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J-GLOBAL ID：201902257735684825   整理番号：19A0710539

PGAP-X:パンゲノム解析パイプライン上の拡張【JST・京大機械翻訳】

PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline

著者 (27件)： Zhao Yongbing (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Zhao Yongbing (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Sun Chen (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Sun Chen (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Zhao Dongyu (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Zhao Dongyu (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Zhang Yadong (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Zhang Yadong (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  You Yang (Department of Computer Science and Technology, Tsinghua University, Beijing, People’s Republic of China) ,  Jia Xinmiao (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Jia Xinmiao (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Yang Junhui (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Yang Junhui (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wang Lingping (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wang Lingping (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wang Jinyue (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wang Jinyue (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Fu Haohuan (Department of Computer Science and Technology, Tsinghua University, Beijing, People’s Republic of China) ,  Kang Yu (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Chen Fei (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Yu Jun (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wu Jiayan (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Wu Jiayan (Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Xiao Jingfa (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Xiao Jingfa (Big Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Xiao Jingfa (University of Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China) ,  Xiao Jingfa (Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing, People’s Republic of China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 36  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： PGAP(汎ゲノム解析パイプライン)は2012年に発表されたので,細菌ゲノミクス研究に広く使われてきた。PGAPは汎ゲノム解析のためのいくつかのモジュールを統合しているが,結果データを適切に効果的に解釈し可視化する方法は依然として課題である。細菌ゲノム特性を良く提示するために,PGAP-Xと名付けた新しいクロスプラットフォームソフトウェアを開発した。4種類のデータ解析モジュールを開発し,統合した:全ゲノム配列アラインメント,オーソログ遺伝子クラスタ化,汎ゲノムプロファイル解析,および遺伝的変異解析。これらの解析の結果はPGAP-Xで直接可視化できる。PGAP-Xにおけるデータ可視化のためのモジュールには,ゲノム構造の比較,保存による遺伝子分布,汎ゲノムプロファイル曲線および遺伝子とゲノム領域における変異が含まれている。一方,類似の機能を有する他のプログラムによって生み出された結果データを,PGAP-Xにおいてさらに分析して可視化するために輸入することができた。PGAP-Xの性能を試験するために,14の肺炎連鎖球菌と14のChlamyia trachomatisを包括的に分析した。結果は,S.pneumoniae株がC.trachomatis株よりゲノム構造と遺伝子含量に高い多様性を持つことを示した。加えて,S.pneumoniae株は,多くの進化的イベント,例えば,ゲノム再編成,頻繁な水平遺伝子移動,相同組換え,および他の進化過程を患っている可能性がある。簡潔に,PGAP-Xは異なる可視化法により細菌ゲノム多様性の特性を直接提示し,細菌ゲノムにおける動力学と進化を直感的に理解する助けとなる。ソースコードと事前編集実行可能プログラムは,http://pgapx.ybzhao.comから自由に利用可能である。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ソフトウェア ,  編集 ,  *ゲノム ,  細菌 ,  データ解析 ,  クラスタ化 ,  可視化 ,  遺伝子 ,  相同組換
準シソーラス用語： ゲノム構造 ,  遺伝的変異 ,  オルソログ遺伝子 ,  配列アライメント ,  細菌ゲノム ,  *ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： 汎ゲノミクス ,  ゲノム可視化 ,  遺伝的変異

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (29件)：

• Curr Opin Genet Dev; The microbial pan-genome; D Medini; 15; 6; 2005; 589-594; 10.1016/j.gde.2005.09.006; citation_id=CR1
• Proc Natl Acad Sci U S A; Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: implications for the microbial “pan-genome”; H Tettelin; 102; 39; 2005; 13950-13955; 10.1073/pnas.0506758102; citation_id=CR2
• Genome Biol; Structure and dynamics of the pan-genome of Streptococcus Pneumoniae and closely related species; C Donati; 11; 10; 2010; R107; 10.1186/gb-2010-11-10-r107; citation_id=CR3
• Proc Natl Acad Sci U S A; Biogeography of the Sulfolobus islandicus pan-genome; ML Reno; 106; 21; 2009; 8605-8610; 10.1073/pnas.0808945106; citation_id=CR4
• Nature; Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution; BA Read; 499; 7457; 2013; 209-213; 10.1038/nature12221; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： パンゲノム解析 ,  パイプライン ,  拡張