整理番号：19A2309333

Sterlet(Acipenser rutus)のドラフトゲノムと完全Hoxクラスタ特性化【JST・京大機械翻訳】

Draft Genome and Complete Hox-Cluster Characterization of the Sterlet (Acipenser ruthenus)

著者 (19件)： Cheng Peilin (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Cheng Peilin (2College of Fisheries, Chinese Perch Research Center, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China) ,  Huang Yu (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Huang Yu (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  Huang Yu (4BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Du Hao (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Li Chuangju (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Lv Yunyun (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  Lv Yunyun (4BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Ruan Rui (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Ye Huan (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China) ,  Bian Chao (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  You Xinxin (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  Xu Junmin (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  Xu Junmin (5School of Veterinary Medicine, Rakuno Gakuen University, Ebetsu, Japan) ,  Liang Xufang (2College of Fisheries, Chinese Perch Research Center, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China) ,  Shi Qiong (3Shenzhen Key Lab of Marine Genomics, Guangdong Provincial Key Lab of Molecular Breeding in Marine Economic Animals, Academy of Marine Sciences, BGI Marine, Shenzhen, China) ,  Shi Qiong (4BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen, China) ,  Wei Qiwei (1Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation, Ministry of Agriculture of China, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuhan, China)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 10  ページ： 776  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:チョウザメ(Chondrostei: Acipenseridae)は,Actinopteri間の基本的な位置にある「生きている化石」魚のグループである。それらは,それらの特別な進化的位置,種保存の挑戦,およびそれらの高度にプライム化された卵(caviar)により,大きな関心を集めている。スレット(Acipenser ruthenus)は,チョウザメの比較的小型のメンバーであり,ヨーロッパとアジアの両方で広く分布している。本研究において,著者らは,そのドラフトゲノムを構築するために,全ゲノム塩基配列決定,de novo集合およびtarletの遺伝子アノテーションを行った。結果:最終的に,Illina Hiseq 2500プラットフォームにより生成された合計316.8-Gb生読み取りから,1.83-Gbゲノム集合(BUSCO完全性81.6%)を得た。足場N50とコンティグN50値は,それぞれ191.06と18.88kbに達した。ステレットゲノムは42.84%の反復配列から構成され,22,184の蛋白質コード遺伝子を含むことが予測され,そのうち21,112(95.17%)が機能的に注釈されており,少なくとも1つのヒットが公開されている。遺伝学的系統発生により,ステレットはレイフィン魚の間の基礎的位置に位置し,4dTv分析は最近の全ゲノム重複が21.3百万年前に生じたと推定した。さらに,68個のHox遺伝子を持つ7個のHoxクラスターをステレットにおいて特性化した。これらのチョウザメを2つのグループに分割し,これらのチョウザメにおけるHoxAクラスターの系統発生を2つのグループに分け,AcipenseridaeとPolyodontidaeにおける各系統特異的ゲノム重複の独立性を確認した。結論:このドラフトゲノムは,ステレットおよびそのHoxクラスターのゲノムおよび分子データの欠如をもたらす。それはまた,系統特異的ゲノム重複のさらなる研究と,レイフィン魚の初期進化のための遺伝的基礎を提供する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ドラフト ,  系統発生 ,  *クラスタ ,  ヌクレオチド配列 ,  反復配列 ,  化石 ,  遺伝子重複 ,  遺伝 ,  *キャラクタリゼーション ,  アジア ,  ヨーロッパ ,  *ゲノム ,  タンパク質 ,  アノテーション
準シソーラス用語： コンティグ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： スターレット ,  チョウザメ ,  ゲノム ,  Hox ,  系統特異的全ゲノム重複

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (55件)：

• Altschul S. F., Gish W., Miller W., Myers E. W., Lipman D. J. (1990). Basic local alignment search tool. J. Mol. Bio. 215, 403-410. doi: doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
• Amemiya C. T., Alföldi J., Lee A. P., Fan S., Philippe H., MacCallum I., et al. (2000). The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature 496, 311-316. doi: doi: 10.1038/nature12027
• Amemiya C. T., Powers T. P., Prohaska S. J., Grimwood J., Schmutz J., Dickson M., et al. (2010). Complete HOX cluster characterization of the coelacanth provides further evidence for slow evolution of its genome. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 107, 3622-3627. doi: doi: 10.1073/pnas.0914312107
• Andreyushkova D., Makunin A., Beklemisheva V., Romanenko S., Druzhkova A., Biltueva L., et al. (2017). Next generation sequencing of chromosome-specific libraries sheds light on genome evolution in paleotetraploid sterlet (Acipenser ruthenus). Genes 8, 318. doi: doi: 10.3390/genes8110318
• Ashburner M., Ball C. A., Blake J. A., Botstein D., Butler H., Cherry J. M., et al. (2000). Gene ontology: tool for the unification of biology. Nat. Genet. 25, 25-29. doi: doi: 10.1038/75556

タイトルに関連する用語 (5件)： Acipenser ,  ドラフト ,  ゲノム ,  クラスタ ,  特性化