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J-GLOBAL ID：201902237275902562   整理番号：19A1143236

蛋白質を含む種々の溶質の水和自由エネルギーを計算するための正確で迅速な方法【JST・京大機械翻訳】

An accurate and rapid method for calculating hydration free energies of a variety of solutes including proteins

著者 (6件)： Hikiri Simon (Institute of Advanced Energy, Kyoto University, Uji, Kyoto 611-0011, Japan) ,  Hayashi Tomohiko (Institute of Advanced Energy, Kyoto University, Uji, Kyoto 611-0011, Japan) ,  Inoue Masao (Institute of Advanced Energy, Kyoto University, Uji, Kyoto 611-0011, Japan) ,  Ekimoto Toru (Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, 1-7-29, Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama 230-0045, Japan) ,  Ikeguchi Mitsunori (Graduate School of Medical Life Science, Yokohama City University, 1-7-29, Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama 230-0045, Japan) ,  Kinoshita Masahiro (Institute of Advanced Energy, Kyoto University, Uji, Kyoto 611-0011, Japan)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 150  号： 17  ページ： 175101-175101-12  発行年： 2019年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多原子溶質の水和自由エネルギー(HFE)を計算するための新しい方法を開発した。溶質挿入は,原子レベル(プロセス1)での溶質の幾何学的特性と溶質-水van der Waalsおよび静電相互作用(プロセス2)の組込みを満たす水中で空洞の生成に分解される。著者らの形態計測アプローチと三次元相互作用サイトモデル理論を組み合わせた角度依存積分方程式理論を,それぞれ1と2を処理するために適用した。訓練の段階もパラメタリゼーションも必要としない。蛋白質を含む種々のサイズの溶質について,新しい方法により計算したHFEを,現在最も信頼できるツールであるエネルギー表現における溶液理論に基づく分子動力学シミュレーションを用いて得られたものと比較した。この一致は特に蛋白質に対して非常に良好である。新しい方法は以下のように特徴付けられる:計算は急速に終了する。著しく大きな全電荷を有する溶質を困難なく扱うことができる。そして,それはHFEだけでなく,多くの物理的に洞察力のあるエネルギーおよびエントロピー成分をもたらすので,受容体-リガンド結合,分子認識の異なるタイプ,および蛋白質折畳み,変性および会合などの多様な現象の機構の解明に最も適している。Copyright 2019 AIP Publishing LLC All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 電荷 ,  *タンパク質 ,  受容体 ,  三次元 ,  パラメタリゼーション ,  積分方程式 ,  高速度 ,  形状測定 ,  計算機シミュレーション ,  分子認識 ,  エントロピー ,  *溶質 ,  *水和 ,  静電相互作用 ,  *自由エネルギー
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  非電解質水溶液  (CB05030V)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  溶質 ,  水和 ,  自由エネルギー ,  計算