文献

J-GLOBAL ID：201902229818315178   整理番号：19A2914377

Leptotrichia属におけるCRISPR-Cas13A系の組成と多様性【JST・京大機械翻訳】

Composition and Diversity of CRISPR-Cas13a Systems in the Genus Leptotrichia

著者 (15件)： Watanabe Shinya (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Cui Bintao (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Kiga Kotaro (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Aiba Yoshifumi (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Tan Xin-Ee (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Sato’o Yusuke (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Kawauchi Moriyuki (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Boonsiri Tanit (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Thitiananpakorn Kanate (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Taki Yusuke (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Li Fen-Yu (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Azam Aa Haeruman (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Nakada Yumi (Division of Clinical Laboratory, Tottori University Hospital, Tottori, Japan) ,  Sasahara Teppei (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan) ,  Cui Longzhu (Division of Bacteriology, Department of Infection and Immunity, Faculty of Medicine, Jichi Medical University, Tochigi, Japan)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 2838  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 以前にCRISPR-C2c2として知られているクラスター化した規則的間隔の短いパリンdroリピート(CRISPR)-Cas13aは,標的化および側副一本鎖RNA(ssRNA)切断活性の両方のユニークな特性を有する最も最近同定されたRNAガイドRNA標的CRISPR-Cas系である。この系はLeptotrichia shahiiにおいて最初に同定された。ここでは,11のLeptotrichia株の完全な全ゲノム配列を決定し,CRISPR-Cas13aの組成,発生および多様性,および他のCRISPR-Cas系に関して18の公開可能なLeptotrichiaゲノムと比較した。タイプI-B(10/29,34.4%),II-C(1/29,2.6%),III-A(6/29,15.4%),III-D(3/29,7.7%)およびVI-A(11/29,37.9%)を含む種々のタイプのCRISPR-Casシステムは,すべて,CRISPR-Casシステムを持たなかった。Cas13aエフェクタは,L.shahiiの61%から90%の範囲のアミノ酸配列類似性で高度に分岐していることが分かったが,細菌増殖の障害をもたらすそれらの側副ssRNA切断活性は保存された。CRISPR-Casスペーサは,前者の侵入者遭遇者の連続的な達成を表し,保持されたスペーサは,系統の進化的系統発生または関連性を反映している。Leptotrichia種の間のスペーサ含有量と数の分析は,わずか4.4%のスペーサ(40/889)が2つの株によって共有されたというかなりの多様性を示した。すべての登録されたLeptotrichia種によってコードされたCRISPR-Cas系(I型VI)の組織と分布は,CRISPR-Cas系のエフェクタまたはスペーサ配列が非常に分岐しており,タイプI,IIIおよびVIの罹患率はほとんど等しいことを明らかにした。II型は1株のみで,IV型やV型はなかった。これらの結果は,Leptotrichia種間のCRISPR-Cas系の特性と多様性に関する新しい洞察を提供する。Copyright 2020 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  *RNA【核酸】 ,  ターゲティング ,  系統発生 ,  スペーサ ,  クラスタ化 ,  エフェクタ
準シソーラス用語： 細菌増殖 ,  アミノ酸配列相同性 ,  CRISPR-Casシステム ,  ゲノム配列 ,  gRNA ,  一本鎖RNA ,  *CRISPR配列 ,  レプトトリキア属 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： Leptotrichia ,  CRISPR-CAS13A ,  クラスタ化された規則的間隔の短いパリンind反復 ,  CRISPR-CAS ,  C2C2 ,  CRRNA ,  プロトスペーサー ,  自己標的スペーサー

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物生理一般  (EG03051L)

引用文献 (54件)：

• Abudayyeh O. O., Gootenberg J. S., Essletzbichler P., Han S., Joung J., Belanto J. J., et al (2017). RNA targeting with CRISPR-Cas13. Nature 10 280-284. doi: 10.1038/nature24049
• Abudayyeh O. O., Gootenberg J. S., Konermann S., Joung J., Slaymaker I. M., Cox D. B., et al (2016). C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector. Science 353:aaf5573. doi: 10.1126/science.aaf5573
• Aklujkar M., Lovley D. R. (2010). Interference with histidyl-tRNA synthetase by a CRISPR spacer sequence as a factor in the evolution of Pelobacter carbinolicus. BMC Evol. Biol. 10:230. doi: 10.1186/1471-2148-10-230
• Arndt D., Grant J. R., Marcu A., Sajed T., Pon A., Liang Y., et al (2016). PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool. Nucleic Acids Res. 07 W16-W21. doi: 10.1093/nar/gkw387
• Bhaya D., Davison M., Barrangou R. (2011). CRISPR-Cas systems in bacteria and archaea: versatile small RNAs for adaptive defense and regulation. Annu. Rev. Genet. 45 273-297. doi: 10.1146/annurev-genet-110410-132430

タイトルに関連する用語 (4件)： Leptotrichia ,  CRISPR ,  組成 ,  多様性