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J-GLOBAL ID：201902263454220627   整理番号：19A0494485

DNA構造アルファベットは調節蛋白質とヌクレオソームコア粒子に結合したDNAの構造的特徴を識別する【JST・京大機械翻訳】

A DNA Structural Alphabet Distinguishes Structural Features of DNA Bound to Regulatory Proteins and in the Nucleosome Core Particle

著者 (5件)： Schneider Bohdan (Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences, BIOCEV, Prumyslova 595, CZ-252 50 Vestec, Prague West, Czech Republic) ,  Bozikova Paulina (Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences, BIOCEV, Prumyslova 595, CZ-252 50 Vestec, Prague West, Czech Republic) ,  Cech Petr (Laboratory of Informatics and Chemistry, Faculty of Chemical Technology, University of Chemistry and Technology Prague, Technicka 5, CZ-166 28 Prague, Czech Republic) ,  Svozil Daniel (Laboratory of Informatics and Chemistry, Faculty of Chemical Technology, University of Chemistry and Technology Prague, Technicka 5, CZ-166 28 Prague, Czech Republic) ,  Cerny Jiri (Institute of Biotechnology of the Czech Academy of Sciences, BIOCEV, Prumyslova 595, CZ-252 50 Vestec, Prague West, Czech Republic)
資料名： Genes (Web)  (Genes (Web))
巻： 8  号： 10  ページ： 278  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7194A  ISSN： 2073-4425  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 調節蛋白質及びヌクレオソーム核粒子(NCP)と複合化したDNAの構造挙動を解析した。500以上の連続的に非冗長な結晶構造からのほぼ25,000のジヌクレオチドステップの三次元構造を,DNA構造アルファベットCANA(Nucleic AcidのConformation Alphabet)を用いて分類し,10のCANA文字と16のジヌクレオチド配列の間の関連を調べた。会合はDNAの蛋白質への特異的及び非特異的結合を識別する特徴を示した。重要なことは,2つのDNA構造型,A-DNA及びBII-DNAの特異的役割であり,CANA文字AAA及びBB2:AAA構造は非特異的NCP複合体において回避され,DNA二本鎖のラッピングは10.3段階毎にBB2の周期的発生により説明される。調節及びNCP複合体の両方において,DNA局所螺旋軸の屈曲の程度はCANAアルファベット文字の比例表現に影響せず,すなわちAAA及びBB2の相対的発生率は湾曲及び直線二本鎖において一定のままであった。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ジヌクレオチド ,  結晶構造 ,  複合体 ,  *構造特性 ,  冗長性 ,  分子構造 ,  ヒストン ,  *DNA【核酸】 ,  *ヌクレオソーム ,  転写因子
準シソーラス用語： A型DNA ,  非特異的結合 ,  三次元構造 ,  複合化 ,  *DNA構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： DNA ,  DNA-蛋白質認識 ,  転写因子 ,  調節蛋白質 ,  ヒストン ,  ヌクレオソームコア粒子 ,  分子構造

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

引用文献 (50件)：

• Watson, J.D.; Crick, F.H.C. A structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 1953, 171, 737-738.
• Rohs, R.; Jin, X.; West, S.M.; Joshi, R.; Honig, B.; Mann, R.S. Origins of specificity in protein-DNA recognition. Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 233-269.
• Parker, S.C.; Hansen, L.; Abaan, H.O.; Tullius, T.D.; Margulies, E.H. Local DNA topography correlates with functional noncoding regions of the human genome. Science 2009, 324, 389-392.
• Unger, R.; Harel, D.; Wherland, S.; Sussman, J.L. A 3D building blocks approach to analyzing and predicting structure of proteins. Proteins 1989, 5, 355-373.
• Levitt, M. Accurate modeling of protein conformation by automatic segment matching. J. Mol. Biol. 1992, 226, 507-533.

タイトルに関連する用語 (6件)： DNA構造 ,  アルファベット ,  調節蛋白質 ,  DNA ,  構造的特徴 ,  識別