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J-GLOBAL ID：201902256883833644   整理番号：19A1473833

ナイルティラピア(O.niloticus)における58K SNPアレイと高密度連鎖地図の開発と検証【JST・京大機械翻訳】

Development and Validation of 58K SNP-Array and High-Density Linkage Map in Nile Tilapia (O. niloticus)

著者 (6件)： Joshi Rajesh (Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway) ,  Arnyasi Mariann (Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway) ,  Lien Sigbjorn (Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway) ,  Gjoen Hans Magnus (Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway) ,  Alvarez Alejandro Tola (Genomar Genetics AS, Trondheim, Norway) ,  Kent Matthew (Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 9  ページ： 472  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 2015年の世界生産の7.4%を占める世界での2番目に重要な水産養殖種であるにもかかわらず,ティラピア水産養殖はSNPアレイや高密度連鎖地図のようなゲノムツールを欠いており,選択精度を改善し,遺伝的進歩を加速する。本論文では,ナイルティラピア(Oreochromis niloticus)に対する58,000以上のSNPを含む遺伝子タイピング配列の開発について述べる。SNPはGenomar株の商業集団から32の個体の全ゲノム再配列から同定され,参照配列としてOrenil1.1ゲノム集合を用いてゲノム全体の多型情報量と物理的分布に基づいてSNPアレイに選択された。SNP性能は,41の完全同胞ファミリーに属する689の子孫を含む4991の個体を遺伝子タイピングすることによって評価された。そしてそれは43,588のSNPのための高品質遺伝子型データを明らかにした。予備的な遺伝子連鎖地図を,O_niloticus_UMD1ゲノム集合からの情報と統合して,22の連鎖群(LG)を横切って分布する40,186のSNPから成る統合物理的および遺伝的連鎖地図を作成した。LGsの約1/3は雌雄間で異なる組換え率を示し,雌は雄の地図より1.2倍大きく(それぞれ1632.9~1359.6cM),ほとんどのLGはS字状再結合プロファイルを示した。最終的に,性決定遺伝子座は,抗ミュラーerianホルモン(amh)遺伝子の近傍において,LG23上で40.53cMの位置にマップされた。これらの新しい資源は,ゲノム選択を適用するとき,遺伝的利得を大きく影響し,改善する可能性があり,ナイルティラピアにおける侵入的に測定された形質に対する効率的な選択の困難性を克服する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 再結合 ,  遺伝的連鎖 ,  遺伝子型 ,  養殖 ,  ゲノム ,  遺伝子 ,  ホルモン ,  *ティラピア ,  *連鎖地図 ,  遺伝
準シソーラス用語： ゲノミクス ,  同胞 ,  遺伝子タイピング ,  遺伝的進歩 ,  *ナイルティラピア , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： ナイルティラピア ,  連鎖地図 ,  SNPアレイ ,  ゲノミクス ,  性決定 ,  AMH ,  抗ミュラー管ホルモン

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (82件)：

• ADB (2005). An Impact Evaluation of the Development of Genetically Improved Farmed Tilapia and their Dissemination in Selected Countries. Mandaluyong: Asian Development Bank.
• Adenyo C., Ogden R., Kayang B., Onuma M., Nakajima N., Inoue-Murayama M. (2017). Genome-wide DNA markers to support genetic management for domestication and commercial production in a large rodent, the Ghanaian grasscutter (Thryonomys swinderianus). Anim. Genet. 48113-115. doi: 10.1111/age.12478
• Ayllon F., Kjærner-Semb E., Furmanek T., Wennevik V., Solberg M. F., Dahle G., et al (2015). The vgll3 locus controls age at maturity in wild and domesticated Atlantic salmon (Salmo salar L.) males. PLoS Genet. 11:e1005628. doi: 10.1371/journal.pgen.1005628
• Bangera R., Correa K., Lhorente J. P., Figueroa R., Yáñez J. M. (2017). Genomic predictions can accelerate selection for resistance against Piscirickettsia salmonis in Atlantic salmon (Salmo salar). BMC Genomics 18:121. doi: 10.1186/s12864-017-3487-y
• Baroiller J.-F., D’Cotta H., Bezault E., Wessels S., Hoerstgen-Schwark G. (2009). Tilapia sex determination: where temperature and genetics meet. Comp. Biochem. Physiol. Part A Mol. Integr. Physiol. 153 30-38. doi: 10.1016/j.cbpa.2008.11.018

タイトルに関連する用語 (6件)： ナイルティラピア ,  SNPアレイ ,  高密度 ,  連鎖地図 ,  開発 ,  検証