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J-GLOBAL ID：201902226722061822   整理番号：19A1921544

最小種間相互作用調整(MIIA):微生物群集における隣接依存性相互作用の推論【JST・京大機械翻訳】

Minimal Interspecies Interaction Adjustment (MIIA): Inference of Neighbor-Dependent Interactions in Microbial Communities

著者 (11件)： Song Hyun-Seob (Biological Sciences Division, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, United States) ,  Lee Joon-Yong (Biological Sciences Division, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, United States) ,  Haruta Shin (Department of Biological Sciences, Tokyo Metropolitan University, Hachioji, Japan) ,  Nelson William C. (Biological Sciences Division, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, United States) ,  Lee Dong-Yup (Bioprocessing Technology Institute, Agency for Science, Technology and Research, Singapore, Singapore) ,  Lee Dong-Yup (School of Chemical Engineering, Sungkyunkwan University, Suwon, South Korea) ,  Lindemann Stephen R. (Whistler Center for Carbohydrate Research, Department of Food Science, Purdue University, West Lafayette, IN, United States) ,  Lindemann Stephen R. (Department of Nutrition Science, Purdue University, West Lafayette, IN, United States) ,  Fredrickson Jim K. (Biological Sciences Division, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, United States) ,  Bernstein Hans C. (Faculty of Biosciences, Fisheries and Economics, UiT - The Arctic University of Norway, Tromso, Norway) ,  Bernstein Hans C. (The Arctic Centre for Sustainable Energy, UiT - The Arctic University of Norway, Tromso, Norway)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 1264  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物群集における興味ある側面は,対相互作用が隣接種により影響され得ることである。これは,コミュニティの機能的構成に基づく微生物相互作用に対する文脈依存性を生成する。文脈依存性相互作用は生態学的に重要であり,自然に明確に存在するが,多くの現代の計算研究からの理論的方法の確立が不足している。ここでは,コミュニティ組成と種集団のシフトにより影響される種間相互作用の予測を可能にする新しいネットワーク推論法を提案した。著者らのアプローチは,第一に,二成分コミュニティにおける種間相互作用を同定し,その後,微生物が隣接種に応答して対相互作用の調整を最小化するという仮定に基づいて,より複雑な多種コミュニティにおける変調を推論する基礎として使用される。このルールベース推論最小種間相互作用調整(MIIA)と名付けた。MIIAの著者らの重要な評価は,隣接生物の機能的役割に依存する種間相互作用のシフトの信頼できる予測を生み出した。また,MIIAが競合する土壌細菌から構成される微生物群集に適用され,多くの場合,より少ない競争者を追加することが二成分相互作用に大きな影響を与える可能性があることを明らかにした。メンバシップ依存性コミュニティ行動を予測する能力は,微生物が自然にどのように組織化されているかの理解を深めるのに役立つと期待され,それらが将来どのように設計され,そして/または制御されるかについての理解を助けることが期待される。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *相互作用 ,  対相互作用 ,  モデリング ,  コミュニティ ,  ネットワーク ,  土壌細菌 ,  ルールベース ,  生態学 ,  *微生物
準シソーラス用語： 常在菌叢ゲノム ,  ルールベース推論 ,  文脈依存性 ,  微生物相互作用 ,  *微生物コンソーシアム ,  *種間相互作用 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 文脈依存性 ,  ネットワーク推論 ,  ルールベースのアプローチ ,  ミクロビオームのモデリング ,  微生物生態学

分類 (2件)： 微生物の生態  (EG03040J) ,  異種生物間相互作用  (EE01050A)

引用文献 (42件)：

• Allesina S., Tang S. (2012). Stability criteria for complex ecosystems. Nature 483 205-208. doi: 10.1038/nature10832
• Bairey E., Kelsic E. D., Kishony R. (2016). High-order species interactions shape ecosystem diversity. Nat. Commun. 7:12285. doi: 10.1038/ncomms12285
• Bernstein H. C., Carlson R. P. (2012). Microbial consortia engineering for cellular factories: in vitro to in silico systems. Comput. Struct. Biotechnol. J. 3 1-8. doi: 10.5936/csbj.201210017
• Bernstein H. C., McClure R. S., Thiel V., Sadler N. C., Kim Y.-M., Chrisler W. B., et al (2017). Indirect interspecies regulation: transcriptional and physiological responses of a cyanobacterium to heterotrophic partnership. mSystems 2:e00181-16. doi: 10.1128/mSystems.00181-16
• Bernstein H. C., Paulson S. D., Carlson R. P. (2012). Synthetic Escherichia coli consortia engineered for syntrophy demonstrate enhanced biomass productivity. J. Biotechnol. 157 159-166. doi: 10.1016/j.jbiotec.2011.10.001

タイトルに関連する用語 (5件)： 種間相互作用 ,  微生物群集 ,  依存性 ,  相互作用 ,  推論