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J-GLOBAL ID：201902236097314385   整理番号：19A1274199

RNAiとRNA-seqの統合はPseudomonas plecoglosicidaのsigX遺伝子に対するEpinephelus coioidesの免疫応答を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Integration of RNAi and RNA-seq Reveals the Immune Responses of Epinephelus coioides to sigX Gene of Pseudomonas plecoglossicida

著者 (8件)： Sun Yujia (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Luo Gang (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Zhao Lingmin (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Huang Lixing (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Qin Yingxue (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Su Yongquan (State Key Laboratory of Large Yellow Croaker Breeding, Ningde, China) ,  Yan Qingpi (Fisheries College, Key Laboratory of Healthy Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture, Jimei University, Xiamen, China) ,  Yan Qingpi (State Key Laboratory of Large Yellow Croaker Breeding, Ningde, China)
資料名： Frontiers in Immunology (Web)  (Frontiers in Immunology (Web))
巻： 9  ページ： 1624  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7074A  ISSN： 1664-3224  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Pseudomonas plecogossicidaは水産養殖のための重要な病原体であり,様々な海洋魚において高い死亡率を引き起こす。sigXの発現は28°Cより18°Cで有意にアップレギュレーションされ,定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)により検証された。RNAiは,すべてのサンプリング時点で,in vitroまたは脾臓において,P.plecoglossicidaのsigX mRNAの含有量を有意に減少させた。野生型株と比較して,sigX-RNAi株の感染は開始時間遅れをもたらし,Epinephelusコイオイドの死亡率を20%減少させ,E.coioides脾臓の症状を軽減した。野生型株と比較して,P.plecogossicidaにおけるsigXの遺伝子サイレンシングは,感染したE.coioidesのトランスクリプトームにおける有意な変化をもたらした。E.coioidesに関する遺伝子オントロジーとKEGG分析の結果は,セリン型エンドペプチダーゼとケモカインシグナル伝達経路,凝固と補体系の遺伝子,およびIgA生産経路のための腸免疫ネットワークがP.plecogossicidaのsigXによってほとんど影響されたことを示した。一方,免疫遺伝子は異なる数のmiRNAおよびlncRNAと関連しており,いくつかのmiRNAは同時に1つ以上の遺伝子と関連していた。結果は,sigXがP.plecogossicidaの毒性遺伝子であることを示した。免疫経路のアップレギュレーションは,P.plecoglossicidaの野生型株よりもsigX-RNAi株を殺す可能性が高かったが,免疫遺伝子は複雑なモードによりmiRNAとlncRNAにより調節された。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病原体 ,  *Pseudomonas ,  野生型 ,  死亡率 ,  アップレギュレーション ,  mRNA ,  *遺伝子 ,  *RNA【核酸】 ,  トランスクリプトーム ,  脾臓 ,  *RNA干渉 ,  *免疫反応
準シソーラス用語： 非翻訳長鎖RNA ,  マイクロRNA ,  *Epinephelus , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 免疫応答 ,  Epinephelus Coioides ,  Pseudomonas plecoglosicida ,  Sigx ,  RNAi ,  RNA-seq ,  miRNA ,  LncRNA

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (40件)：

• Nishimori E, Kitatsukamoto K, Wakabayashi H. Pseudomonas plecoglossicida sp. nov. the causative agent of bacterial haemorrhagic ascites of ayu, Plecoglossus altivelis. Int J Syst Evol Microbiol (2000) 50(1):83-9. doi: 10.1099/00207713-50-1-83
• Hu J, Zhang F, Xu X, Su YQ, Qin YX, Ma Y, et al Isolation, identification and virulence of the pathogen of white-spots diseases in internal organs of Pseudosciaena crocea. Oceanol Limnol Sin (2014) 2:409-17. doi: 10.11693/hyhz20140300078
• Lonetto MA, Brown KL, Rudd KE, Buttner MJ. Analysis of the streptomyces coelicolor sige gene reveals the existence of a subfamily of eubacterial rna polymerase σ factors involved in the regulation of extracytoplasmic functions. Proc Natl Acad Sci U S A (1994) 91(16):7573-7. doi: 10.1073/pnas.91.16.7573
• Paget MS, Helmann JD. The σ 70, family of sigma factors. Genome Biol (2003) 4(1):203. doi: 10.1186/gb-2003-4-1-203
• Duchesne R, Bouffartigues E, Oxaran V, Maillot O, Bénard M, Feuilloley MGJ, et al A proteomic approach of SigX function in Pseudomonas aeruginosa, outer membrane composition. J Proteomics (2013) 94(20):451-9. doi: 10.1016/j.jprot.2013.10.022

タイトルに関連する用語 (7件)： RNAi ,  RNA-seq ,  統合 ,  Pseudomonas ,  遺伝子 ,  Epinephelus ,  免疫応答