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J-GLOBAL ID：201902242878762709   整理番号：19A1650101

RpoSレギュロンのトランスクリプトームとプロテオーム解析の組合せはPseudomonas fluorescensの腐敗ポテンシャルにおけるその役割を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Combined Transcriptome and Proteome Analysis of RpoS Regulon Reveals Its Role in Spoilage Potential of Pseudomonas fluorescens

著者 (5件)： Liu Xiaoxiang (School of Basic Medical Sciences and Forensic Medicine, Hangzhou Medical College, Hangzhou, China) ,  Xu Jun (Hangzhou Lin’an District People’s Hospital, Hangzhou, China) ,  Zhu Junli (College of Food Science and Biotechnology, Zhejiang Gongshang University, Hangzhou, China) ,  Du Peng (School of Basic Medical Sciences and Forensic Medicine, Hangzhou Medical College, Hangzhou, China) ,  Sun Aihua (School of Basic Medical Sciences and Forensic Medicine, Hangzhou Medical College, Hangzhou, China)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 10  ページ： 94  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 微生物汚染は食品腐敗の主原因と考えられている。Pseudomonas fluorescensは,蛋白質食品の腐敗過程に大きく寄与する典型的な腐敗細菌である。rpoSは多くの病原体においてストレス耐性と病原性を制御する代替シグマ因子として知られている。著者らの以前の研究により,RpoSは異なるストレス条件,細胞外アシル化ホモセリンラクトン(AHL)レベル,細胞外プロテアーゼ及び全揮発性塩基性窒素(TVB-N)生産に対する耐性を調節することにより,P.fluorescensの腐敗活性に寄与することを明らかにした。しかしながら,P.fluorescensにおけるRpoS依存性遺伝子は未定義のままであった。多重化等圧タンデム質量タグ(TMT)標識化に基づく定量的プロテオミクス解析と組み合わせたRNA-seqトランスクリプトーム解析を,P.fluorescens野生型株UK4とrpoS変異を持つその誘導体で行った。合計375の差別的に発現したコード配列(DECs)と212の差別的に発現した蛋白質(DEPs)を同定した。DECsはqRT-PCRによりさらに検証した。複合トランスクリプトームとプロテオーム解析は,主に多糖類代謝,細胞内分泌,細胞外構造,細胞壁生合成,ストレス応答,およびアミノ酸と生体アミン代謝を含むいくつかの細胞過程におけるこの調節因子の関与を明らかにした。さらに,RpoSがマクロコロニー生物膜マトリックスの生産に寄与することを実際に観察した。著者らの結果は,RpoSの調節ネットワークへの洞察を提供し,食品腐敗におけるP.fluorescensの機能におけるRpoSの役割についての知識を拡大する。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 標識法 ,  タンパク質 ,  野生型 ,  *レギュロン ,  アミノ酸 ,  *トランスクリプトーム ,  変異 ,  *蛍光菌 ,  生合成 ,  *プロテオーム ,  食品 ,  病原性 ,  σ因子
準シソーラス用語： ストレス耐性 ,  *RpoS , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： トランスクリプトーム ,  プロテオーム ,  RPOS ,  レギュロン ,  Pseudomonas fluorescens ,  食品の腐敗

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (74件)：

• Ahrné E., Glatter T., Viganò C., Schubert C.v., Nigg E. A., Schmidt A. (2016). Evaluation and improvement of quantification accuracy in isobaric mass tag-based protein quantification experiments. J. Proteome Res. 15, 2537-2547. doi: 10.1021/acs.jproteome.6b00066
• Andreani N. A., Carraro L., Martino M. E., Fondi M., Fasolato L., Miotto G., et al. (2015). A genomic and transcriptomic approach to investigate the blue pigment phenotype in Pseudomonas fluorescens. Int. J. Food Microbiol. 213, 88-98. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2015.05.024
• Andreani N. A., Martino M. E., Fasolato L., Carraro L., Montemurro F., Mioni R., et al. (2014). Tracking the blue: a MLST approach to characterise the Pseudomonas fluorescens group. Food Microbiol. 39, 116-126. doi: 10.1016/j.fm.2013.11.012
• Aswathanarayan J. B., Vittal R. R. (2014). Attachment and biofilm formation of Pseudomonas fluorescens, PSD4 isolated from a dairy processing line. Food Sci. Biotechnol. 23, 1903-1910. doi: 10.1007/s10068-014-0260-8
• Borodina T., Adjaye J., Sultan M. (2011). A strand-specific library preparation protocol for RNA sequencing. Meth. Enzymol. 500, 79-98. doi: 10.1016/B978-0-12-385118-5.00005-0

タイトルに関連する用語 (9件)： RpoS ,  レギュロン ,  トランスクリプトーム ,  プロテオーム解析 ,  組合せ ,  Pseudomonas ,  腐敗 ,  ポテンシャル ,  役割