文献

J-GLOBAL ID：201902245148448802   整理番号：19A1561152

NPBSS 経験的モデルによる連続的な長いリードを生成するための新しいPacbio配列シミュレータ【JST・京大機械翻訳】

NPBSS: a new PacBio sequencing simulator for generating the continuous long reads with an empirical model

著者 (2件)： Wei Ze-Gang (Key Laboratory of Information Fusion Technology of Ministry of Education, School of Automation, Northwestern Polytechnical University, Xi’an, China) ,  Zhang Shao-Wu (Key Laboratory of Information Fusion Technology of Ministry of Education, School of Automation, Northwestern Polytechnical University, Xi’an, China)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 177  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： PacBio配列プラットフォームは,第二世代配列技術より長い読取長を提供する。それは革新的なde novoゲノム集合を持ち,参照品質ゲノムの自動化再構築を可能にした。その非常に広い範囲の応用分野のために,高忠実度を有する高速配列シミュレーションシステムは,その後の解析ツールの開発と比較を容易にするために非常に要求されている。PacBioライブラリの特定の生成を標的とするいくつかの利用可能なシミュレータ(例えば,PBSIM,SimLoRDおよびFASTQSim)があるが,シミュレーションされたシーケンスの誤り率は,生のPacBioデータセットの品質値と良く一致しない。PacBio SMRT(単一分子実時間)配列決定からのCLRデータの特徴を分析することにより,CLRリードを生産するための新しいPacBio配列シミュレータ(NPBSsと呼ぶ)を開発した。NPBSsシミュレータは,最初に読み出し長さ対数正規分布に従って読まれたシーケンスをサンプルし,異なる比率で異なるベース品質値を選択する。次に,NPBSsは,経験的モデルによって読み込まれたシーケンスにおける各々のベースの全体の誤差確率を計算して,全体的誤差確率によって欠失,置換および挿入確率を計算して,PacBio CLR読取を生み出した。アラインメント結果は,NPBSsがPBSIMとFASTQSimより良くPacBio CLR読取の誤り率に適合することを実証した。さらに,組立結果は,NPBSsのシミュレーションされたシーケンスが,より実際のPacBio CLRデータのようであることを示した。NPBSsシミュレータは,効率的な計算と柔軟なパラメータ設定を用いるのに便利である。その生成PacBio CLR読取は,実際のPacBioデータセットのようである。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 対数正規分布 ,  誤り率 ,  品質 ,  *シミュレータ ,  アラインメント ,  高速度 ,  ゲノム ,  再構成 ,  自動化
準シソーラス用語： 読出し ,  *リード ,  実時間 ,  単一分子 ,  解析ツール ,  シミュレーションシステム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： シーケンスシミュレータ ,  品質価値 ,  連続長いリード ,  SMRT ,  PacBio

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (30件)：

• Mol Ecol Resour; Field guide to next-generation DNA sequencers; TC Glenn; 11; 5; 2011; 759-769; 10.1111/j.1755-0998.2011.03024.x; citation_id=CR1
• Science; Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules; J Eid; 323; 5910; 2009; 133-138; 10.1126/science.1162986; citation_id=CR2
• Pootakham W, et al. High resolution profiling of coral-associated bacterial communities using full-length 16S rRNA sequence data from PacBio SMRT sequencing system. Sci Rep. 2017;7(1):2774.
• BMC Genomics; A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of ion torrent, Pacific biosciences and Illumina MiSeq sequencers; MA Quail; 13; 1; 2012; 1; 10.1186/1471-2164-13-341; citation_id=CR4
• Nat Biotechnol; The development and impact of 454 sequencing; JM Rothberg, JH Leamon; 26; 10; 2008; 1117-1124; 10.1038/nbt1485; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： 経験的モデル ,  リード ,  シミュレータ