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J-GLOBAL ID：201902250390829829   整理番号：19A2220758

蛋白質共有結合修飾の同定のためのメタボロミクスにヒントを得た戦略【JST・京大機械翻訳】

A Metabolomics-Inspired Strategy for the Identification of Protein Covalent Modifications

著者 (10件)： Nunes Joao (Centro de Quimica Estrutural, Instituto Superior Tecnico, Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Charneira Catarina (Centro de Quimica Estrutural, Instituto Superior Tecnico, Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Nunes Carolina (CEDOC, Chronic Diseases Research Centre, Faculdade de Ciencias Medicas, NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Nunes Carolina (Unidade de Investigacao em Patobiologia Molecular do Instituto Portugues de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil, Lisbon, Portugal) ,  Gouveia-Fernandes Sofia (CEDOC, Chronic Diseases Research Centre, Faculdade de Ciencias Medicas, NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Gouveia-Fernandes Sofia (Unidade de Investigacao em Patobiologia Molecular do Instituto Portugues de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil, Lisbon, Portugal) ,  Serpa Jacinta (CEDOC, Chronic Diseases Research Centre, Faculdade de Ciencias Medicas, NOVA Medical School, Universidade NOVA de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Serpa Jacinta (Unidade de Investigacao em Patobiologia Molecular do Instituto Portugues de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil, Lisbon, Portugal) ,  Morello Judit (Centro de Quimica Estrutural, Instituto Superior Tecnico, Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal) ,  Antunes Alexandra M. M. (Centro de Quimica Estrutural, Instituto Superior Tecnico, Universidade de Lisboa, Lisbon, Portugal)
資料名： Frontiers in Chemistry (Web)  (Frontiers in Chemistry (Web))
巻： 7  ページ： 532  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7065A  ISSN： 2296-2646  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質共有結合修飾(付加物)の同定は,主に付加的な研究のためのデータ処理アプローチの欠如により困難な課題である。プロテオミクス研究のための質量分析(MS)装置とバイオインフォマティクスツールにおける巨大な技術進歩にもかかわらず,これらの方法論は,低い豊富な蛋白質付加物の同定に関して非常に限られた成功を持っている。ここでは,LC-MSデータ前処理とそれに続く統計解析から成る共有結合修飾ペプチドの同定のためのメタボロミクスワークフローに触発された新しい戦略を報告する。この戦略の有用性を,化学発癌剤グリシダミドに曝露されたHepG2およびTHLE2細胞から分離されたヒストンの実験的LC-MSデータを用いて評価した。LC-MSデータはオープンソースソフトウェアMZMを用いて前処理され,潜在的付加物はグリシダミド取り込みに対応するm/z増分に基づいて選択された。次に,統計解析を適用して,それらのイオンが曝露され,グリシダミドに曝露されていない細胞において異なって存在するので,潜在的付加物を明らかにした。結果を標準的なプロテオミクス法で得られたものと比較した。これは,データに依存する取得とプロテオミクスデータ検索エンジンによる分析により,包括的なMS/MSデータを作成することに依存している。著者らの新規戦略は,HepG2とTHLE2を区別することができ,付加物の標準的方法論によって検出されなかった付加物を同定することができた。したがって,このメタボロミクスにおけるこのメタボロミクス駆動アプローチは,蛋白質後成的修飾の同定のための新しい機会を開くだけでなく,化学物質への内因性および外因性曝露により形成される付加物も開く。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： HepG2細胞 ,  付加物 ,  ペプチド ,  LC-MS分析 ,  ヒストン ,  *プロテオミクス ,  データ処理 ,  質量分析 ,  統計解析 ,  イオン ,  前処理
準シソーラス用語： 内因性 ,  オープンソース ,  バイオインフォマティクス ,  *メタボロミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： アデクトミクス ,  メタボロミクス ,  質量分析 ,  ケモメトリックス ,  毒物学 ,  アクリルアミド ,  グリシドアミド ,  ヒストン

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (39件)：

• Beavis R. C. (2006). "Using the global proteome machine for protein identification," In New and Emerging Proteomic Techniques. Methods in Molecular BiologyTM. New Jersey: Humana Press, 217-28.
• Beland F. A., Olson G. R., Mendoza M. C. B., Marques M. M., Doerge D. R. (2015). Carcinogenicity of glycidamide in B6C3F 1 mice and F344/N rats from a two-year drinking water exposure. Food Chem. Toxicol. 86, 104-115. doi: 10.1016/j.fct.2015.09.017
• Bruderer R., Bernhardt O. M., Gandhi T., Miladinović S. M., Cheng L. Y., Messner S., et al. (2015). Extending the limits of quantitative proteome profiling with data-independent acquisition and application to acetaminophen-treated three-dimensional liver microtissues. Mol. Cell. Proteomics 14, 1400-1410. doi: 10.1074/mcp.M114.044305
• Carlsson H., Aasa J., Kotova N., Vare D., Sousa P. F. M., Rydberg P., et al. (2017). Adductomic screening of hemoglobin adducts and monitoring of micronuclei in school-age children. Chem. Res. Toxicol. 30, 1157-1167. doi: 10.1021/acs.chemrestox.6b00463
• Carlsson H., Rappaport S. M., Törnqvist M. (2019). Protein adductomics: methodologies for untargeted screening of adducts to serum albumin and hemoglobin in human blood samples. High Throughput 8:6. doi: 10.3390/ht8010006

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質 ,  共有結合修飾 ,  同定 ,  メタボロミクス ,  ヒント ,  戦略