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J-GLOBAL ID：201902252314601634   整理番号：19A0494536

遺伝子に基づく病原体検出:診断メタゲノミクスの結果を予測するためにqPCRを使用できるか?【JST・京大機械翻訳】

Gene-Based Pathogen Detection: Can We Use qPCR to Predict the Outcome of Diagnostic Metagenomics?

著者 (5件)： Andersen Sandra Christine (National Food Institute, Technical University of Denmark, Kemitorvet, Building 204, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark) ,  Fachmann Mette Sofie Rousing (National Food Institute, Technical University of Denmark, Kemitorvet, Building 204, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark) ,  Kiil Kristoffer (Statens Serum Institut, Artillerivej 5, DK-2300 Copenhagen S, Denmark) ,  Nielsen Eva Moller (Statens Serum Institut, Artillerivej 5, DK-2300 Copenhagen S, Denmark) ,  Hoorfar Jeffrey (National Food Institute, Technical University of Denmark, Kemitorvet, Building 204, DK-2800 Kgs. Lyngby, Denmark)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 11  ページ： 332  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物食品安全性において,細菌分離株の定量的PCR(qPCR)および次世代配列決定(NGS)のような分子的方法は,診断ショットガンメタゲノムによって潜在的に置き換えられる可能性がある。しかしながら,予備分析試料調製のための方法は,qPCRに対してしばしば最適化され,qPCRと配列決定に対して必ずしも等しく機能しない。本研究は,方法のスクリーニングを通して,qPCRが診断焦点を有するNGSに基づくショットガンメタゲノムのための試料調製の最適化のための指標として使用できるかどうかを調査する。これは,103または106コロニー形成単位(CFU)/gCampylobacter C.jejuniを添加したヒト糞便試料および103または106CFU/gSalmonella typhimuriumを添加したブタ糞便試料に用いた。DNAは,2つの広く使用されているキットの変化を用いて試料から抽出された。以下の品質パラメータを測定した:DNA濃度,qPCR,ライブラリー調製時のDNA断片化,配列決定に利用できるDNA量,配列データの量,バッチ中の試料間のデータの分布,およびデータ挿入サイズ;配列データで検出されたスパイク生物の標的比との相関はなかった。驚くべきことに,診断メタゲノムは,103CFU/gのC.jejuniを添加した試料に対してqPCRよりも良好な検出感度を有することができた。本研究はまた,qPCRと配列決定結果が方法の1つにおける阻害により異なる可能性があることを示した。結論として,qPCRは,診断メタゲノムのための試料調製の最適化のための指標として使用することができない。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ヒト ,  試料調製 ,  食品安全性 ,  *遺伝子 ,  最適化 ,  細菌 ,  品質 ,  ロット ,  *定量的PCR法 ,  *診断 ,  DNA【核酸】
準シソーラス用語： バイオインフォマティクス ,  メタゲノム ,  分離株 ,  *メタゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 人畜共通感染症 ,  試験 ,  糞便 ,  DNAシークエンシング ,  バイオインフォマティクス

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (22件)：

• Deurenberg, R.H.; Bathoorn, E.; Chlebowicz, M.A.; Couto, N.; Ferdous, M.; García-Cobos, S.; Kooistra-Smid, A.M.D.; Raangs, E.C.; Rosema, S.; Veloo, A.C.M.; et al. Application of next generation sequencing in clinical microbiology and infection prevention. J. Biotechnol. 2017, 243, 16-24.
• Rådström, P.; Knutsson, R.; Wolffs, P.; Dahlenborg, M.; Löfström, C. Pre-PCR processing of samples: Strategies to generate PCR-compatible samples. Methods Mol. Biol. 2004, 26, 133-146.
• Josefsen, M.H.; Andersen, S.C.; Christensen, J.; Hoorfar, J. Microbial food safety: Potential of DNA extraction methods for use in diagnostic metagenomics. J. Microbiol. Methods 2015, 114, 30-34.
• Hedman, J.; Rådström, P. Overcoming inhibition in real-time diagnostic PCR. Methods Mol. Biol. 2013, 943, 17-48.
• Shakya, M.; Quince, C.; Campbell, J.H.; Yang, Z.K.; Schadt, C.W.; Podar, M. Comparative metagenomic and rRNA microbial diversity characterization using archaeal and bacterial synthetic communities. Environ. Microbiol. 2013, 15, 1882-1899.

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子 ,  病原体検出 ,  診断 ,  メタゲノミクス ,  予測 ,  qPCR