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J-GLOBAL ID：201902264768787967   整理番号：19A2220305

エクソームを越えて:神経発達障害と皮質発達の奇形における非コード化ゲノムとエンハンサー【JST・京大機械翻訳】

Beyond the Exome: The Non-coding Genome and Enhancers in Neurodevelopmental Disorders and Malformations of Cortical Development

著者 (4件)： Perenthaler Elena (Department of Clinical Genetics, Erasmus MC - University Medical Center, Rotterdam, Netherlands) ,  Yousefi Soheil (Department of Clinical Genetics, Erasmus MC - University Medical Center, Rotterdam, Netherlands) ,  Niggl Eva (Department of Clinical Genetics, Erasmus MC - University Medical Center, Rotterdam, Netherlands) ,  Barakat Tahsin Stefan (Department of Clinical Genetics, Erasmus MC - University Medical Center, Rotterdam, Netherlands)
資料名： Frontiers in Cellular Neuroscience (Web)  (Frontiers in Cellular Neuroscience (Web))
巻： 13  ページ： 352  発行年： 2019年 
JST資料番号： U7064A  ISSN： 1662-5102  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒト大脳皮質の発達は複雑で動的な過程であり,神経幹細胞の増殖,ニューロンの移動,および移動後の神経組織化は良く組織化された様式で起こる必要がある。これらの重要な段階における変化は,発達遅延,知的障害およびてんかんを呈する遺伝的に不均一な神経発達障害のグループである皮質発達(MCDs)の奇形をもたらす可能性がある。次世代シークエンシングのような遺伝子技術における最近の進歩は,すべての蛋白質コード化エキソン(例えば,全エキソソーム配列決定)に焦点を合わせて,様々な型のMCDsに関連する100以上の遺伝子の発見を可能にした。これは診断収率をかなり増加させたが,ほとんどのMCD症例はまだ説明されていない。Whole exome配列決定はヒトゲノム(1~2%)のマイナー部分のみを研究するので,疾患を引き起こす突然変異が同定されていない患者は,exomeを超えてゲノム領域に突然変異がある可能性がある。非コード領域の機能的アノテーションは蛋白質コード遺伝子のそれよりも遅れているが,遺伝子調節の分野で大きな進歩がなされている。非コード化調節領域の1つのグループはエンハンサーであり,遺伝子の上流または下流に位置的に位置することができ,プロモーター領域との長距離相互作用を介して時間的および組織特異的転写制御を仲介することができる。いくつかの例は,遺伝的疾患へのエンハンサーの変化を結びつける文献に存在するが,MCDsにおけるこれらの配列の推定上の役割の広範な評価はまだ欠けている。ここでは,シス調節領域に関する知識の現状を要約し,疾患における非コード化ゲノムの新たな役割をさらに解明する助けとなる,超並列レポーターアッセイ系,CRISPR-Cas9に基づくスクリーニングおよび計算アプローチのような新しい技術について議論する。さらに,脳発生に関与する調節領域の変異またはコピー数変化に関する既存の文献を議論する。著者らは,進行中の遺伝子調節研究を通して得られた知識の将来の実施が,患者に有益であり,MCDsおよび他の遺伝的疾患の欠落遺伝率の一部に対する説明を提供することを予測した。Copyright 2019 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： てんかん ,  突然変異 ,  知能障害 ,  遺伝的調節 ,  遺伝 ,  ヒト ,  タンパク質 ,  アノテーション ,  ニューロン ,  遺伝子 ,  *ゲノム ,  プロモーター領域
準シソーラス用語： 非翻訳領域 ,  エキソソーム ,  *エクソーム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 皮質発達の奇形 ,  遺伝子調節 ,  シス調節要素 ,  エンハンサー ,  エピゲノム ,  機能ゲノミクス ,  超並列レポーターアッセイ ,  バイオインフォマティクス

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  神経系の疾患  (GN03000O) ,  神経の基礎医学  (GN01020W)

引用文献 (251件)：

• Agirman G., Broix L., Nguyen L. (2017). Cerebral cortex development: an outside-in perspective. FEBS Lett. 591 3978-3992. doi: 10.1002/1873-3468.12924
• Ahituv N., Zhu Y., Visel A., Holt A., Afzal V., Pennacchio L. A., et al (2007). Deletion of ultraconserved elements yields viable mice. PLoS Biol. 5:e234. doi: 10.1371/journal.pbio.0050234
• Amiri A., Coppola G., Scuderi S., Wu F., Roychowdhury T., Liu F., et al (2018). Transcriptome and epigenome landscape of human cortical development modeled in organoids. Science 362:eaat6720. doi: 10.1126/science.aat6720
• Amlie-Wolf A., Tang M., Mlynarski E. E., Kuksa P. P., Valladares O., Katanic Z., et al (2018). INFERNO: inferring the molecular mechanisms of noncoding genetic variants. Nucleic Acids Res. 46 8740-8753. doi: 10.1093/nar/gky686
• Andersson R., Gebhard C., Miguel-Escalada I., Hoof I., Bornholdt J., Boyd M., et al (2014). An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507 455-461. doi: 10.1038/nature12787

タイトルに関連する用語 (5件)： エクソーム ,  神経発達障害 ,  皮質発達 ,  奇形 ,  ゲノム