文献

J-GLOBAL ID：201902235469379077   整理番号：19A1650072

ComamMOXを標的とする種レベルqPCRプライマーの設計と評価【JST・京大機械翻訳】

Design and Assessment of Species-Level qPCR Primers Targeting Comammox

著者 (2件)： Beach Natalie K. (Department of Civil and Environmental Engineering, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, United States) ,  Noguera Daniel R. (Department of Civil and Environmental Engineering, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, United States)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 36  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子(amoA)を標的とする公表されたPCRプライマーを低溶存酸素(DO)で操作された活性スラッジシステムからの試料に適用し,完全なアンモニウム酸化(comamox)を行う全及びクラスレベルのNitrospiraを定量した。しかしながら,これらの既存のプライマーは有意なアーチファクト関連非標的増幅をもたらすことを見出した。このことは,ゲル電気泳動により確認されたように,試験した環境試料において,comammoamoAコピーを過大評価するだけでなく,多数の偽陽性検出をもたらした。したがって,コマンモの多様性を定量化することを試みる代わりに,著者らは,候補となるコマンモ種を正確に定量化することに焦点を合わせた。著者らは,3つの候補種を標的とする特異的で敏感なプライマーを設計した。N.inopinataとCa。N.nigrificans。これらの候補種のamoAテンプレートを用いてプライマーを試験し,低DO活性スラッジシステムにおける種レベルでのコマンモの定量に用いた。著者らは,Caに関連するcomamoxを見出した。N.nitrosaは低DOバイオリアクタからの試料の大部分に存在し,豊富であり,高DOシステムからの試料では検出されなかった。さらに,Caの最大存在量を示した。長い固体保持時間で操作されたバイオリアクタにおいて,N.nitrosaが見出された。Ca。N.inopinataとCa。これらの試料において,N.nigrificansのみが散発的に検出され,低いDO条件下での硝化におけるこれらのコマンモの役割は小さいことを示した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 硝化 ,  溶存酸素 ,  *定量的PCR法 ,  保持時間 ,  活性汚泥法 ,  アンモニウムイオン ,  アーチファクト ,  バイオリアクタ ,  環境試料 ,  ゲル電気泳動 ,  カルシウム ,  誤検出 ,  amoA遺伝子 ,  ニトロスピラ属
準シソーラス用語： Nitrospira , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： ComamMOX ,  Nitrospira ,  硝化 ,  低溶存酸素 ,  生物学的栄養素除去 ,  QPCR ,  リアルタイムPCR ,  PCRプライマー

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (43件)：

• Armbruster D. A., Pry T. (2008). Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation. Clin. Biochem. Rev. 29(Suppl. 1), S49-S52.
• Bartelme R. P., McLellan S. L., Newton R. J. (2017). Freshwater recirculating aquaculture system operations drive biofilter bacterial community shifts around a stable nitrifying consortium of ammonia-oxidizing archaea and comammox nitrospira. Front. Microbiol. 8:101. doi: 10.3389/fmicb.2017.00101
• Brock T. D. (1999). Milestones in Microbiology 1546 to 1940. Washington, D.C: American Society Mic Series: ASM Press. doi: 10.3389/fmicb.2017.00101
• Bustin S. A., Benes V., Garson J. A., Hellemans J., Huggett J., Kubista M., et al (2009). The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clin. Chem. 55 611-622. doi: 10.1373/clinchem.2008.112797
• Camacho C., Coulouris G., Avagyan V., Ma N., Papadopoulos J., Bealer K., et al (2009). BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10:421. doi: 10.1186/1471-2105-10-421

タイトルに関連する用語 (6件)： 標的 ,  種 ,  qPCR ,  プライマー ,  設計 ,  評価