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J-GLOBAL ID：201902246466408010   整理番号：19A0792106

QIIME2のQ2特徴分類器プラグインによるマーカー遺伝子アンプリコン配列の分類学的分類の最適化【JST・京大機械翻訳】

Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2’s q2-feature-classifier plugin

著者 (9件)： Bokulich Nicholas A. (The Pathogen and Microbiome Institute, Northern Arizona University, Flagstaff, USA) ,  Kaehler Benjamin D. (Research School of Biology, Australian National University, Acton ACT, Australia) ,  Rideout Jai Ram (The Pathogen and Microbiome Institute, Northern Arizona University, Flagstaff, USA) ,  Dillon Matthew (The Pathogen and Microbiome Institute, Northern Arizona University, Flagstaff, USA) ,  Bolyen Evan (The Pathogen and Microbiome Institute, Northern Arizona University, Flagstaff, USA) ,  Knight Rob (Departments of Pediatrics and Computer Science and Engineering, and Center for Microbiome Innovation, University of California San Diego, La Jolla, USA) ,  Huttley Gavin A. (Research School of Biology, Australian National University, Acton ACT, Australia) ,  Caporaso J. Gregory (The Pathogen and Microbiome Institute, Northern Arizona University, Flagstaff, USA) ,  Caporaso J. Gregory (Department of Biological Sciences, Northern Arizona University, Flagstaff, USA)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 6  号： 1  ページ： 90  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マーカー遺伝子配列の分類学的分類は,微生物分析における重要なステップである。分類のためのいくつかの新しい機械学習とアラインメントベースの方法を含むQIIME2プラグインであるq2特徴分類器(https://github.com/qiime2/q2-feature-classifier)を提示した。QIIME 1(RDP,BLAST,UCLUST,およびSortMeRNA)に実装されたいくつかの一般的に使用される分類法,および細菌16S rRNAと真菌ITSマーカー遺伝子アンプリコン配列データの分類のために,QIIME2に実装されたいくつかの新しい方法(VSEARCHとBLAST+に基づくアラインメントベース分類コンセンサス法)を評価し,最適化した。QIIME2に実装されたnaive-Bayes,BLAST+ベースおよびVSEARCHベースの分類器は,本研究で評価されたマーカー遺伝子配列の分類のために設計された他の一般的に使用される方法の種レベル精度を満たすか超えている。これらの評価は,シミュレーションされた「新しい」マーカー遺伝子配列の分類を含む19のモックコミュニティとエラーフリーシーケンスシミュレーションに基づいて,著者らの拡張可能なベンチマーキングフレームワーク,tax-クレジット(https://github.com/caporaso-lab/tax-credit-data)において利用可能である。これらの結果は,分類器性能を最適化するためのパラメータ調整の重要性を示し,標準動作条件の範囲でこれらの分類器に対するパラメータ選択に関する推奨を行った。q2特徴分類器とtaxクレジットはGitHub上で利用可能な自由,オープンソース,BSD免許パッケージである。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ライセンス ,  *最適化 ,  細菌 ,  アラインメント ,  微生物 ,  シミュレーション ,  機械学習 ,  *分類学 ,  *アンプリコン ,  *マーカー遺伝子 ,  菌類 ,  オープンソースソフトウェア ,  相同性検索プログラムBLAST ,  *改変
準シソーラス用語： 真菌類 ,  オープンソース ,  エラーフリー ,  BLAST ,  *プラグイン , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (39件)：

• Nature; A framework for human microbiome research; ; 486; 2012; 215-221; 10.1038/nature11209; citation_id=CR1
• Nature; A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity; LR Thompson, JG Sanders, D McDonald, A Amir, J Ladau, KJ Locey; 551; 2017; 457-463; 10.1038/551033a; citation_id=CR2
• MBio; Ecological patterns of nifH genes in four terrestrial climatic zones explored with targeted metagenomics using FrameBot, a new informatics tool; Q Wang, JF Quensen, JA Fish, TK Lee, Y Sun, JM Tiedje; 4; 2013; e00592-e00513; citation_id=CR3
• Nat Methods; Holmes SP. DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data; BJ Callahan, PJ McMurdie, MJ Rosen, AW Han, AJA Johnson; 13; 2016; 581-583; 10.1038/nmeth.3869; citation_id=CR4
• ISME J; An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea; D McDonald, MN Price, J Goodrich, EP Nawrocki, TZ DeSantis, A Probst; 6; 2012; 610-618; 10.1038/ismej.2011.139; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： 分類器 ,  プラグイン ,  マーカー遺伝子 ,  アンプリコン ,  分類 ,  最適化