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J-GLOBAL ID：201902246562292445   整理番号：19A2755731

単一細胞分解能でのChlamydia trachomatis感染上皮細胞の初期転写景観【JST・京大機械翻訳】

Early Transcriptional Landscapes of Chlamydia trachomatis-Infected Epithelial Cells at Single Cell Resolution

著者 (6件)： Hayward Regan J. (Faculty of Science, School of Life Sciences, The ithree Institute, University of Technology Sydney, Ultimo, NSW, Australia) ,  Marsh James W. (Department of Microbiome Science, Max Planck Institute for Developmental Biology, Tuebingen, Germany) ,  Humphrys Michael S. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, MD, United States) ,  Huston Wilhelmina M. (Faculty of Science, School of Life Sciences, University of Technology Sydney, Ultimo, NSW, Australia) ,  Myers Garry S. A. (Faculty of Science, School of Life Sciences, The ithree Institute, University of Technology Sydney, Ultimo, NSW, Australia) ,  Myers Garry S. A. (Faculty of Science, School of Life Sciences, University of Technology Sydney, Ultimo, NSW, Australia)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 392  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Chlamyiaは,世界中のヒトおよび動物における様々な疾患に関与するグラム陰性の細胞内細菌病原体である。Chlamyia trachomatisは,不利な個体群においてトラコーマを引き起こし,ヒトにおける最も一般的な細菌性伝染性感染症であり,生殖管疾患を引き起こす。抗生物質療法はクラミジア感染症の診断に成功したが,無症候性感染症は一般的である。高処理トランスクリプトーム法はクラミジア遺伝子発現と感染宿主細胞遺伝子発現を探索した。しかし,これらは大きな細胞集団において行われ,全ての細胞にわたる遺伝子発現プロファイルを平均化し,細胞の生物学的に関連するサブセットを潜在的に不明瞭にする。C.trachomatis感染およびmock感染上皮細胞に単一細胞RNA-Seq(scRNA-Seq)を適用し,クラミジア生物学に適用される単一細胞アプローチの有用性,落とし穴および挑戦を評価し,クラミジア感染の初期宿主細胞バイオマーカーを同定するためのパイロットデータセットを作成した。264の時間整合したC.trachomatis感染およびmock感染HEp-2細胞を収集し,scRNA-Seqを投与した。品質管理の後,200の細胞を分析のために保持した。2つの異なるクラスターは,3-h細胞を6-および12-hから識別した。偽時間分析は,Chlamyia感染細胞に対する可能な感染特異的細胞軌跡を同定したが,示差発現分析は,メタロチオネインおよび細胞周期調節,自然免疫応答,細胞骨格成分,脂質生合成および細胞ストレスに関わる遺伝子の時間的発現を見出した。C.trachomatis感染の初期における宿主細胞トランスクリプトームへの変化はscRNA-Seqにより容易に識別でき,クラミジア感染の宿主細胞バイオマーカーを同定するための単一細胞アプローチの有用性を支持し,さらに感染に対する複雑な宿主応答をdeconすることを見出した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 潜伏感染 ,  *上皮細胞 ,  ヒト ,  *Chlamydia ,  遺伝子発現 ,  バイオマーカー ,  病原体 ,  RNA【核酸】 ,  トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  部分集合 ,  生殖
準シソーラス用語： scRNA ,  宿主細胞 ,  *単一細胞 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： クラミジア(Chlamydia trachomatis) ,  感染症 ,  単一細胞 ,  トランスクリプトーム ,  バイオインフォマティクス

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

引用文献 (73件)：

• Abdelrahman Y. M., Rose L. A., Belland R. J. (2011). Developmental expression of non-coding RNAs in Chlamydia trachomatis during normal and persistent growth. Nucleic Acids Res. 39, 1843-1854. doi: 10.1093/nar/gkq1065
• Albrecht M., Sharma C. M., Dittrich M. T., Muller T., Reinhardt R., Vogel J., et al. (2011). The transcriptional landscape of Chlamydia pneumoniae. Genome Biol. 12:R98. doi: 10.1186/gb-2011-12-10-r98
• Albrecht M., Sharma C. M., Reinhardt R., Vogel J., Rudel T. (2010). Deep sequencing-based discovery of the Chlamydia trachomatis transcriptome. Nucleic Acids Res. 38, 868-877. doi: 10.1093/nar/gkp1032
• Ali H., Cameron E., Drovandi C. C., McCaw J. M., Guy R. J., Middleton M., et al. (2015). A new approach to estimating trends in chlamydia incidence. Sex. Transm. Infect. 91, 513-519. doi: 10.1136/sextrans-2014-051631
• Andrews S. (2010). FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data. Available online at: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ (accessed September 30, 2019). doi: 10.1136/sextrans-2014-051631

タイトルに関連する用語 (8件)： 単一細胞 ,  分解能 ,  Chlamydia ,  感染 ,  上皮細胞 ,  初期 ,  転写 ,  景観