文献

J-GLOBAL ID：201902263939038587   整理番号：19A1477953

増殖中のRhodobacter sphaeroidesのトランスクリプトームとプロテオームの変化の比較分析【JST・京大機械翻訳】

Comparative analyses of the variation of the transcriptome and proteome of Rhodobacter sphaeroides throughout growth

著者 (5件)： Bathke Jochen (Institute of Bioinformatics, University of Giessen, Giessen, Germany) ,  Konzer Anne (Biomolecular Mass Spectrometry, Max-Planck-Institute for Heart and Lung Research, Bad Nauheim, Germany) ,  Remes Bernhard (Institute of Microbiology and Molecular Biology, University of Giessen, Giessen, Germany) ,  McIntosh Matthew (Institute of Microbiology and Molecular Biology, University of Giessen, Giessen, Germany) ,  Klug Gabriele (Institute of Microbiology and Molecular Biology, University of Giessen, Giessen, Germany)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 20  号： 1  ページ： 358  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自然環境において,細菌はしばしば極端に少ない栄養素に対処する必要がある。ほとんどの研究は栄養塩条件における細菌増殖に焦点を合わせているが,固定相についてはほとんど知られていない。ここでは,深い固定相への調整を含む全ての成長期を通しての全体的な遺伝子発現に関心を持つ。著者らは,固定相への移行と固定相の異なる点における,および最終的に新鮮な培地による希釈後の固定相(成長)からの出口の間に,αプロテオバクテリアRhodobacter sphaeroidesの培養におけるトランスクリプトームとプロテオームの両方をモニターした。トランスクリプトームとプロテオーム変化の間の相関は成長期を通して非常に低かった。驚くべきことに,深い固定相においてさえ,多くの蛋白質の存在量は調整し続けたが,トランスクリプトーム分析はより少ない調整を明らかにした。このパターンは成長の最初の90分で逆転したが,これは固定相の持続時間に依存した。著者らは,オーソログ群(COG)のクラスタ化に基づくプロテオミクス変化の詳細な分析を提供し,これらをトランスクリプトームと比較した。トランスクリプトームとプロテオームの間の低い相関は,転写後過程が成長条件への適応において主要な役割を果たすという見解を支持する。著者らのデータは,転写,エネルギー生産および転換における機能を有する多くの蛋白質,およびアミノ酸,炭水化物,脂質および二次代謝産物の代謝および輸送が,深い固定相において連続的に増加することを明らかにした。これらの知見に基づいて,細菌は最初の90分でトランスクリプトームのラジカル及び迅速再プログラミングにより環境条件の突然の変化に応答するが,プロテオーム変化は穏やかであると結論した。しかしながら,徐々に悪化する条件に応答して,トランスクリプトームはほとんど定常状態に留まるが,細菌はそのプロテオームを調節し続ける。集団が定常期に入った後でも,細胞はそれらのプロテオームを活発に調節している。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 成長期 ,  細菌 ,  クラスタ化 ,  固定相 ,  *Rhodobacter sphaeroides ,  タンパク質 ,  希釈 ,  遺伝子発現 ,  ラジカル ,  継続時間 ,  *プロテオーム ,  アミノ酸 ,  *トランスクリプトーム ,  脂質 ,  プロテオミクス

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (35件)：

• Annu Rev Microbiol; Stationary-phase physiology; T Nyström; 58; 2004; 161-181; 10.1146/annurev.micro.58.030603.123818; citation_id=CR1
• Mol Microbiol; Gene expression profiling of Escherichia coli growth transitions: an expanded strin gent response model; DE Chang, DJ Smalley, T Conway; 45; 2; 2002; 289-306; 10.1046/j.1365-2958.2002.03001.x; citation_id=CR2
• PLoS One; Time-resolved transcriptomics and bioinformatic analyses reveal intrinsic stress responses during batch culture of Bacillus subtilis; EJ Blom, AN Ridder, AT Lulko, JB Roerdink, OP Kuipers; 6; 11; 2011; 10.1371/journal.pone.0027160; citation_id=CR3
• Front Microbiol; Combined transcriptome and proteome analysis of RpoS regulon reveals its role in spoilage potential of Pseudomonas fluorescens; X Liu, J Xu, J Zhu, P Du, A Sun; 10; 2019; 94; 10.3389/fmicb.2019.00094; citation_id=CR4
• Proteomics.; Analysis of growth phase-dependent proteome profiles reveals differential regulation of mRNA and protein in Helicobacter pylori; YW Choi, SA Park, HW Lee, DS Kim, NG Lee; 8; 13; 2008; 2665-2675; 10.1002/pmic.200700689; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： 増殖 ,  Rhodobacter ,  トランスクリプトーム ,  プロテオーム ,  比較分析